Представленное на утверждение Государственного Совета «Положение по управлению морским министерством» было утверждено сроком на 5 лет с тем, чтобы в 1865 г. по внесении необходимых поправок оно было окончательно рассмотрено и одобрено Государственным Советом. В 1867 г. оно вошло в силу и действовало до 1885 г. [1805]

Хотя новое Положение и было утверждено, однако вскоре выявилось много неувязок и явных несообразностей в структуре. Канцелярия в качестве распорядительного органа не справлялась с финансовыми проблемами, Инспекторский департамент, оставленный временно, вскоре пришлось преобразовать в Главный морской штаб. Вскоре выявились также неполадки и во взаимоотношениях между министерством и портовыми управлениями.

Для окончательной отработки Положения в 1871 г. была образована специальная комиссия под председательством управляющего министерством вице-адмирала С. С. Лесовского. Комиссия представила свои соображения, по которым требовались новые крупные ассигнования на содержание аппарата управления (до 600 тыс. руб. в год). Дело было отложено в связи с начавшейся войной с Турцией. Однако жизнь настоятельно требовала решения вопроса о совершенствовании системы центрального управления. Эту задачу возложили на комиссию члена совета государственного контроля вице-адмирала Жандра. Комиссия работала с 1882 по 1885 г. и представила свои соображения, а также проекты «Положения об управлении Морским ведомством» и «Наказа по управлению Морским ведомством» [1806] . Представляя в Государственный совет проект Положения, управляющий морским ведомством генерал-адъютант И. А. Шестаков указывал в своем докладе «на весьма серьезные недостатки и неудобства установленной им организации управления морским ведомством». Главными из них было то, что «коренные начала реформ 1860 г. не только не получили надлежащего применения и развития, но во многих случаях, под видом этого развития, являются совершенно разрушенными». Это проявилось прежде всего в децентрализации хозяйственных функций и передаче их портовым управлениям. Было нарушено также управление флотом в строевом отношении, так как круг деятельности Инспекторского департамента был сведен лишь к изучению личного состава; портовые управления не получили должной самостоятельности и, таким образом, правильная в своей основе идея усовершенствования управления была искажена [1807] . Адмирал Шестаков считал, что люди, взявшиеся за реформу и прежде всего вел. кн. Константин, не понимали вставших перед Морским ведомством задач и вместо того, чтобы энергично взяться за создание винтового флота, заботились главным образом об экономии средств, в результате чего вся его деятельность «привела к совершенному расстройству наших морских сил» [1808] .

Вот почему Шестаков предлагал возвратиться к тем формам централизованного управления, которые обеспечивают руководство флотом как боевой единицей, устанавливают управление технической части сообразно значению различных специальных отраслей морского дела и строго отделяют функции управления личным составом флота от управления хозяйственной его частью.

Все это нашло свое отражение в «Положении об управлении Морским ведомством» 1885 г. и «Наказе по управлению Морским ведомством» 1888 г.

Структура управления получила следующий вид (см. схему 8).

В обязанности Адмиралтейского совета входило рассмотрение новых законов и штатов по Морскому ведомству, проектов по технической и строевой части, утверждение смет по Морскому министерству и разрешение всех вопросов, превышающих компетенцию управления.

Главный морской штаб обеспечивал управление боевыми силами и движением флота, заведование строевой частью и личным составом флота, а с 1891 г. управлял также подготовкой кадров в военно-морских учебных заведениях.

Главное гидрографическое управление собирало сведения об условиях плавания, ведало составлением карт, атласов, лоций, обеспечивало снабжение флота мореходными инструментами, картами, руководило обсерваторией и ведало маяками. В его распоряжении находилась картографическая часть, архив карт, мастерские и библиотека.

Схема 8 [1809]

Главное управление кораблестроения и снабжения руководило кораблестроительными работами, вооружением кораблей, а также строительством портовых сооружений и обеспечиванием их материальными ресурсами.

Морской технический комитет, состоявший из главных инспекторов кораблестроения, механической части, артиллерии, минного дела и строительных частей, ведал рассмотрением всех научно-технических вопросов, связанных с сооружением флота [1810] .

Проведенная реорганизация управления в какой-то мере улучшила организацию центрального органа Морского ведомства. Такая организация продержалась до 1911 г.

Чрезмерная централизация управления, имевшая место в первой половине XIX в., превращала портовые управления в исполнительные органы. Доля самостоятельности, которой пользовалось Черноморское управление, положительно сказывалась на состоянии Черноморского флота. Но после Крымской войны 1853–1856 гг., в связи с ликвидацией на Черном море боевого флота, управление флотом было свернуто.

Необходимость обеспечения промышленной инициативы и самостоятельности портовых управлений, ведавших отдельными функциями, проявилась при разработке «Общего образования управления морским ведомством и портового управления» 1860 г.

Однако эти положения в значительной мере были декларацией, так как местным портовым управлениям не было дано необходимых прав и средств для их реализации. Неувязка их деятельности с деятельностью центральных органов мешала нормальной жизни флотов.

Это было учтено при подготовке «Наказа портовым управлениям» 1888 г. Все порты были разделены на два разряда. В состав портовых управлений входил штаб, контора порта, магазины и склад артиллерии, гидрографическая, строительная и медицинская части, морской госпиталь. В отдельных портах были портовые лаборатории, судостроительные и ремонтные мастерские, маяки и самостоятельные госпитали.

Управление главных портов находилось в ведении главных командиров (главнокомандующего Кронштадтским портом и главнокомандующего Черноморским флотом и портами Черного моря).

Остальные порты состояли в ведении командиров флотов [1811] .

Таким образом, организация и формы управления менялись по мере перехода от парусного к паровому флоту. Они приспосабливались к нуждам флота. Но, как правило, этот процесс происходил медленно, что отрицательно сказывалось на состоянии военно-морского флота.