Для подготовки агентов с задачами сбора разведывательной информации и проведения диверсионных актов были созданы две разведывательные школы: в городах Петрозаводске и Рованиеми (при Лапландском отделении разведки). Обучение в школе длилось от 3 до 9 месяцев. В программу подготовки обязательно включалось изучение радиодела. После завершения курса обучения агенты перебрасывалась в советский тыл группами по 2–3 человека. Обычно агенты забрасывались под видом военнослужащих Красной армии, были снабжены легендами и необходимыми документами прикрытия. Перед агентами, как правило, ставились следующие задания: сбор сведений о состоянии промышленных предприятий; о моральном состоянии военнослужащих частей и соединений Красной армии и войск НКВД; выявление тактических и стратегических планов военного командования. Агентам рекомендовалось использовать «втемную» местное население. Кроме того, специально подготовленным агентам поручалось проведение диверсий на транспортных коммуникациях.

Финская радиоразведка обеспечивала сбор информации техническим путем о состоянии, планах и практической деятельности войск Карельского и Ленинградского фронтов, Балтийского и Северного флотов, а также войск и учреждений НКВД Северо-Западного региона. Финская радиоразведка состояла из центрального аппарата и подчиненных ему станций перехвата на местах. Центральный аппарат определял направления деятельности всех подразделений радиоразведки, осуществлял дешифровку перехваченных радиотелеграмм, анализ полученных данных, готовил и направлял обобщенную информацию руководству государства и военного ведомства. Он состоял из четырех подразделений: дешифровки советских радиограмм; контроля за радиосвязью Красной армии, Военно-воздушных сил, Военно-морского флота и НКВД; технического и учебного. На местах радиоразведка представляла собой сеть пунктов и точек радиоперехвата, а также пеленгаторных станций, являвшихся основными поставщиками информации.

Несмотря на то что Япония на начальном этапе Второй мировой войны не участвовала в боевых действиях против СССР, тайная война, проводимая их спецслужбами, не только не прекращалась, но и активизировалась. В процессе подготовки к войне с Советским Союзом японским правительством принимались действенные меры по укреплению национальных спецслужб и активизации их разведывательно-подрывной деятельности. В этих целях в 1937 г. принимается решение о создании «Специального бюро при кабинете министров», непосредственное руководство которым осуществлял премьер-министр. В разведывательную деятельность вовлекались все японские спецслужбы (военная разведка и контрразведка, полиция), а также государственные и негосударственные «исследовательские» структуры (министерств, ведомств, экономических концессий в Дальневосточном регионе, обществ и коммерческих фирм, имевших выходы на СССР).

На территории Японии, Маньчжурии и Южного Сахалина была развернута сеть разведывательно-диверсионных и террористических школ и курсов. Вдоль советско-маньчжурской границы на Южном Сахалине сформированы органы военной разведки — японские военные миссии (ЯВМ), созданы три специализированных фильтрационных лагеря для захватываемых советских военнослужащих и перебежчиков из СССР, на службу японским спецслужбам поставлены все белоэмигрантские антисоветские организации в Харбине и т. п.

«Особое информационно-исследовательское бюро» при кабинете министров занималось вопросами планирования и координации разведывательно-подрывной деятельности всех спецслужб, полицейских органов и различных «исследовательских» структур министерств, ведомств, организаций, учреждений, обществ, ассоциаций и фирм; сбора всей добываемой разведывательной информации, ее оценки и анализа, информирования о ней кабинета министров, заинтересованных министерств и ведомств.

Разведывательное управление Генерального штаба (РУ ГШ) Японии, в состав которого входили 5-й (русский) отдел, а также подразделения разведки, подчинявшиеся РУ ГШ в соединениях и воинских частях японской армии. РУ ГШ накануне Второй мировой войны являлось единственным органом, имевшим право ведения агентурной разведки за границей, куда стекалась для оценки и анализа вся разведывательная информация.

В подчинение РУ ГШ входили многочисленные японские военные миссии, руководство работой которых осуществлялось 2-м управлением Генштаба и 2-м отделом штаба Квантунской армии.

Наиболее крупной японской военной миссией являлась Харбинская, подчинявшаяся Информационно-разведывательному управлению Квантунской армии и являвшаяся для других ЯВМ в Маньчжурии центральным органом разведки. Основным направлением разведывательно-подрывной деятельности ЯВМ были части и соединения Красной армии, Военно-морского флота, войск НКВД, дислоцировавшихся на территории Приморского и Хабаровского краев, Сахалинской и Читинской областей. Значительный объем информации поступал в РУ ГШ Японии от военных атташе при посольствах в иностранных государствах.

Помимо миссий, разведывательной деятельностью занимался 3-й отдел управления политической службы жандармерии, в задачу которого входил сбор сведений по СССР и МНР.

Жандармерия (военная контрразведка) входила в состав военного ведомства Японии. Ее подразделения были при всех воинских соединениях и частях, особенно многочисленными они были в Маньчжурии и на Южном Сахалине. Жандармерия в оперативном отношении подчинялась и взаимодействовала с военной разведкой, выполняла ее задания и поручения, передавала ей добываемую информацию об СССР, Красной армии, Военно-морском флоте, органах и войсках НКВД.

Полиция, подразделения которой были образованы во всех городах и крупных населенных пунктах Маньчжурии и Южного Сахалина. Помимо традиционных для японской полиции политического сыска, борьбы с уголовной преступностью и охраны общественного порядка, с 1937 г. она стала активно заниматься разведывательной работой против СССР. В этих целях велся опрос перебежчиков из Советского Союза, их вербовка и направление в Советской Союз с разведывательными заданиями.

«Исследовательские» подразделения министерств (иностранных дел, путей сообщения, земли и леса, финансов, торговли и промышленности), некоторых средств массовой организации, крупных фирм и компаний, общественных организаций, собирая информацию об СССР в собственных интересах, передавали ее в японские спецслужбы в виде аналитических исследований, справок, записок.