Таким образом, принятие Новоторгового устава свидетельствует об усилении в данный период протекционистской направленности экономической политики правительства Москвы.

Следующий этап развития таможенной службы обусловлен отходом от чисто фискальной направленности в деятельности таможен. Принятие протекционистского Таможенного тарифа обозначило нового направления в деятельности таможенных органов – регулирования внешней торговли тарифными мерами.

В данный период была образована Коммерц-коллегия, к ведению которой подлежали судебные дела купцов, касающиеся таможен (выгрузка и погрузка товаров, их хранение, утайка от досмотра и т. д.) и прочие дела, относящиеся к деятельности купечества. Кроме того наряду с вопросами организации торговли предусматривался порядок таможенных сборов и учреждение института таможенных служителей.

Был изменен правовой статус служащих приграничных и портовых таможен, в частности было установлено ежегодное денежное содержание из государственной казны.

31 января 1724 г. был выработан первый в России таможенный тариф, который создавал благоприятные условия для развития отечественной мануфактурной промышленности. Был составлен перечень привозных и отпускных товаров в алфавитной последовательности. Около половины из них были обложены адвалорными пошлинами. Остальные – пошлинами с меры и массы, исчисленными в рублях и копейках. При этом система классификации товаров не отличалась совершенством: товарные позиции соответствовали коммерческим названиям товаров, без каких-либо дополнительных определений и объяснений, что затрудняло применение тарифа в отношении тех товаров, которые не были поименованы в росписи.

В связи с развитием такого явления, как контрабанда постепенно усиливается необходимость становления таможенных органов как правоохранительных, военизированных структур.

Вскоре принимается новый таможенный устав и новый таможенный тариф, согласно которому пошлина должна была взиматься до продажи товара, также предоставлялась отсрочка по уплате пошлины сроком на 1 год. Также была возрождена система откупов. Но в дальнейшем доходы таможен значительно сократились, увеличился поток контрабанды. В результате этого было принято решение о прекращении существования откупной системы.

В дальнейшем были использованы новые экономические методы регулирования таможенных отношений. Внутренняя структура нового тарифа состояла в том, что товары делились не только по тарифной сетке, но и еще на условные группы. К первой группе относились товары, не производившиеся в России, либо производившиеся в малом количестве. Эта категория облагалась низкой пошлиной либо не облагалась пошлиной вообще. Вторая группа товаров – материалы, ввозимые в Россию для заводов и фабрик, а также товары, производство которых не было отлажено в России. Среди них были и те, что выпускались на местных фабриках и заводах, и достаточно хорошего качества. Эта группа товаров облагалась самой высокой ставкой таможенной пошлины.

В 1782 г. согласно Указу «Об учреждении особой Таможенной пограничной цепи и стражи для отвращения потаенного провоза товаров» в каждой западной пограничной губернии учреждалась таможенная пограничная стража, состоявшая из таможенных объездчиков и пограничных надзирателей в таможнях, которые принимались на службу добровольно, по контракту.

Необходимо было иметь двух объездчиков на каждые 10 и одного таможенного пограничного надзирателя на каждые 50 верст по границе, если объездчик был не в состоянии сам задержать контрабандистов, он должен был преследовать их до ближайшего селения и там обратиться за помощью к местным властям. Таможенным служителям, а также иным лицам, за обнаружение контрабанды, задержание контрабандистов и содействие в этом полагалась награда в виде конфискованного товара за вычетом ввозной пошлины.

Была создана Пограничная казачья стража, положение о которой было утверждено в 1811 году. Перевод пограничников на начала военной организации был осуществлен в 1827 году, когда была создана Таможенная пограничная стража. В соответствии с Карантинным уставом она была переименована в Пограничную стражу. Кроме того, на западной сухопутной границе была создана Корчемная стража.

Таким образом, наряду с фискальной функцией и функцией таможенно-тарифного регулирования, таможня приобретает правоохранительную функцию, которая становится важнейшей в ее деятельности.

В 1810 году был принят новый таможенный тариф. По своей сути он стал запретительным, поскольку отвечал интересам купцов-промышленников и дворян-мануфактуристов. Расширение торговли требовало увеличения количества таможен, а практика организации таможенного дела – совершенствования управления таможенными учреждениями, восстанавливается деятельность Коммерц-коллегии.

В 1802 г. таможенные учреждения оказались в составе Министерства коммерции. В состав Министерства финансов входил Департамент внешней торговли, который состоял из двух отделений: внешних сношений и таможенного. Таможенное отделение делилось на три стола: первый – по производству дел в таможнях по европейской границе и на морях – Белом, Балтийском, Черном, Азовском; второй – по делам таможен на Азиатской границе и по Каспийскому морю; третий – по делам об определении на службу, увольнении, производстве и награждении чиновников и служителей, об определении и увольнении маклеров.

В 1811 г. было утверждено Таможенное управление по европейской торговле, в состав которого входит 11 таможенных округов. Каждый таможенный округ возглавлялся начальником, которому подчинялись таможни и заставы, составлявшие округ. Все таможни были разделены на два класса. Административный аппарат каждой таможни состоял из управляющего, положенных по штату таможенных чиновников и служителей, заменивших прежних директоров таможен, цольнеров и унтер-цольнеров. Данное разделение явилось прообразом существования таможенных округов на территории Российской Федерации, в которых осуществляют свою деятельность региональные таможенные управления.