В этот период приобрело более широкий размах исследование опыта борьбы отечественной контрразведки с разведками противника. Среди первоочередных направлений работы историков стояла задача создания обобщенного труда по истории деятельности советской разведки и контрразведки во время Великой Отечественной войны. В середине 1950-х гг. началась активная работа, в первую очередь учеными Высшей школы МГБ — КГБ СССР, по созданию первого учебного пособия по истории советских органов безопасности. Получаемые из архивов и управлений КГБ дела тщательно изучались, на их основе был выпущен сборник статей «Из истории советской разведки».

В 1960-х гг. в Высшей школе КГБ вышли в свет ряд работ о противоборстве советской контрразведки и германской разведки. Общий уровень научных исследований по истории органов госбезопасности, достигнутый к началу 1960-х гг., был отражен в лекциях И.М. Никитина [7] .

Развитию исторического знания в 1950—1960-х гг. способствовало введение в научный оборот новых документов о деятельности органов государственной безопасности [8] . На их основе было опубликовано большое количество научных и научно-популярных работ, книг и статей, посвященных участию советских органов государственной безопасности и внутренних дел в Великой Отечественной войне. Было издано большое количество мемуаров и очерков, написанных разведчиками и контрразведчиками — участниками войны [9] .

В 1967 г. к 50-летию образования советских органов государственной безопасности в Высшей школе КГБ было издано учебное пособие по истории советской разведки и контрразведки [10] .

В 1977 г. к 60-летию образования ВЧК ученые Высшей школы КГБ создали учебник по истории отечественных органов государственной безопасности, охватывающий весь период деятельности советской разведки и контрразведки со дня образования [11] .

Открытая литература о деятельности органов госбезопасности в годы Великой Отечественной войны, изданная во второй период, оставалась немногочисленной, в основном эти работы имеют публицистический характер и соответствуют общественнополитической обстановке в СССР [12] .

В научных и научно-популярных статьях рассказывалось о борьбе с агентурой немецкой разведки, дезертирами и изменниками Родины, что позволяло информировать общественность о героических страницах работы контрразведчиков и формировать чувство гордости за бойцов невидимого фронта.

Интерес к изучению истории отечественных органов безопасности, в том числе в военные годы, возрос в период подготовки и празднования в 1978 г. 60-летия образования особых отделов КГБ СССР. К этой дате вышел сборник очерков, большая часть которых была посвящена деятельности военной контрразведки в годы Великой Отечественной войны. В написании очерков принимали участие ветераны особых отделов, историки, журналисты [13] .

Однако исследователи, не являющиеся сотрудниками органов безопасности, не могли приступить к серьезному изучению темы, поскольку не имели доступа к необходимым документальным материалам, которые в большинстве своем носили ограничительные грифы.

Третий период, начало которого в середине 1980-х гг. связано с «политикой перестройки», продолжается до настоящего времени. Он характеризуется активным изданием мемуаров и научнопопулярных работ, снятием ограничительных грифов с большого количества документов [14] , рассекречиванием документов НКВД/ НКГБ СССР, органов контрразведки «Смерш», передачей части из них на государственное хранение и расширением источниковой базы исторических исследований. Начало этого периода часто называют временем, когда произошла «архивная революция», исследователи получили доступ к закрытым материалам, и началось изучение ранее закрытых тем.

В 1990-х гг. работа по изучению деятельности разведки и контрразведки во время Великой Отечественной войны приобретала все более широкий размах. Новые источники позволяли уточнить и расширить представления о характере деятельности советской разведки и контрразведки, их противоборстве со спецслужбами Германии и ее союзников, выработанные в отечественной исторической науке в предшествующий период.

В работах активно изучаются события, в частности, происходившие в период битвы за Ленинград и его блокады, вклад сотрудников УНКВД по Ленинградской области и контрразведчиков Балтийского флота в оборону и освобождение города. В работах исследователей показаны взаимодействие специальных операций, проводимых УНКВД по Ленинградской области, с боевыми операциями частей и соединений Ленинградского и Волховского фронтов, контрразведчиками Балтийского флота, разведывательная и диверсионная работа на территории, занятой противником, содействие партизанскому движению, рассматривается историография советско-финляндской войны 1941–1944 гг. [15]

И.Б. Ивановым подготовлено несколько публикаций, посвященных деятельности военной контрразведки в первые месяцы войны и истории перехода кораблей Балтийского флота из Таллина в Кронштадт, анализируются причины больших потерь [16] .

Следует отметить некоторые работы, в которых рассматриваются некоторые аспекты становлении и деятельности органов морской контрразведки в дореволюционной России. К ним относятся работы А.А. Здановича «Организация и становление спецслужб Российского флота», А.А. Иванова «Военно-морская контрразведка на русском Севере (1914–1917)», В.О. Зверева «Морская контрразведка Российской империи на Балтике в 1914–1918 гг.: история создания и ликвидации».

Некоторым малоизвестным фактам о деятельности контрразведки по расследованию обстоятельств гибели ряда боевых кораблей в 20–30 гг. XX столетия посвящена книга В.В. Шигина «Отсеки в огне», вышедшая в 2012 г. В ней широко использованы ранее не публиковавшиеся архивные материалы Центрального архива ФСБ России.

Однако все эти издания посвящены лишь отдельным этапам деятельности морской контрразведки и не носят обобщающего характера.

Среди научно-популярных книг об истории создания и деятельности органов безопасности, в том числе и морской контрразведки, вышедших в 2000-х гг., следует отметить работы авторских коллективов из числа сотрудников ФСБ России и Главного архивного управления города Москвы, такие как «Лубянка», «Смерш», «Военная контрразведка», «Вместе с флотом» [17] . В этих работах впервые были рассмотрены вопросы деятельности советской морской контрразведки. Однако отсутствие полноценного научно-справочного аппарата существенно снижает их научную ценность.