Первое обнаружение немецких подводных лодок зафиксировано в районе Мурманска и в акватории Белого моря уже в июле 1941 г. С весны 1942 г. подводные лодки противника начали появляться в юго-восточной части Баренцева моря и вдоль западного побережья Новой Земли [380] . К концу лета этого года противник обнаружил себя и на арктических коммуникациях в Карском море. Немецкими подлодками ставились мины на подходах к проливам Югорский Шар [381] и Маточкин Шар [382] , к острову Диксон [383] . Об активности германских подводных лодок и сложной военной обстановке можно судить по письму Транспортного управления НКВД СССР, направленному 21 августа 1942 г. в Управление ОО НКВД СССР. В письме сообщалось, что «имевшиеся, начиная с июня 1942 г., сигналы достаточно определенно указывали на то, что немцы готовят значительные операции в районе Новой Земли, Баренцева и Карского морей». Активность противника в течение лета 1942 г. нарастала и превратилась в реальную угрозу для советских коммуникаций в районе Баренцева и Карского морей и непосредственно для побережья. В документе сообщалось, что 27 июля подводная лодка противника посетила бухту Кармакуля [384] и артиллерийским огнем уничтожила 2 самолета. В районе обстрела уничтожены также 3 дома и 2 склада. 17 августа в районе Матвеева острова [385] подводная лодка противника подвергла артиллерийскому обстрелу караван судов, направлявшихся из Хабарово [386] в Нарьян-Мар [387] . Потоплены пароход «Комсомолец» [388] , баржи, мотоботы и погибло 305 человек. 19 августа подводная лодка противника обстреляла рыбаков в районе Черной Губы на острове Новая Земля [389] .

В 1942 г. на северном театре военных действий сложилась напряженная обстановка. Германский флот вел ожесточенные боевые действия на пути следования союзных конвоев, поставлявших в СССР по ленд-лизу продовольствие и вооружение. Советскому Северному флоту, в строю которого находилось всего лишь 22 подводные лодки (ПЛ), предстояло защищать коммуникации протяженностью в 3000 миль. ГКО принял решение об усилении СФ за счет передачи 12 ПЛ с других флотов, в том числе 6 из 91, сосредоточенных на Тихоокеанском флоте. В кратчайшие сроки к переходу на северный морской театр были подготовлены четыре ПЛ типа «С» Владивостокской и двух типа «Л» Камчатской военно-морских баз. Советские подводники должны были скрытно пересечь Тихий океан, где на американских коммуникациях действовали японские субмарины, спуститься к экватору, Панамским каналом выйти в Атлантику, миновать районы наиболее интенсивного действия немецких подводных лодок в северной части Атлантического океана, подняться выше Северного полярного круга и уже оттуда следовать в ВМБ СФ Полярный с готовностью немедленно вступить в бой. По договоренности с правительствами США и Англии они в пунктах остановки (Датч-Харбор, Сан-Франциско, Панама, Галифакс, Рейкьявик) обеспечивались топливом, продовольствием и необходимым ремонтом. 25 сентября 1942 г. начался небывалый в истории советского подводного флота до того времени поход подводных лодок [390] .

Сотрудники Особого отдела НКВД вели контрразведывательное обеспечение дальнего морского похода, захода советских подводных лодок в иностранные порты, а также принимали участие в расследовании чрезвычайного происшествия — гибели 11 октября на переходе из Датч-Харбора в Сан-Франциско подводной лодки Л-16.

1943 г. отмечается расширением зоны действия немецких подводных лодок. Начиная с июля субмарины противника действовали не только в районе Новой Земли, их появление неоднократно фиксировалось в Енисейском заливе [391] .

В сентябре 1943 г. германские подводные лодки разгромили конвой «ВА-18», потопив за один день два транспорта и боевой корабль. 12 августа 1944 г. германские подводные лодки напали на конвой «БД-5» и уничтожили транспорт и два тральщика. 16 января 1945 г. в результате торпедных атак германских подводных лодок был потоплен эсминец Северного флота «Деятельный» [392] , 20 января — торпедирован эсминец «Разъяренный» [393] , который остался на плаву и был отбуксирован в базу [394] .

Уничтожение подводных лодок противника было одной из основных боевых задач сил Северного флота и Беломорской военной флотилии. Советские морские контрразведчики обеспечивали безопасность боевых походов, выявляли факты утечки секретной информации о планах и замыслах командования Северного флота и Беломорской военной флотилии.

Контрразведчики СФ пытались разобраться с возможной утечкой к противнику информации о движении советских судов, такие предположения у них возникали в связи со слишком уверенными действиями немецких подлодок и рейдеров, хорошим знанием ими трассы Северного морского пути, гидрологической и гидрографической обстановки в Карском море. Кроме того, по мнению морских контрразведчиков, в Арктике германский подводный флот мог иметь пункты дозаправки, а также гидрометеопосты [395] .

Такие предположения советских морских контрразведчиков основывались на информации, концентрировавшейся еще с периода летней навигации 1940 г. Тогда в результате переговоров между Германией и СССР руководство Советского Союза дало согласие на проводку Северным морским путем (Севморпуть) немецкого судна «Комета» [396] , которое было заявлено как торговое судно. Однако позже выяснилось, что «Комета» была замаскированным немецким рейдером, который после проводки через советский Север, оказавшись в Индийском океане, потопил около десяти торговых судов союзников. Следуя по трассе Севморпути, германские моряки вели тщательную фотосъемку. В одном из докладов советских моряков и лоцманов, например, указывалось, что немцы «фотографировали непрерывно берега, фотографировали все объекты, которые только встречали на своем пути. Фотографировали острова, мимо которых проходили, около которых стояли, фотографировали мыс Челюскина». При малейшей возможности делали промеры глубин; высаживались на берег и фотографировали, фотографировали, фотографировали… [397]

Анализ документов свидетельствовал, что некоторая беспечность была присуща многим должностным лицам, имевшим отношение к операции по проводу «Кометы», так, например, начальник Главсевморпути [398] И.Д. Папанин предлагал показать германским морякам трассу. В радиограмме, направленной одному из лоцманов, проводивших «Комету», И.Д. Папанин писал: «[…] Нет сомнений, что немцы посылали одно суденышко только с целью изучить трассу, покажи, так сказать, им трассу […] пусть ледокол проведет через лед» [399] .

Сведения о навигационном оборудовании Северного морского пути, полученные во время перехода «Кометы», позволили германскому морскому штабу заблаговременно развернуть систему радиометеостанций на арктических островах Северного Ледовитого океана (в том числе и на архипелаге Шпицберген в нарушение Парижского договора 1920 г.) [400] . Германские специалисты тщательно проанализировали полученные сведения о советских полярных станциях в Арктике, организации их радиосвязи, результаты промеров глубин в проливах и в июне 1941 г. издали обобщенные данные в виде секретного приложения к «Наставлению о плавании в арктических морях».