Вероятно, Сталин персонально опекал Ежова потому что выбрал его в качестве своего главного помощника в реализации планов по осуществлению генеральной чистки. Это стало ясным после убийства главы ленинградской партийной организации Сергея Кирова 1 декабря 1934 года. В соответствии с одной из версий этих событий, в тот же день утром, когда произошло убийство, Ежов был вызван к Сталину и провел в его кабинете достаточно долгое время {138} . Однако в журнале регистрации посетителей кабинета Сталина Ежов в этот день вообще не упоминается {139} . Лишь на следующий день, когда Сталин отбыл в Ленинград на специальном поезде, Ежов был среди тех, кто сопровождал его, а по прибытии в Ленинград он присутствовал при допросе Сталиным убийцы Кирова Николаева {140} . Спустя два дня после убийства Политбюро одобрило чрезвычайное постановление, упрощающее процедуру вынесения обвинительного приговора и приведения его в исполнение для лиц, обвиняемых в терроризме. В последующие годы во время чисток этот закон от 1 декабря 1934 года применялся в широких масштабах {141} .

Сталин поручил Ежову наблюдение за расследованием вместе с лидером комсомола А.В. Косаревым и заместителем Ягоды по вопросам госбезопасности Аграновым {142} . Несмотря на отсутствие каких-либо фактов, Сталин приказал сфабриковать дело по обвинению в этом убийстве против Каменева, Зиновьева и других бывших участников партийной оппозиции. Однако руководство НКВД с недоверием отнеслось к такой версии событий и попыталось проигнорировать этот приказ Сталина. И тогда для Ежова пришло время сыграть свою роль. Фактически Сталин назначил его своим представителем в НКВД. Ягода не придал тогда этому значения, а после, уже будучи арестованным, дал показания, что после убийства Кирова «начинается систематическое и настойчивое вползание в дела НКВД Ежова». Не спрашивая Ягоду, он непосредственно связывался с отделами ГУГБ и «влезал сам во все дела» {143} . На совещании в НКВД в декабре 1936 Ежов подтвердил, что последние два года работал в очень тесном контакте с НКВД [18] .

Вмешиваясь во все детали расследования, Ежов придал ему именно то направление, которое хотел Сталин, в своих подробных сообщениях он разоблачал врагов и шпионов. Ягода, действуя по собственному усмотрению, чинил препятствия; как Ежов объяснял позднее, НКВД смотрел в другую сторону и не хотел допускать его к материалам дела, пока не вмешался сам Сталин. Вождь партии стал угрожать Ягоде: «Смотрите, морду набьем…» Он приказал главе НКВД арестовать тех, на кого Ежов собрал материалы. Ягода исполнил это, но явно против своего желания {144} .

В феврале Ежов доложил Сталину, что завершил подготовку материалов примерно на тысячу бывших ленинградских оппозиционеров, триста из них были арестованы, а остальные сосланы; кроме того, несколько тысяч так называемых «бывших» были высланы из города {145} . В декабре 1934 убийца Кирова Николаев предстал перед судом и был расстрелян; в следующем месяце состоялся процесс по делу «московского центра» над Зиновьевым, Каменевым и другими, они получили от пяти до десяти лет за «идеологическое соучастие» в убийстве {146} . С этого времени Ягода направлял Ежову все протоколы допросов главных оппозиционеров и заговорщиков.

Полномочия Ежова не ограничивались расследованием этих дел, постепенно он получил возможность контроля над всем НКВД. В памятной записке Сталину он обращал внимание на «недостатки в работе НКВД», критикуя деятельность последнего по работе с информаторами и агентурой. Методы вербовки агентуры «граничили с контрреволюцией»: «При таких условиях вербовки иностранная разведка без труда может насадить свою агентуру, подсунув своих людей в виде агентов ЧК». НКВД, как писал Ежов, был гораздо меньше компетентен в расследовании, чем в розыске. В целом, квалификация сотрудников НКВД была недостаточной, и чистка, которую он лично провел в ленинградском управлении НКВД, по его мнению, «должна быть расширена». В Ленинграде Ежов проверил 2747 сотрудников НКВД и 3050 сотрудников милиции, в результате 298 сотрудников были сняты с работы, из них 21 заключен в лагерь, а по милиции сняты с работы 590 человек, из которых 7 осуждено {147} . Ежов просил у Сталина разрешения на созыв совещания руководящего состава НКВД, где он намеревался выступить с резкой критикой этих недостатков {148} . Сталин дал такое разрешение, и в феврале 1935 года Ежов созвал это совещание {149} . 31 марта Политбюро приняло решение «передать на распоряжение Ежова» положения об НКВД и ГУГБ {150} . Прокурор СССР Иван Акулов также предоставил ему свои критические замечания о методах работы НКВД {151} .

В итоге с декабря 1934 года Ежов стал главным контролером деятельности НКВД. 1 февраля ЦК избрал Ежова секретарем. Он получил кабинет в здании ЦК на Старой площади, на пятом этаже, где также размещались Оргбюро и Секретариат. Для входа на пятый этаж требовались «спецпропуска» даже постоянным работникам ЦК {152} . Это было очень значимое место, в брежневские времена на этом этаже, помимо самого Генсека, имели кабинеты только двое его самых влиятельных заместителей: секретари ЦК М.А. Суслов и А.П. Кириленко. В бытность заведующего Распредотдела Ежов имел на Старой площади кабинет поскромнее. Кроме Сталина и Ежова, в Секретариат с этого времени также входили Каганович, Жданов и Андреев (с 28 февраля). В качестве секретаря ЦК Ежов имел трех помощников: С.А. Рыжову, В.Е. Цесарского и И.И. Шапиро, причем двое последних работали с ним еще в отделе промышленности и остались с ним и в последующие годы {153} . Более того, 27 февраля 1935 года Политбюро назначило его председателем Комиссии партийного контроля вместо Кагановича, который стал Наркомом путей сообщения {154} . Теперь он стал фактическим верховным судьей партии, расследовавшим дела об идеологических отклонениях, нарушениях устава партии и должностных преступлениях и выносившим наказание. С 10 марта 1935 года он стал исполнять основные обязанности главы отдела руководящих партийных организаций (ОРПО). Этот отдел был организован сразу же после XVII съезда партии вместо Распредотдела и занимался подбором и расстановкой номенклатурных кадров. Первым руководителем ОРПО был Д.А. Булатов, однако, с его переходом на другую работу с декабря 1934 года этот пост освободился. С этого времени Ежов подписывал документы ОРПО, а теперь он был и официально назначен его главой {155} . Руководство промышленным отделом перешло от него к Андрею Андрееву, который также был назначен вести заседания Оргбюро Ц.К. А на Ежова была возложена равная с Андреевым ответственность за подготовку повестки дня заседаний Оргбюро {156} .

Как утверждает О.В. Хлевнюк, в результате всех этих перестановок в руководстве Каганович утратил свое положение второго человека после Сталина. Формально его сменил Андреев, но влияние последнего было сильно ограничено необходимостью разделять руководящие функции в Оргбюро с Ежовым, Каганович остался секретарем ЦК и членом Оргбюро. Роли и влияние Андреева и Ежова были в той или иной степени сбалансированы. Хотя Ежов не был (как и Андреев) членом Политбюро, он контролировал кадровую политику партии и руководил основными политическими кампаниями, принимал активное участие в работе Политбюро и получил от Сталина поручение контролировать НКВД и организовывать чистки {157} . Стремительное продвижение Ежова в ЦК, о котором известно довольно мало, объясняется его устойчивым положением и исполнительностью, «огромным нюхом», а также сильной поддержкой со стороны Кагановича и Сталина {158} .

Как указывают многие авторы, 13 мая 1935 года Политбюро на секретном заседании образовало специальную комиссию «по безопасности» во главе со Сталиным и его заместителем Ежовым и якобы целью комиссии была подготовка предстоящей ликвидации «врагов народа» или — массовых репрессий. Для этого началась подготовка «списка врагов» и тому подобные мероприятия {159} . А кое-где даже приводится закавыченный текст этого, якобы имевшего место решения {160} . Однако, как показала проверка протоколов Политбюро и других материалов в партийных архивах, — это фальсификация. В то же время, в январе 1935, согласно инструкции аппарата ЦК, региональные партийные организации начали составлять списки членов партии, ранее исключенных за принадлежность к «троцкистскому и троцкистско-зиновьевскому блоку». Как указывает Хлевнюк, последующие аресты производились именно на основании этих списков {161} .