Ленард даже написал книгу под названием Deutsche Physik («Немецкая физика»). Работа была посвящена общей физике, однако ее длинное предисловие описывало различия между «немецкой физикой» и «еврейской физикой». В нем, в частности, говорилось: истинная наука реалистична, построена на основе экспериментов, обладает причинно-следственными связями и интуитивно понятна, строится по индукции, целью ее является познание природы и поиск истины, и, кроме того, она имеет чисто нордическое происхождение. Еврейская наука, напротив, носит теоретический и формальный характер, имеет вероятностную природу, неинтуитивна, изобилует математическими выкладками, не относится к природе и к реальности и притворяется интернациональной. Разделение между классической и современной физикой – это происки еврейской физики, так как «евреи стремятся повсюду создать противоречия и разрушить связи, чтобы бедные немцы, которые попадают в их ловушки, утратили любую возможность понять, где же они находятся».

Проявлением неприязни Штарка к Гейзенбергу стали события после отставки Зоммерфельда. Летом 1935 года руководство Мюнхенского университета предложило единственного кандидата на вакантную должность, и этим кандидатом стал Гейзенберг. В обычной ситуации он получил бы должность, однако Штарку удалось помешать его назначению. Кроме того, на публичном обсуждении он заявил, что от Эйнштейна удалось избавиться, однако в университетах остались его друзья и союзники. К ним Штарк причислил Планка, Лауэ и «действующего в духе Эйнштейна теоретика-формалиста Гейзенберга, который теперь хочет заполучить себе кафедру». С этого момента фраза «он действует в духе Эйнштейна» стала равносильна обвинению в сопротивлении режиму.

В конце 1936 года в официальной газете нацистской партии появилась статья «Немецкая физика и еврейская физика», где приводились те же аргументы, что и в предисловии к книге Ленарда: он отвергал теорию относительности Эйнштейна за туманность и формализм, а также выступал против матричной механики Гейзенберга и волновой механики Шрёдингера. Статья завершалась требованием изгнать «еврейскую физику» из университетов. В июне 1937 года в официальной газете СС была опубликована статья «Белые евреи в науке». Так были названы немцы по крови, которые, однако, распространяют дух еврейства, а потому вдвойне опасны. Основным представителем «духа Эйнштейна в новой Германии» был назван Гейзенберг. Позже в прессе появились письма с требованиями заключить Гейзенберга, предателя расы и государства, в концентрационный лагерь. Все эти нападки представляли серьезную угрозу для ученого, и он решил написать главе СС Гиммлеру. В письме Гейзенберг выразил готовность оставить университет, если статья отражала официальное мнение СС, либо требовал прекратить травлю. Мать ученого была с детства знакома с матерью Гиммлера, через нее он и передал письмо, чтобы быть уверенным, что оно дойдет до адресата. По прошествии нескольких месяцев Гиммлер попросил Гейзенберга подготовить подробный доклад о теоретической физике и одновременно приказал начать расследование, которое должно было подтвердить политическую благонадежность ученого. Расследование продолжалось восемь месяцев, в течение которых Гейзенберга вызывали на допросы в СС.

По результатам расследования Гейзенберга сочли типичным аполитичным профессором, всегда готовым встать на защиту Германии – он доказал это в 1919 году, когда участвовал в подавлении Баварской Советской Республики, и в 1935-м, когда записался в резервисты. В деле указывалось, что он получил образование по «еврейской методологии», однако постепенно «приблизился к интуитивному арийскому образу мыслей» и теперь «утверждает, что физическая теория есть не более чем гипотеза, позволяющая физикам-экспериментаторам исследовать природу».

В июле 1938 года Гиммлер приказал прекратить кампанию против Гейзенберга, однако предупредил его в письме: «[…] Будет лучше, если далее вы в своих выступлениях будете различать для себя результаты научных исследований и личную и политическую деятельность их авторов». Иными словами, Гейзенберг мог говорить о теории относительности, но не об Эйнштейне.

Вскоре после получения письма Гейзенберг был мобилизован на несколько месяцев и отправлен в Чехословакию на время так называемого Судетского кризиса, который завершился аннексией части Чехословакии. Однако полностью Гейзенберг был реабилитирован в глазах правительства только в 1942 году, когда он принял участие в немецкой ядерной программе. Незадолго до этого состоялось собрание сторонников и противников «арийской физики», на котором было принято компромиссное решение: преподавание теоретической физики и теории относительности было разрешено, однако упоминать имя «еврея Эйнштейна» по-прежнему запрещалось.

Гейзенберг всеми силами старался избегать идеологических дискуссий. В своих статьях и докладах, в выступлениях перед промышленниками, инженерами, военными и государственными чиновниками он всегда настаивал на том, что теоретическая физика высокого уровня (к ней относится и современная физика) играет крайне важную роль в образовании будущих поколений физиков и способствует продуктивному сотрудничеству науки и техники.

В двух мировых войнах, определивших лицо XX века, широко использовались достижения науки и техники, что стало причиной неутихающих споров о моральной ответственности ученых. Во время Второй мировой войны Германия стала первой страной, где были начаты работы по ядерной программе, одну из ключевых ролей в которой сыграл Вернер Гейзенберг.

Этот период стал наиболее противоречивым в его жизни, что особенно ярко проявилось во время визита ученого в Копенгаген в 1941 году.

Весной и летом 1939 года ученые Германии, Великобритании и США уведомили политических и военных руководителей своих стран о возможности создания взрывного устройства, которое будет в миллион раз мощнее любого из известных на тот момент. Этот шаг был продиктован ощущением неизбежности войны, которая действительно началась 1 сентября, в день вторжения Германии в Польшу. Вторая мировая война стала примером беспрецедентного сотрудничества фундаментальной и прикладной науки и техники. В результате на свет появились радар, крылатые ракеты «Фау-1» и «Фау-2», а также атомная бомба. Спустя несколько недель после начала войны Гейзенберг был мобилизован для участия в немецкой ядерной программе.

Открытие нейтрона в 1932 году сыграло ключевую роль в понимании структуры атомных ядер. Итальянский физик Энрико Ферми (1901-1954) сразу же заметил, что нейтрон, не имеющий электрического заряда, может легко проникать внутрь атомных ядер. Он провел систематическое исследование, облучив ядра всех элементов периодической таблицы пучками нейтронов.

Лиза Мейтнер (1878-1968) получила докторскую степень в Венском университете в 1905 году, став в Австрии второй женщиной – доктором физических наук. В 1907 году она переехала в Берлин, чтобы учиться у Макса Планка. Почти сразу же после приезда началось ее плодотворное сотрудничество с Отто Ганом, кульминацией которого стало открытие протактиния в 1917 году, за что Мейтнер и Ган неоднократно выдвигались на Нобелевскую премию. В 1926 году Мейтнер стала профессором Берлинского университета и первой женщиной в Германии, получившей столь высокое научное звание. В 1930-е годы она совместно с Ганом начала эксперименты, которые привели к открытию деления атомного ядра. С аннексией Австрии в 1938 году Мейтнер стала гражданкой Германии и подверглась преследованиям ввиду еврейского происхождения. Она вовремя покинула Германию – всего через несколько дней в берлинское Общество кайзера Вильгельма пришло письмо из министерства, в котором стоял вопрос о «доле еврейской крови» профессора Мейтнер. Пробыв некоторое время в Голландии, Мейтнер получила работу в Швеции. Жалование было более чем скромным, оборудования не хватало. Она отказалась принимать участие в Манхэттенском проекте, сказав: «Я никогда не сделаю ничего для создания бомбы». В 1947 году, к 70-летию Лизы Мейтнер, Стокгольмский университет присвоил ей звание профессора.