Уже в октябре 1941 г. на сухопутный фронт ушел первый батальон морской пехоты, сформированный исключительно из моряков флотилии. Всего же за годы войны из состава Каспийской флотилии на сухопутный фронт было отправлено около 5 тысяч краснофлотцев, старшин и офицеров.

В самые напряженные дни битвы за Кавказ приказом наркома ВМФ СССР Н.Г. Кузнецова Каспийская флотилия была объявлена действующей, и ее главной задачей было определено обеспечение народно-хозяйственных и оперативных воинских перевозок на Каспии и борьба с вражескими десантами. Только в 1942–1943 гг. флотилия обеспечила перевозку 21 млн т нефти и нефтепродуктов. Кроме того, моряки флотилии обеспечили доставку через каспийские порты более 4 млн т ленд-лизовских грузов [620] .

Оперативно-розыскная работа Отдела контрразведки Каспийской флотилии, как и работа отделов всех флотов и флотилий, осуществлялась в соответствии с Постановлением ГКО от 17 июля 1941 г. и приказами НКВД СССР и УКР «Смерш» НКВМФ по борьбе со шпионажем, диверсией, изменниками Родины, предателями, трусами и паникерами.

При организации работы контрразведчики учитывали и обстановку, складывавшуюся на фронтах Великой Отечественной войны, в первую очередь на участках, прилегающих к Каспийскому морю (Сталинград, Северный Кавказ).

Деятельность Отдела контрразведки флотилии условно можно разбить на три периода, в соответствии с действиями сил Каспийской флотилии. Первый период — с июня 1941 г. по июль 1942 г., когда флотилия активных действий не вела. Второй — с июля 1942 г. по сентябрь 1943 г., когда флотилия во взаимодействии с частями Красной армии принимала активное участие в боях с наступавшим на Сталинград и Северный Кавказ противником. С августа 1942 г. Каспийская флотилия была включена в состав действующих военно-морских сил СССР. Третий этап относится к периоду разгрома немецких войск под Сталинградом и к изгнанию их с Северного Кавказа. В этот период Каспийская флотилия вышла из боев и оказывала содействие наступающим войскам и Черноморскому флоту перевозками и формированием новых частей.

В 1941–1942 гг. Особый отдел флотилии провел большую работу по проверке и отбору моряков, направлявшихся на фронт. Предпринятыми мерами по отбору военнослужащих, в том числе и с использованием методов оперативно-розыскной работы, практически удалось исключить попытки дезертирства как при формировании и отправке, так и в пути следования подразделений на фронт.

За период Великой Отечественной войны с кораблей и из частей флотилии дезертировало 155 человек, из которых 64 были объявлены во всесоюзный, а 91 — в местный розыск. Более 60 человек, объявленных в розыск, были задержаны и арестованы контрразведчиками ККФ. Кроме того, были задержаны 6 военнослужащих, дезертировавших из других частей ВМФ и РККА, которые после ареста и проведенного следствия были осуждены к различным срокам заключения [621] .

Всего же в 1941–1945 гг. Отделом контрразведки было арестовано 267 человек, из них: за шпионаж — 8; за изменнические настроения — 15; за террористические намерения — 6; за антисоветскую агитацию — 133; за распространение антисоветских слухов — 16; за воинские преступления — 16; за должностные преступления — 2; за дезертирство — 61; за другие преступления — 10 [622] .

В период с 1941 г. по сентябрь 1943 г. Отделом контрразведки флотилии в портах Махачкала, Красноводск, Гурьев, Карабогазгол [623] и на территории Ирана были созданы оперативные группы, а в порту Астрахань — Отдел контрразведки при военно-морской базе, которые вели контрразведывательное обеспечение кораблей и частей флотилии.

Корабли флотилии сопровождали транспорты с нефтью и военными грузами, производили боевое траление на подходах к Астрахани, в августе сентябре 1942 г. перебросили из Астрахани в Красноводск на западное побережье моря два стрелковых и один кавалерийский корпуса, которые сыграли важную роль в наступлении Северной группы войск Закавказского фронта. В 1943 г. в Каспийской флотилии насчитывалось 175 кораблей [624] .

С вступлением частей Красной армии и Каспийской флотилии в Иран контрразведчиками ККФ была проведена большая работа на территории этого государства по пресечению возможного проникновения агентуры иностранных разведок на объекты флотилии. Обеспечение безопасности наших моряков было возложено на сформированные для этих целей отделы, дислоцировавшиеся в иранских военно-морских базах (Пехлеви [625] , Бендер-Шах [626] и Ноу-шехр [627] ).

Как несомненный успех контрразведчиков можно расценивать раскрытие в Иране нескольких резидентур английской разведки с их сотрудниками. Данные материалы незамедлительно были направлены в Москву для информирования руководства страны.

Кроме того, были выявлены и пресечены факты занятия военнослужащих флотилии в период посещения иранских портов контрабандной деятельностью: они продавали местным жителям цветные металлы, а на вырученную валюту покупали и перевозили в СССР товары и продукты свыше установленных таможенных норм. Об этих фактах и принятых мерах информировался лично нарком ВМФ СССР Н.Г. Кузнецов.

Также в результате проведенной оперативно-агентурной комбинации ОКР «Смерш» ККФ был перекрыт канал нелегального перехода иранцев на территорию СССР [628] .

В 1944 г., после окончания активных действий на Каспии, флотилия вступила в период плановой оперативно-боевой подготовки и комплектования своих частей. В это время на ККФ прибыло молодое пополнение, часть которого была призвана с территории, ранее оккупированной войсками противника.

В связи с этим главной задачей ОКР «Смерш» ККФ стало не допустить в соединения, а особенно в плавсостав боевых кораблей флотилии, лиц, запятнавших себя сотрудничеством с немецкими властями. Определенная роль в этой работе отводилась работе агентурного аппарата отдела.