Состояние экономики Советской России не позволяло строить новые корабли, поэтому активно велось восстановление и ремонт кораблей и береговых батарей, достройка кораблей, находившихся в завершающей стадии строительства и обеспеченных готовыми механизмами и вооружением.

Период восстановления советского флота завершился примерно к 1927 г.: к этому времени было завершено восстановление кораблей, береговых батарей, военных портов, началось развитие морской авиации.

6 февраля 1922 г. ВЦИК принял постановление «Об упразднении Всероссийской чрезвычайной комиссии и о правилах производства обысков, выемок и арестов» и образовании при наркомате внутренних дел РСФСР Государственного политического управления (ГПУ) [72] . В системе ГПУ сохранялись особые отделы военных округов, флотов, армий и особые отделения корпусов, дивизий и узлов важных коммуникаций, однако была проведена и их реорганизация. 12 июля 1922 г. был издан приказ ГПУ «О задачах Особых отделов в связи с реорганизацией органов ГПУ», который требовал от Особых отделов «всестороннего освещения жизни Красной армии и Красного Флота, выявление недостатков, ненормальных явлений, нездоровых настроений войсковых частей, волнений, предупреждение недостатков, явлений и настроений, вредно влияющих на нормальную жизнь и деятельность частей и подразделений, повсеместный анализ этих недостатков и причин их порождающих, а также пресечения должностных преступлений в войсках и военных учреждениях» [73] .

Ввиду необходимости «тщательного наблюдения за состоянием Черноморского флота и усиления борьбы с элементом разложения в нем, а также в целях объединения в одном органе ГПУ указанной работы» 20 февраля 1923 г. приказом ГПУ № 68 в городе Севастополе был организован Особый отдел Черноморского флота. Начальником Особого отдела ЧФ был назначен Яков Григорьевич Горин, бывший начальник Особого отдела Приволжского военного округа [74] .

2 февраля 1926 г. Особый отдел Черноморского флота был передан из ГПУ Крыма и подчинен ОГПУ. Вскоре наименование Особого отдела Черноморского флота было изменено. В соответствии с приказом ОГПУ СССР от 9 августа 1926 г. № 164/59 Особый отдел стал именоваться ОО ОГПУ Морских сил и береговой обороны Черноморского и Азовского морей [75] .

Шло становление органов морской контрразведки и на Дальнем Востоке. 23 июня 1923 г. приказом заместителя председателя ГПУ при Приморском губотделе ГПУ было организовано специальное морское отделение со штатом из шести сотрудников, осуществлявшее свою деятельность до 1 октября 1926 г.

С учетом быстро растущего Тихоокеанского флота для решения вопросов по обеспечению его безопасности 3 мая 1932 г. приказом ОГПУ был объявлен штат нового подразделения контрразведки — Особого отделения Морских сил Дальнего Востока (МСДВ) [76] . 31 июля 1932 г. отделение было переименовано в Особый отдел МСДВ, в 1934 г. — в ОО НКВД Тихоокеанского флота [77] .

Приказом № 62 от 20 февраля 1923 г. был объявлен и штат Особого отдела Северного флота, реорганизованного в сентябре 1933 г. в Особое отделение флотилии Военно-морских сил Северных морей [78] . В 1937 г. приказом № 00514 это Особое отделение (после ликвидации ОГПУ подчинявшееся ГУГБ НКВД СССР) было преобразовано в Особый отдел Северного флота численностью 27 сотрудников. Этим же приказом создавалось Особое отделение в Архангельске [79] .

10 июля 1934 г. был образован общесоюзный Народный комиссариат внутренних дел. ОГЛУ при СНК СССР было упразднено, а на базе его оперативно-чекистских отделов создано Главное управление государственной безопасности, вошедшее в состав НКВД СССР. В состав ГУ ГБ НКВД СССР вошло девять отделов, в том числе Особый отдел, штатная численность которого составляла 225 человек.

Согласно приказу НКВД СССР «Об организации органов НКВД на местах» от 13 июля 1934 г., Особые отделы и Особые отделения ОГПУ при соединениях и частях РККА и РККФ были переименованы соответственно в Особые отделы и Особые отделения Главного управления государственной безопасности НКВД, с непосредственным подчинением Особым отделам управлений государственной безопасности республиканских, краевых (областных) управлений НКВД.

Для руководства особыми отделами НКВД и выполнения задач, возложенных на Особые отделы по центральному аппарату Народного комиссариата обороны СССР, Народного комиссариата Военно-морского флота и Главного управления пограничных и внутренних войск НКВД СССР организовывался Особый отдел НКВД СССР армии и флота, входящий в состав Главного управления государственной безопасности НКВД СССР. В местах дислокации управлений военных округов, отдельных армий и флотов создавались особые отделы НКВД округов, отдельных армий и флотов, непосредственно подчиненные Особому отделу НКВД СССР. При армейских группах, корпусах, флотилиях, дивизиях и бригадах, укрепленных районах и крупных военных объектах (военные училища, склады и т. д.) создавались особые отделы (отделения, группы и уполномоченные) НКВД, подчинявшиеся во всех отношениях соответствующим особым отделам НКВД военного округа отдельной армии или флота.

С 25 декабря 1936 г. Особый отдел ГУГБ стал именоваться 5-м отделом ГУГБ НКВД СССР. 28 марта 1938 г. состоялось решение Политбюро ЦК ВКП(б) об очередной реорганизации НКВД и ликвидации ГУГБ — новая структура НКВД СССР была объявлена приказом НКВД СССР № 00362 от 9 июня 1938 г. В его состав вошли три управления: 1-е — Государственной безопасности, 2-е — Особых отделов, 3-е — Транспорта и связи [80] .

Деятельность особых отделов флотов была регламентирована совместным приказом НКВМФ и НКВД СССР № 0056/007 от 17 января 1939 г., в котором были определены специальные задачи по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Рабочекрестьянской Красной армии, Военно-морском флоте и пограничных и внутренних войсках НКВД.

Начальники особых отделов флотов, флотилий и соединений в них назначались народным комиссаром внутренних дел СССР по согласованию с народным комиссаром Военно-морского флота СССР. Назначение оперуполномоченных особых отделов при частях, на кораблях, в соединениях флота, флотилий, военноучебных заведениях и складах согласовывалось с военными советами флотов, командующими и военкомами флотилий. Назначение начальника Особого отдела НКВД СССР, начальников особых отделов флотов (флотилий) и начальников особых отделов соединений флота объявляется также приказом народного комиссара Военно-морского флота СССР.