А пока внутри подземной полости, называемой Геофронтом, и в коридорах штаб-квартиры шли неравные бои, в Центральной Догме разыгрывалась своя драма. Начальник научного отдела хотела остановить Командующего и уничтожить Догму. Но сигнал на взрыв не прошел из-за отказа одного из блоков МАГИ подтвердить его. Так суть ее матери, скопированная внутрь техники, предала свою дочь. После этого Гендо застрелил свою бывшую любовницу и приступил к проведению ритуала.

В этот момент Комитет пустил в ход свое главное оружие. Внутрь Геофронта влетели девять Серийных Евангелионов. И начался неравный, но славный бой. Ева-02, в конце концов, проиграла его, так как силы были совсем не равны. После чего Серийные Модели разорвали ее в клочья.

В тот самый момент, когда пилот Евы-02 из последних сил сражалась с врагами, начальник оперативного отдела дотащила пилота Евы-01 до лифта, ведущего в ангар Евангелионов. Она получила по пути сюда тяжелое ранение, но выполнила свой долг ценой жизни.

А пилот Евы-01сидел в ангаре и смотрел на свою Еву залитую бакелитом. Внезапно она проснулась от стазиса и разбила сковывающие ее оковы. Он быстро залез в капсулу пробудившейся Евы и дальше от него уже мало что зависело. Ева-01 на огненных крыльях взмыла ввысь. Серийные Евы вцепились в эти крылья и потащили ее вверх.

В этот самый момент пилот Евы-00 в свою очередь обманула Командующего. Она отказалась ему подчиниться и, поглотив имплантированный в его руку зародыш Адама, подлетела к Лилит и пробудила ее.

А дальше начался полный апокалипсис. При взаимодействии Евы-01, оригинала Копья Лонгиния, вернувшегося с Луны, Серийных Евангелионов и Лилит все живое потеряло свои оболочки и превратилось в море ЛСЛ. И окончательный выбор будущего мира был предоставлен на выбор пилота Евы-01. Но он сделал не такой выбор, как ожидал его отец или SEELE. Он решил, что мир останется в том виде, какой он теперь есть. И в результате такого решения проиграли абсолютно все.

Конец.