Основное назначение принципа приоритета заключается в стабилизации номенклатуры, понимания объема и положения границ стратиграфических подразделений. Однако в действительности принцип приоритета нередко приводит к тому, что процедура выделения в соответствии с определенными критериями равноценных по своему содержанию стратиграфических подразделений подменяется правом называть таковыми любые образования земной коры, первоначально индивидуализированные на основании различных соображений и с помощью неравноценных критериев. Поэтому жесткое применение этого принципа лишает стратиграфическую шкалу главного свойства любого измерения — эквивалентности ее одноранговых подразделений.

Тесно связана с принципом приоритета в современной стратиграфии и концепция стратотипа, которая представляет собой попытку использовать эталонную форму измерения времени. При этом типичные разрезы Стратиграфических подразделений рассматриваются в качестве овеществленной меры времени. Любое полразделение выступает как естественная мера геологического времени, а его стратотип представляет собой эталон отдельной меры времени. Наличие собственных эталонов у стратиграфических подразделений определенного таксономического ранга, выделенных случайно и сохраняемых в шкале на оснований правила приоритета (а также занимающих различные отрезки стратиграфической шкалы), обусловливает существование множества неравноценных эталонов эквивалентных мер времени — эпох, веков и т. д. Благодаря -этому отдельная форма измерения времени в геологии переходит в развернутую форму измерения. Среди недостатков последней в геологической практике наиболее существенное значение имеют два: 1) из-за отсутствия четко разработанных критериев иерархической соподчиненности и качественной эквивалентности стратиграфических подразделений геология вынуждена оперировать невзаимосвязанными выражениями измерения; 2) множественность эталонов отдельных форм измерения определяет возможность существования множества рядов выражений измерения, внешних по отношению друг к другу[22].

В статье “С. Н. Никитина и Ф. Н. Чернышева затронута и другая важнейшая проблема теоретической стратиграфии — соотношение принципов выделения универсальных (международных) и, региональных стратиграфических подразделений. На первых восьми сессиях МГК официальное признание получила точка зрения о единстве критериев выделения международных и региональных стратиграфических подразделений, опиравшаяся на сформулированный катастрофистами «закон соответствия границ». Позднее она получила обоснование в концепции, согласно которой стратиграфические подразделения отвечают естественным этапам развития Земли и органического мира.

Противоположная точка зрения была высказана в 1883 г. А. Рюто и в 1894 г. X. С. Уильямсом. Различие между ними заключалось в том, что первый признавал естественную природу подразделений стратиграфической шкалы, а второй настаивал па условном характере последней, его предшественниками в этом отношении были С. Н. Никитин и Ф. Н. Чернышев. Дискуссия между сторонниками двух позиций в отношении выделения универсальных и региональных стратиграфических подразделений фактически продолжается до наших дней[23], и соображения, высказанные в прошлом веке С. Н. Никитиным и Ф. Н. Чернышевым, достаточно актуальны и в современной науке. Другое выражение получила эта проблема в полемике по вопросу о том, являются ли ярус и зона региональными или универсальными подразделениями.

В современной литературе представление об искусственной природе стратиграфической шкалы получило название «принципа Никитина—Чернышева» [24].

Наибольшая доля трудовой деятельности Ф. Н. Чернышева относится к области региональной геологии. Он был одним из самых активных исполнителей программы Геологического, комитета по геологическому картированию территории России, вдохновителями которой являлись А. П. Карпинский и С. Н. Никитин.

Подытожим результаты деятельности в этом направлении.

Большой заслугой Ф. Н. Чернышева стало картирование и подготовка к печати 139-го листа 10-верстной геологической карты России, который на заседании Присутствия Геологического комитета 13 марта 1886 г. одним из первых в серии 16 уральских листов был утвержден к печати. В 1886—1887 гг. Ф. Н. Чернышев работал в области 128-го листа по р. Белой, а в 1888 г.— на территории Гороблагодатского и Тагильского горных округов, входивших в площадь 137-го листа. Ф. Н. Чернышев рецензировал 127-й и 138-й листы карты, составленные профессором Казанского университета А. А. Штукенбергом.

Кроме работ на Урале, Ф. Н. Чернышев занимался геологическим картированием и стратиграфией в областях Центральной России и Поволжья, хотя эти работы были менее систематичны. Весной 1883 г., воспользовавшись случайной задержкой выезда на летние полевые работы на Урал, он отправился на экскурсию по Воронежской, Тульской и Орловской губерниям для сбора коллекции по девонской фауне России. Это поездка позволила ему закончить работу «Материалы к изучению девонских отложений России», основанную на изучении палеонтологических коллекций Н. Г. Меглицкого и А. И. Антонова из окрестностей оз. Колтубан, А. А. Кейзерлинга — из Печорского края и ряда других коллекций, характеризующих девон Европейской России.

В 1887 г. Геологический комитет поручил Ф. Н. Чернышеву геологическое картирование в пределах 95-го листа 10-верстной карты. Территория этого листа была уже закартирована И. В. Мушкетовым, но нужно было изучить левый берег Волги. Кроме того, Ф. Н. Чернышев должен был осмотреть окрестности оз. Баскунчак и гору Большое Богдо, входившие в 94-й лист карты. Ему удалось собрать фауну из пестроцветных пород и на основе ее изучения определить возраст этих пород как триасовый. В известковистых песчаниках, подстилающих каспийские осадки, была найдена обильная юрская фауна. Эти находки позволили внести существенные коррективы в представления о возрасте пестроцветных пород и песчаников Прикаспия.