Между тем в США к 1939 году были пущены восемь циклотронов. В Англии Лео Сцилард получил в 1936 году патент на идею цепной реакции для атомной бомбы [205] . В СССР же критики нападали на ЛФТИ, комиссии обрушивались с проверками на лабораторию Курчатова, и ее руководителя приходилось прятать от глаз проверяющих. Переживая из-за требований закрыть работы «по ядру», как не дающие практического выхода в промышленность и в народное хозяйство [206] , Курчатов всецело поддерживал своего учителя Иоффе, который занял мудрую позицию: признав некоторые замечания справедливыми [207] , он, отвергая большинство обвинений как необоснованные, заявил, что технические усовершенствования следует внедрять на базе собственных оригинальных исследований, использовать свои неапробированные идеи — такому подходу он отдает предпочтение, поддерживая лучшую в своем институте лабораторию Курчатова [208] .

Эта позиция Иоффе в некоторой степени способствовала тому, что в принятой на мартовской сессии 1936 года резолюции Академия наук рекомендовала попавшему под огонь критики ЛФТИ быстрее внедрять результаты научных исследований в промышленное производство [209] . Академик Иоффе в борьбе за судьбу института добивался возможности продолжать и развивать в нем научные исследования по ядерной физике, мудро согласившись с некоторыми замечаниями, предпринял ряд мер по укреплению связей с промышленностью: поддержал проводимые в ЛФТИ оборонные работы по размагничиванию кораблей и по радиолокации [210] . В то же время он продолжал добиваться перевода института из Наркомтяжпрома в систему Академии наук.

Сложившееся положение немало тормозило дальнейшую разработку Курчатовым и его командой программы развития ядерных исследований и технической базы для них, результатом чего должен был стать план практического осуществления цепной ядерной реакции. 5 марта 1938 года из ЛФТИ было отправлено письмо председателю СНК СССР В. М. Молотову за подписью А. Ф. Иоффе, И. В. Курчатова, А. И. Алиханова, Д. В. Скобельцына, Л. А. Арцимовича и др. (всего 23 подписи) [211] . Авторы указывали на необходимость создания в стране более совершенной в качественном и количественном отношениях технической базы ядерных исследований. Речь прежде всего шла об ускорении темпов работ по строительству циклотрона ЛФТИ, на которое не хватало средств [212] . Они также просили решения Совнаркома о предоставлении ЛФТИ двух граммов радия для проведения экспериментов [213] .

Это обращение в правительство дало результаты. В мае 1938 года с целью рассмотрения проекта циклотрона ЛФТИ была создана комиссия в ОМЕН Академии наук. И. В. Курчатов и А. И. Алиханов получили положительное заключение на свой проект [214] . Больше того, основываясь на проекте циклотрона ЛФТИ, комиссия ОМЕН 17 июня 1938 года признала необходимым сооружение в СССР еще одного, более мощного циклотрона для получения частиц с большой энергией. Проблемы ядерных исследований в планах Академии наук на 1939 год получили приоритет, был намечен ряд организационных мер по объединению ведущихся в стране работ по ядру, по созданию научно-исследовательской экспериментальной базы в Москве и построению там мощного ускорителя [215] .

Между тем 25 ноября 1938 года Президиум АН СССР принял постановление «Об организации в Академии наук работ по исследованию атомного ядра». Согласно ему в академии была создана Комиссия по атомному ядру, которую возглавил академик С. И. Вавилов. В нее вошли А. Ф. Иоффе, И. М. Франк, А. И. Алиханов, И. В. Курчатов, В. И. Векслер и представитель Украинского физико-технического института (УФТИ) [216] . Комиссия начала работу с подготовки проекта «докладной записки в Правительство о необходимости правительственных мероприятий для организации работ по атомному ядру в СССР» [217] .

В декабре 1938 года Президиум АН СССР внес предложение перевести лабораторию Курчатова из ЛФТИ в ФИАН и построить циклотрон в Москве. Это обеспокоило Курчатова и вызвало несогласие Иоффе [218] . Абрам Федорович подписал совместно с С. И. Вавиловым записку «К вопросу о плане строительства циклотронов», в которой обосновал необходимость строительства в стране минимум трех циклотронов, а не одного, чтобы можно было обеспечить необходимое для СССР развитие работ по атомному ядру на ближайшие годы [219] .

Поддерживая Иоффе, свою точку зрения по этим вопросам высказал и Курчатов. На заседании бюро Отделения физико-математических наук (ОФМН) 26 мая 1939 года он аргументированно высказался за строительство циклотрона в Ленинграде и за оставление его ядерной лаборатории в ЛФТИ [220] . И учитель, и ученик обеспокоились, что все наработанное в ЛФТИ будет потеряно, а в результате и вся советская физика будет отброшена далеко от уровня передовых стран [221] . Без циклотрона, которого в Москве пока еще не было, Курчатов работать не мог: в поисках надежного источника нейтронов он не раз обращался в Комиссию по атомному ядру, членом которой являлся, с просьбой предоставить все те же указанные выше два грамма радия, но получал отказ [222] . Только незадолго до начала войны ЛФТИ получил один (!) грамм радия.

На 1939 год Курчатов планировал провести в ЛФТИ работы по рассеянию альфа-частиц легкими ядрами; дальнейшему исследованию изомерии ядра и выяснению связи этого явления с внутренней конверсией; разработке чувствительной ионизационной камеры для регистрации нейтронов; строительству циклотрона. Все они успешно завершились на уровне открытий, в том числе и работы по сооружению циклотрона ЛФТИ, включая изготовление магнита для него на заводе «Электросила» [223] . Несмотря «на отсутствие фондов и даже вначале средств», практические задачи по созданию циклотрона продвинулись, о чем А. Ф. Иоффе заявил в докладе «О работе физико-технического института за 1939 г.» на сессии ОФМН Академии наук СССР 27 февраля 1940 года [224] .