Новгородская боярская республика, обладавшая еще значительной силой, все еще оставалась независимой от московского князя. В Новгороде в 1410 г. произошла реформа посаднического управления: усилилась власть боярства. Главным делом Ивана III стало присоединение к Московскому государству новгородских земель. Верхушка Новгородской республики тяготела к Литве, в то время как простой народ стремился к объединению с Московским государством. Опасаясь потери своих привилегий в случае подчинения Москве, часть новгородского боярства во главе с посадницей Марфой Борецкой пошла на заключение договора с Казимиром IV. По этому соглашению Новгород признавал его своим князем, а он в свою очередь брал на себя обязательство в случае необходимости защитить город от московского завоевания. Марфа Борецкая принадлежала к одному из самых богатых и знатных новгородских боярских родов и в 1471 г. возглавила сложившуюся антимосковскую коалицию, в которую входила новгородская правящая верхушка, польско-литовский король Казимир Ягеллон и хан Золотой Орды Ахмат. На вече сторонники Борецкой решили послать к Казимиру посольство с предложением стать главой Новгорода с сохранением свобод, издревле существовавших в Новгородской земле. Этой коалиции Иван III противопоставил свой союз с Крымским и Казанским ханствами, что позволило ему сдерживать своих внешних врагов и получить свободу рук в отношении Новгорода.

Узнав о сговоре бояр с Литвой, Иван III в 1471 г. организовал военный поход против Новгорода. В походе участвовали войска всех подвластных Москве земель, что придало ему общерусский характер. Новгородцев обвиняли в том, что они «отпали от православия к латинству».

Решающее сражение произошло на реке Шелонь. Новгородское ополчение, имея значительное превосходство в силах, сражалось неохотно; москвичи же, по словам близких к Москве летописцев, «как львы рыкающие», набросились на противника и более двадцати верст преследовали отступающих новгородцев. Сын Борецкой Дмитрий, активно участвовавший в деятельности антимосковской коалиции, был казнен. Деятельность Борецкой привела к восстанию, во время которого были убиты сторонники активного сближения с Москвой. Новгород был присоединен к Москве через семь лет, когда в 1478 г. Иван III окончательно уничтожил новгородское самоуправление. Для этого понадобилось осадить город и принудить его к сдаче. Великий князь постановил, что отныне в Новгороде «вечу не быть, посаднику не быть, а быть московскому обычаю, как государи великие князья держат свое государство». Марфа Борецкая и ее сторонники были арестованы, вольности города были ликвидированы, вече распущено, а вечевой колокол увезен в Москву.

Новгородская знать не могла смириться с этим и попыталась поднять восстание. После того как оно было подавлено, Иван III приказал выселить из новгородских земель всех бояр и знатных людей на восток своей державы и раздать их земли во владение государевым людям – дворянам. Так Иван III заложил основу дворянского сословия и поместной системы.

Учитывая силу Новгорода, Иван III оставил за ним ряд привилегий (право вести сношения с Швецией и др.); обещал не привлекать новгородцев к несению службы на южных границах. Городом теперь управляли московские наместники. Присоединение к Москве новгородских, вятских и пермских земель с проживающими здесь нерусскими народами севера и северо-востока расширило многонациональный состав Российского государства.

Первым шагом к ликвидации зависимости от Орды стало отражение в 1472 г. похода Ахмат-хана, который, не сумев преодолеть оборону русских войск в районе города Алексина, был вынужден ограничить выплату дани с 7 тыс. до 4 тыс. 200 руб. А с 1475 г. Иван III вообще прекратил платить дань.

В 1480 г. монголо-татарское иго было окончательно свергнуто. Это произошло после столкновения московских и монголо-татарских войск на реке Угре. Во главе ордынских войск стоял Ахмат-хан, заключивший союз с польско-литовским королем Казимиром IV. Иван III сумел привлечь на свою сторону крымского хана, войска которого напали на владения Казимира IV, тем самым сорвав его выступление против Москвы. В течение месяца продолжалось «стояние на Угре», во время которого происходили ежедневные стычки. Противник так и не сумел переправиться на русский берег. Ахмат-хан не дождался помощи от Казимира IV и понял, что вступать в сражение безнадежно. Узнав, что его столица Сарай подверглась нападению со стороны Сибирского ханства, он увел свои войска обратно. Сам Ахмат впоследствии был убит. А в 1502 г. крымский хан нанес сокрушительное поражение Золотой Орде, окончательно уничтожив ее былое могущество.