На различные горизонты девонских отложений трансгрессивцо налегают каменноугольные осадки. Ф. Н. Чернышевым были прослежены прекрасные по своей полноте разрезы на реках Ухте, Ижме, Вычегде, Воли и Мылве, позволившие подробно изучить всю серию последовательных горизонтов, начиная с отложений, содержащих типичную среднерусскую фауну спириферид. Ф. Н. Чернышев расчленил верхнекаменноугольные отложения Тимана на пять горизонтов в соответствии с установленной им палеонтологической характеристикой. Уже в предварительном отчете он приводит подробную схему корреляции стратиграфических подразделений каменноугольных отложений Тимана и Урала, в которую включена и палеонтологическая характеристика горизонтов. Позднее, когда были обработаны . многочисленные палеонтологические коллекции Тиманской экспедиции, Ф. Н. Чернышев значительно расширил и уточнил стратиграфическую и палеонтологическую характеристики выделенных подразделений.

Ф. Н. Чернышев подтвердил гипотезу А. А. Кейзерлинга о том, что известняки Усть-Нема по своей палеонтологической характеристике имеют двойственный характер и являются переходными, аналогичными артинскому ярусу Приуралья. В предварительном отчете 1889 г. была намечена достаточно детальная схема стратиграфического расчленения каменноугольных отложений Тимана. При этом не удалось произвести подразделения красноцветной пермской толщи Тимана из-за крайней скудости органических остатков: только на Вишере удалось собрать в бурых песчаниках этой толщи многочисленные, но плохо сохранившиеся обугленные остатки каламитов.

По данным, собранным в 1889 г., удалось наметить в общих чертах и схему мезозойских отложений Тимаиа. Было установлено наличие в разрезах Ижмы нижне- и верхнекелловейских, оксфордских, нижневолжских, неокомских образований и некоторых других отложений, предположительно мезозойский возраст которых требовал подтверждения.

На всей территории, охваченной работами экспедиции, были зарегистрированы мощные постплиоценовые осадки — слоистые песчаные и глинистые отложения аллювиального генезиса, содержащие иногда множество валунов кристаллических и осадочных пород. Несмотря на тщательные поиски, Ф. Н. Чернышеву не удалось разыскать в этих образованиях каких бы то ни было органических остатков: «До личного подробного изучения постплиоценовых отложений Севера вплоть до побережья Ледовитого моря я считаю преждевременным высказываться по таким существенным вопросам, как отношение указанных слоистых песчаных и глинистых отложений к новейшим морским осадкам Ледовитого океана и отношение тех же отложений к валунным образованиям, тем более что два моих предшественника — Н. П. Барбот де Марии и и А. А. Штукенберг — по последнему вопросу пришли к совершенно противоположным заключениям: Барбот де Марии считал эрратический нанос покрывающим упомянутые морские отложения, а по А. А. Штукенбергу наступание северного моря совершилось в послеледниковую эпоху» [21].

Ранней весной 1890 г. участники Тиманской экспедиции отправились из Петербурга к Усть-Пинеге. Пройдя с большими трудностями на лодках по Пинеге, Кулою и Мезенской губе, значительное пространство которой было еще покрыто льдом, экспедиция добралась до Мезени, где были сделаны последние приготовления перед полевым сезоном. 15 мая сразу после вскрытия низовьев Пезы экспедиция двинулась вверх по этой реке, но вскоре встретила сильный ледоход, очень затруднивший путь, и только через 11 дней достигла водораздела между реками Рочугой и Цыльмой. Из-за отсутствия оленей пришлось весь груз переносить вручную, поэтому только 4 июня удалось отправиться вниз по Чирке и Цыльме к устью р. Космы. Достаточно быстро достигли на лодках Косминского озера, где были найдены олени, с помощью которых был преодолен перевал в систему р. Пёши; попутно был изучен маршрутами Космйнский кряж, протягивающийся в меридиональном направлении.

19 июня экспедиция прибыла на Пёшу. Ф. Н. Чернышеву и здесь удалось нанять оленей, которые обеспечивали передвижение экспедиции до самой осени. Отсюда работы продолжали двумя партиями: Д. Е. Сергеев и Н. И. Лебедев засняли берег моря от устья Пёши до устья Индиги, а Ф. Н. Чернышев пересек Тиманский кряж по рекам Волоковой и Суле. Затем Д. Е. Сергеев и Н. И. Лебедев переместились для работы на Цыльму, Ф. Н. Чернышев и О. А. Баклунд продолжали работы в тундре до 5 августа. Вторую половину августа и сентябрь экспедиция работала на Цыльме, Нерице, Ижме, Кедве и Пижмах. Во второй половине сентября начались сильные морозы и метели, и к Мезени экспедиция вышла на лодках, пробиваясь сквозь тяжелый лед.

Работами 1890 г. была охвачена огромная площадь, превышающая 60 000 квадратных верст. Как и в предыдущем сезоне, была составлена карта 3-верстного масштаба, опиравшаяся на сеть триангуляционных пунктов, определенных академиком О. А. Баклундом.

Поскольку северная часть Тимана, где проходили работы Ф. Н. Чернышева в 1890 г., прежде совсем не исследовалась, много внимания уделялось в этом сезоне географическим и геоморфологическим наблюдениям. Было установлено, что между реками Пижмами и берегом Ледовитого океана Тиманский кряж представляет собой четыре резко выраженные параллельные цепи возвышенностей, из которых восточная, сложенная каменноугольными известняками, оканчивается на севере круто обрывающимся к морю утесом Святой Нос. К югу эта гряда, пересеченная реками Индигой, Сулой, Цыльмой, слагает ущелье на р. Мыле и уходит к Пижме Печорской. Резко очерченная долина отделяет эту гряду от параллельно протягивающегося кряжа, сложенного массивными покровами среди девонских песчаников. Эту гряду называют Чайцынским Камнем, у моря он наиболее выражен по сравнению с параллельными ему грядами. Следующая к западу цепь — Тиманский Камень, в северной части представленная девонскими сланцево-песчаниковыми породамщ очень полого спускается к морю. К югу же в истоках Волонги гряда Тиманского Камня пересечена р. Сулой, а еще южнее, в притоках Космы, теряется в постплиоценовой низине. Самую западную сплошную цепь возвышенностей — Косминский Камень — можно четко различить лишь от р. Цылъмы до района Косминского озера. К северу он переходит в ряд увалов, сохраняя характерные черты своего геологического строения. К югу от Косминского озера эта гряда снивелирована процессами размыва и практически неразличима в платообразной местности. Все эти гряды к югу от речной системы Пижмы утрачивают свою геоморфологическую обособленность, и вся местность представляет собой плоскую возвышенность.

Ф. Н. Чернышев отметил сложное геологическое строение долины, отделяющей Тиманский Камень от Чайцынского. Здесь из-под древнейших сланцевых пород Тимана выступают массивные кристаллические породы — оливиновые диабазы и меланофиры, в виде обширных покровов развитые среди верхнедевонских песчаников и нередко разбитые призматической отдельностью, сходной с отдельностью базальтов и долеритов. Для выяснения залегания этих покровов были изучены разрезы на реках Суле и Пижме Печорской, где существование этих пород ранее не предполагалось.

Как и на Южном Тимане, древнейшими породами в районе работ 1890 г. оказались глинистые и серицитовые сланцы, на которых о несогласием залегают верхнесилурийские породы северной оконечности Тимана. Здесь на севере можно наблюдать характер соотношений силурийских и верхнедевонских отложений: последние залегают на силурийских трансгрессивно и представлены почти исключительно песчаниками, мергелями и глинистыми сланцами, содержащими обильную фауну и хорошо сохранившиеся растительные остатки. К верхнему девону Ф. Н. Чернышев отнес также и кварцевые рыхлые песчаники, слагающие Чайцынский и Тиманский Камни, принимавшиеся ранее за каменноугольные отложения. Верхнедевонские отложения слагают все четыре тиманские гряды и представляют собой дислоцированную свиту одних и тех же пород. В районе Цыльмы, Мылы и Пижи в верхних горизонтах верхнедевонской толщи появляются прослои известняков с хорошо сохранившейся фауной рыб и снириферид.