Между тем на северо-западе появился новый враг. Это были недавние союзники русских — шведы. Делагарди захватил город Корелу и всю Новгородскую область, так что новгородцы были вынуждены присягнуть одному из сыновей шведского короля. Месяцем раньше пал Смоленск, и Смоленская область перешла во власть Сигизмунда. Осенью 1611 года Сигизмунд особой грамотой подарил польскому народу Смоленскую и Черниговскую области, отнятые у Москвы. В то же время литовский гетман Ходкевич подошел к Москве, приведя с собой большие подкрепления осажденным в столице полякам. Таким образом, русскую землю разоряли одновременно шведы, поляки и казацко-холопский сброд под начальством Трубецкого и Заруцкого, поддерживавших новых самозванцев: Лжедимитрия III, появившегося в Псковской земле, и сына Марины Мнишек — мнимого царевича Ивана Дмитриевича.

Наступило поистине «лихолетье», как народ назвал эти годы Смутного времени. Но скоро ему был положен конец. Повсюду стал подниматься против поляков и внутренних врагов государства сам народ. Грамоты патриарха Гермогена, как тревожный набат, разносились по русской земле и призывали на защиту отечества всех, в ком только сохранилось чувство привязанности к нему. Престарелый святитель церкви вменял каждому гражданину в священный долг идти к Москве и помогать очищению ее от поляков. Нижний Новгород, в лице своего гражданина Козьмы Минина Сухорукова, стал во главе союза городов, пославших свои ополчения для изгнания поляков из России.

В начале апреля 1612 года нижегородское ополчение пришло в Ярославль, где простояло четыре месяца, пополняя свои ряды новыми подкреплениями. 21 августа оно подошло к самой Москве. Ходкевич и осажденные поляки оказали упорное сопротивление, так что князю Пожарскому удалось овладеть Москвой только 22 октября, когда поляки сдались на милость победителей. Вскоре совершилось и торжественное вступление освободителей Москвы и России в Кремль. Впереди войска шел крестный ход, навстречу которому из кремлевских соборов вышел другой крестный ход. На Лобном месте был отслужен благодарственный молебен, после которого войска вошли в Кремль.

Занятием Москвы окончились бури Смутного времени. Столица государства опять была в русских руках, после чего очищение страны от врагов пошло очень быстро.

Вожди ополчения хорошо понимали, что причиной смуты, едва не погубившей государство, было отсутствие законной и твердой верховной власти. Поэтому в ноябре 1612 года Минин и князь Пожарский разослали от имени земского ополчения грамоты по городам с призывом на Земский Собор для избрания нового царя. А в начале января в Москву уже начали съезжаться выборные от всех сословий и из всех мест Русской земли…

21 февраля 1613 года совершилось великое событие в истории России. Всесословный земский собор избрал на царство Михаила Феодоровича Романова, 16-летнего юношу — представителя старого боярского рода — и послал великое посольство торжественно просить его на царство от всей Русской земли. Хотя согласие нового царя принять царство последовало лишь 14 марта, но началом его царствования следует считать день его избрания, так как собор, придя к своему решению, немедленно, предупреждая согласие, присягнул на верность царю Михаилу, а за ним и Москва и прочие русские города, ибо «Государя сам Бог избрал и вся земля русская радовалась и ликовала».

Род бояр Романовых, из которого произошел новый царь, хотя и не был княжеским, но издавна был близок к предшествовавшему царскому дому Рюриковичей и был ему даже сродни. Первый предок Романовых Андрей Иванович, по преданию, выехал в Россию из «Прусс» (из нынешней Пруссии) еще при Иоанне Калите, в начале XIV века, и сразу стал близким лицом к Великому князю. Его сын Феодор и внук Иван, под именем Кошкиных, считаются историей главными советниками Великого князя Василия I. От сына Ивана Кошкина Захария род этот начал носить фамилию Захарьиных, а от Юрия, сына Захария, — Захарьиных-Юрьевых. Наконец, сын Юрия — Роман явился родоначальником нынешней фамилии Романовых, и с тех пор фамилия осталась неизменной до сего времени. На всех названных лиц история указывает как на близких к престолу царских помощников, неизменно пользовавшихся царской милостью и расположением. Насколько близок был род этот к престолу, можно судить уже потому, что царь Иоанн IV Васильевич (Грозный) избрал из него себе супругу Анастасию Романовну — дочь Романа Юрьевича, от которой у него было 2 сына — Иван, убитый им собственноручно, и Феодор, наследовавший царский престол и бывший последним царем старой династии.

Первое время в царствовании Феодора Иоанновича большим значением в государевых делах пользовался боярин Никита Романович, дядя Государя — брат царицы Анастасии, но после его смерти это значение перешло к ближнему боярину Борису Феодоровичу Годунову — брату жены царя Феодора. Будучи возможным заместителем, в силу указанного родства, русского престола после бездетного царя, Годунов стремился к этому всеми возможными средствами и, конечно, не мог быть расположен к другим царским родственникам, а именно к Романовым — сыновьям Никиты Романовича, а таковых было пять человек: Феодор, Александр, Михаил, Иван и Василий.

Будучи избран в действительности на царство, Борис Годунов, стремясь обезопасить себя и свой род от возможных притязаний Романовых, принял меры к опорочению их в глазах народа и к удалению их от двора. За неимением действительных вин и преступлений был пущен в ход практиковавшийся в те времена оговор. Дворовый человек Романовых Бартенев, по соглашению с братом царя Бориса Семеном Годуновым, обвинил своих господ в том, что у них было на Бориса «коренье», которым они будто бы собирались «извести царя». Вслед за доносом, в 1601 году, все братья были сосланы с семьями в разные места, а старший из них, Феодор, пользовавшийся большой популярностью и любовью на Москве, был пострижен в монахи под именем Филарета. Из прочих братьев наиболее опасным Годунову казался Михаил, молодой красавец, богатырь, получивший по тому времени прекрасное образование от бывших уже на Москве иностранцев-учителей и отличавшийся энергией, удалью и строгой нравственностью. Особое внимание поэтому было обращено на него, а сам он был сослан в «Пермь Великую» в село Ныроб, где и поместили его в нарочно вырытой землянке, предварительно заковав в двухпудовые цепи. Бывшие на нем железа весили 39 фунтов, ручные кандалы 12 фунтов, ножные — 19 фунтов и замок 10 фунтов.