Не ясно также, почему один из самых завидных женихов страны выбрал в жены скромную провинциалку, не отличавшуюся яркой внешностью (судя по сохранившемуся ее портрету).

Можно лишь предположить, что Фёдор и Ксения поженились, чтобы продолжить традицию, существовавшую в знатных семьях. Она заключалась в том, что представители двух родов, породнившись один раз, предпочитали делать это и в дальнейшем. Можно вспомнить, что женой боярина Юрия Захарьевича, прадеда Фёдора Никитича, была боярышня И. И. Тучкова-Морозова.

В период правления царя Фёдора Ивановича жизнь Фёдора Никитича и членов его семьи протекала вполне благополучно. Все они считались царскими родственниками и занимали при дворе высокие места. В 1586 г. Фёдор Никитич после смерти отца стал боярином, его братья также находились у трона в чине стольников.

Теоретически Фёдор Никитич, как двоюродный брат государя, мог рассчитывать на корону. Ведь царствующая чета была бездетной. Но практически ближним боярином царя Фёдора был его шурин Борис Фёдорович Годунов, родной брат царицы Ирины. В руках его родственников и его самого были все нити по управлению государством. Братья же Фёдора Никитича были молоды и никаких постов в правительстве не занимали. В борьбе за власть с опытными Годуновыми они неминуемо проиграли бы.

Царь Фёдор Иванович, очевидно, это понимал, поэтому назвал своей наследницей супругу Ирину, предполагая, что та благословит на царство брата Бориса. Царица после смерти мужа в 1598 г. так и сделала, хотя для соблюдения всех формальностей был созван избирательный Земский собор.

Во время избирательной кампании братья Романовы не стали предъявлять свои права на престол, хотя и были кровными родственниками почившего монарха, а Борис Годунов таковым не являлся. Они скромно остались в стороне.

Став царем, Б. Ф. Годунов сначала даже возвысил Романовых. Фёдор Никитич остался при дворе на одном из наиболее почетных мест в Боярской думе, его брат Александр получил боярский чин, а Михаил стал окольничим.

Но вскоре стареющий царь Борис начал относиться с большим подозрением к дружным братьям Романовым. Он стал бояться, что те оттеснят от трона его юного сына Фёдора в случае его преждевременной смерти. Чтобы этого не произошло, он решил первым нанести удар по возможным соперникам.

По просьбе царя его родич С. Н. Годунов подкупил слугу А. Н. Романова – Второго Бартенева. Тот осенью 1600 г. подкинул в казну хозяина мешочек с корешками, которые в то время использовались для колдовства. Затем он написал донос на Александра и послал его в Боярскую думу.

Бояре тут же отправили окольничего М. М. Салтыкова для проведения обыска в доме А. Н. Романова. Естественно, что подброшенный мешочек был обнаружен и отправлен на экспертизу к патриарху Иову. Иерарх, всегда верно служивший Годунову, сделал нужный вывод: корешки предназначались для того, чтобы отравить царя Бориса. Романовых тут же обвинили в заговоре, цель которого заключалась в убийстве государя и захвате его престола.

Данное преступление считалось одним из самых тяжких и сурово наказывалось. Правда, для видимости следствие продолжалось почти год. Только летом 1601 г. было объявлено, что вина Романовых доказана и что вместе с родственниками они подлежат суровому наказанию.

Главу семейства боярина Фёдора Никитича лишили звания и имущества и постригли в монахи под именем Филарет в отдаленный Антониево-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну Шестову тоже постригли под именем Марфа и сослали в Заонежье под присмотр местных священников. Их детей, восьмилетнюю Татьяну и пятилетнего Михаила, с тетками Марфой Черкасской и незамужней Анастасией заточили в Белозерскую тюрьму. Туда же отправили и мужа Марфы князя Б. К. Черкасского.

Так, в пятилетнем возрасте Михаил узнал, что такое разлука с родителями, и оказался без какой-либо своей вины в тюремных застенках.

Не менее суровое наказание обрушилось и на головы остальных братьев Никитичей. Александра сослали в Усолье, Михаила – в Ныробскую волость, Василия – в Яренск, Ивана – в Пелым.

Вскоре выяснилось, что условия ссылки Романовых просто нечеловеческие. Филарета поместили в изолированную келью и даже не позволяли участвовать в церковной службе. Питание его было очень скудным, а одежда вскоре превратилась в лохмотья. Ксения-Марфа во время ссылки тяжело заболела и едва не скончалась. От переживаний у нее стали случаться нервные обмороки.

Александр вскоре был отравлен угарным газом. Михаил скончался от голода и холода в земляной тюрьме. У Василия от постоянного ношения кандалов на ногах началась гангрена, и он умер в страшных муках. Выжить удалось только Ивану, с детства страдавшему от церебрального паралича. Его царь Борис, видимо, не считал соперником, поэтому и не стал с помощью своих слуг доводить до смерти.

В ссылке испытывали лишения и женщины с детьми. Плохое питание, холод и сырость подорвали их здоровье. Поэтому Татьяна выросла слабенькой и скончалась в возрасте 18 лет, Михаил в зрелом возрасте начал страдать от цинги и заболевания ног.