Для продвижения в глубинные районы Африки на реке Замбези португальцами были построены несколько фортов. Это открыло им дорогу на Мономотапу, и в 1569–1573 гг. они предприняли попытку завоевать ее. Однако долгая и изнурительная военная кампания закончилась ничем, как из-за сопротивления, оказанного местным населением, так и из-за болезней, буквально выкосивших значительную часть португальских солдат. В 1574 г. против Мономотапы была направлена новая военная экспедиция, однако и она принесла лишь новые жертвы. Ситуация изменилась лишь в 1607 г., когда из-за разразившегося внутреннего кризиса и восстаний власть правителя Мономотапы была ослаблена, и он вынужден был обратиться к португальцам. В обмен на военную помощь он передал португальцам все права на разработку минеральных богатств Мономотапы. С 1632 г. Мономотапа была поставлена под контроль португальского губернатора и должна была платить дань португальцам. Однако португальцы вынуждены были конкурировать за контроль над Мономотапой с набиравшим силу вождеством розви. Соперничество закончилось изгнанием португальцев с территории Мономотапы в начале XVIII в.

Если в подчинении городов суахили португальцы опирались, прежде всего, на военную силу, то иная ситуация сложилась в Экваториальной Африке, где они столкнулись с одними из крупнейших доколониальных государств Африки – Конго и Ндонго. Первоначально Португалия не стремилась к завоеванию этих африканских государств, но лишь к их христианизации. Сюда в конце XV в. устремились католические миссионеры. Португальцы встретили со стороны местного населения доброжелательный прием, правители Конго рассматривали португальцев как равных и возможных торговых партнеров и союзников. Около 1506 г. маниконго Конго стал Мвемба Нзинга, который еще в 1491 г. был крещен под именем Афонсу. Правление короля Афонсу I (1506–1543) стало временем усиления влияния Португалии в Конго. В этот период многие знатные молодые люди баконго получали образование в Португалии. Однако в 1539 г. в Лиссабоне было получено известие, что меди, олова и серебра в Конго «больше, чем в Испании». С этого момента Португалия стала стремиться поставить Конго под свой политический и военный контроль. Фактически речь шла об установлении протектората над африканским государством. Португальцы стали вмешиваться в порядок престолонаследия, усилилась зависимость Конго от португальской военной помощи. Маниконго Алвару I (1568–1587) вынужден был признать себя вассалом короля Португалии.

В 1571 г. король Португалии пожаловал Паулу Диаш ди Новаиш побережье Анголы, на котором должны были разместиться первые белые колонисты. Так было положено начало созданию португальской колонии Ангола. Центром нового владения стала Луанда. В южной части Анголы в 1587 г. был основан форт Бенгела, давший название одноименной провинции. Начался длительный период так называемых «ангольских войн», в ходе которых португальцы столкнулись с упорным сопротивлением местного населения. В 1576 г. Диаш де Новаиш начал военную кампанию против государства Ндонго, целью которой было овладение серебряными рудниками в Камбамбе. К началу XVII в. завоевателям удалось закрепиться в этом районе и основать ряд крепостей, служивших опорными базами португальцев. Однако их влияние во внутренних районах было подорвано в ходе войн с правительницей государства Ндонго Нзинга Мбанде (принявшей в крещении имя доны Анны). С середины 1620-х гг. вплоть до своей смерти в 1663 г. она вела войны с португальцами, остановив их продвижение вглубь Анголы вплоть до 1670-х гг. В этом ей, как уже говорилось, в значительной степени помог союз с голландцами, занимавшими Луанду в 1641–1648 гг.

Постепенно отношения португальцев с государством Конго также начали принимать все более напряженный характер. Традиционная родовая знать баконго была недовольна пропортугальской политикой своих правителей и засильем католических миссионеров. Принимавшая все больший размах работорговля и постоянные набеги на соседей с целью захвата невольников подтачивали силы государства. Результатом были восстания, которые правителям Конго удавалось подавлять лишь при помощи португальцев, попадая от них в еще большую зависимость. В конце концов, новый маниконго Антониу Манимулуза пошел в 1663 г. на открытый конфликт с португальцами, отказавшись выполнять договор о территориальных уступках португальцам, подписанный его предшественником. В результате начавшейся в 1665 г. войны войско Антониу Манимулузы было разгромлено, сам маниконго был обезглавлен. Это фактически положило конец существованию государства Конго, в котором до 1710 г. происходили междоусобные войны, а власть маниконго носила лишь номинальный характер.

В целом в XVI–XVII вв. португальцам не удалось установить прочного контроля над внутренними территориями Африканского континента. Эпоха расцвета морской колониальной империи Португалии приходится на первую половину XVI века, но ее главным центром являлись так называемые Острова пряностей в Юго-Восточной Азии и города-крепости на побережье полуострова Индостан. У Португалии не было достаточно людей и ресурсов для масштабных завоевательных походов в Африке. К тому же ее владения на континенте имели в большей степени стратегическое значение для контроля над морским путем в Индию, и ее политика в африканских владениях была подчинена, прежде всего, этим целям. С 1580 по 1640 г. Португалия потеряла государственную самостоятельность и находилась в унии с Испанией, что также ослабило ее позиции в колониях. Оказавшись втянутой в войны Мадрида с Англией и Нидерландами, Португалия лишилась наиболее значимых владений в Азии и в Западной Африке, что нанесло непоправимый урон ее морскому могуществу. Восстановив свою независимость от Испании в 1640 г., Португалия не смогла восстановить утраченные позиции в Индийском океане и постепенно теряла свои владения в Африке. В конце XVII в. важнейшие центры торговли в Восточной Африке Момбаса и остров Занзибар были захвачены султанатом Омана. Это ограничило владения Португалии на африканском побережье Индийского океана современным Мозамбиком (в 1752 г. окончательно выделен из административного подчинения Гоа и преобразован в самостоятельную колонию). В Западной Африке владения Португалии к началу XVIII века ограничивались лишь островами Зеленого Мыса, Португальской Гвинеей и островами Сан-Томе и Принсипи. Последние еще в начале XVI в. были превращены в одного из крупнейших поставщиков сахара в Европу. Плантации сахарного тростника возделывались руками черных рабов, которых португальцы вывозили с континента.

Администрация, социальная структура и экономическое развитие. К началу XVIII в. в африканских колониях Португалии в целом завершилось складывание административной системы, напрямую подчинявшейся властям в Лиссабоне. В основу этой системы был положен принцип бюрократического централизма, на котором базировалась абсолютистская система в метрополии.

Все высшие административные и судебные должности в колониях занимали португальцы – уроженцы метрополии. Как правило, это были разорившиеся дворяне, которые не могли поправить свои дела в метрополии. Они приезжали в колонии на временное жительство с целью разбогатеть в возможно короткий срок. Главные доходы колониальным чиновникам давало не официальное жалование, а злоупотребления и произвол. Широкие полномочия чиновников, бюрократический централизм, продажа должностей, казнокрадство составляли отличительные черты португальского колониального аппарата.

Губернаторы колоний были наделены огромной властью. Отправляясь из Лиссабона в колонию, губернатор получал специальную «инструкцию» («режементу»), которой он должен был руководствоваться в своей деятельности. Губернатор имел юрисдикцию над гражданскими и военными лицами вплоть до присуждения к смертной казни виновных в ереси, измене, фальшивомонетничестве и т. д. При губернаторе действовал Совет, состоявший из нескольких высших чиновников, наделенный консультативными функциями. На местах административную власть осуществляли капитаны крепостей, факторы (сборщики налогов), овидоры (судьи) и вожди (соба).

К органам местного управления относились камары (муниципальные палаты), которые избирались общими собраниями белых горожан из числа наиболее состоятельных.

Таким образом, колониальная администрация делилась на центральную (губернатор и состоящий при нем штат чиновников) и местную. Низшим звеном этой структуры была «туземная» администрация, представленная вождями и родовыми старейшинами. В результате, традиционные институты власти после определенной трансформации были интегрированы в общую систему управления колониями.