Обвинительное заключение по делу Таубина было вынесено 17 октября 1941 г. Таубин обвинялся в том, что «на протяжении ряда лет являлся активным участником антисоветской военно-заговорщической организации, ставившей своей целью свержение Советской власти; проводил активную вражескую работу в направлении срыва вооружения Красной Армии современными видами оружия, т.е. в совершении преступлений, предусмотренных ст. ст. 58 п.1 «а», 58-7 и 58-11 УК РСФСР». 28 октября 1941 г. Я. Г. Таубин вместе с 19-ю другими видными военными специалистами был расстрелян в посёлке Барбыше Куйбышевской области (сейчас Самарская область).
Будем надеяться, что со временем появятся документы, которые помогут пролить свет на эту историю.