В 1781 году старший брат Джонатан попросил Джона, которому в ту пору было 15 лет, помочь ему преподавать в новой квакерской школе в Кендале, богатом городке в 60 километрах от их родного Иглсфилда. Школой управлял их двоюродный брат Джордж Бьюли, и благодаря покровителям она была хорошо оснащена — здесь имелись телескоп, хороший микроскоп и несколько гидравлических машин; кроме того, преподавателям платили более чем достойное жалованье. Джон Дальтон охотно принял это предложение. Через четыре года братья Дальтоны купили эту школу у Бьюли на деньги, которые получил их отец по закладной за земли. К братьям присоединилась и сестра Мэри, которая управляла школой и занималась учениками-пансионерами. Дела шли хорошо, в самые удачные годы в школе насчитывалось до 60 учеников, не считая тех, кто оплачивал индивидуальные занятия. В небольшом рекламном объявлении братья Дальтоны так представляли свою школу:

"Воспитанники обучаются английскому языку, латыни, греческому и французскому, а также письму, арифметике, счетоводству и математике. По желанию за умеренную плату возможно проживание в доме учителей..."

Помимо преподавания в школе, неутомимый Джон Дальтон читал лекции и участвовал в публичных дебатах в таких областях, как механика, оптика, пневматическая химия и астрономия, используя для этого материалы, приобретенные школой на пожертвования благотворителей. Как это было принято в квакерской общине, Дальтон присутствовал на семинарах, проводимых его единоверцами, которые заезжали в Кендал. Знания юноши росли, как и его любознательность.

Джон Дальтон продолжал педагогическую деятельность в Кендале до смерти отца, после чего Джонатан вынужден был вернуться в Иглсфилд, чтобы вступить в наследство. Его отъезд стал облегчением для обоих братьев. Джонатан был приверженцем жестких методов преподавания, поэтому ученики его не любили. В то же время и сам Джон задыхался в узком мирке Кендала. У него появилось довольно много знакомых. Особо отметим дружбу Дальтона с преподавателем Джоном Банксом и Джоном Гауфом (1757-1825), ученым-натуралистом, который был на десять лет старше Дальтона. Гауф из-за осложнения после оспы в детстве ослеп, но несмотря на это в глазах других людей и, разумеется, Дальтона был гением. Гауф преподавал латынь и древнегреческий, а также французский и испанский языки, также он был видным математиком, астрономом, химиком и ботаником. Дальтон отзывался о коллеге с большим восхищением:

В 1790 году Дальтон часто писал своему двоюродному брату Джорджу Бьюли и первому наставнику Элиу Робинсону, удачливому торговцу. Также он советовался с Джоном Гауфом и со своим дядей по материнской линии Томасом Гринапом, важным адвокатом при коллегии адвокатов в Лондоне. Дальтон писал о том, что хотел бы уехать из Кендала, чтобы изучать медицину или право. О духовном образовании не могло быть и речи, поскольку у квакеров не было священников. Дальтон, возможно, первый и последний раз в жизни выказывал честолюбивые намерения — скорее всего, причиной этому был юношеский пыл. Он писал своим блестящим знакомым, что немногие люди, имевшие склонности к торговле, деловому поприщу или изучению натурфилософии, удовлетворились бы ролью школьного учителя. Если бы он посвятил себя какой-нибудь уважаемой профессии, это позволило бы ему получить более существенный доход для него и для общины. Дальтон считал, что может изучать медицину в шотландском университете Эдинбурга, зная о том, что квакеры, отступившие от официальной англиканской церкви, не имели права учиться в Оксфорде и Кембридже. К своему удивлению, Джон не получил от своих корреспондентов обнадеживающих ответов. Его дядя, к примеру, написал, что люди в его финансовом положении не могут себе позволить изучать медицину и право. Он советовал Дальтону изучать вместо медицины фармацевтику или подумать о карьере клерка, а не адвоката, и только потом — когда он с успехом завершит образование и будет обладать небольшим капиталом — устраивать жизнь по своему усмотрению.

Такая реакция остудила пыл Джона на год. Он снова начал читать свои научно-популярные лекции и в 1792 году впервые поехал в Лондон на ежегодное собрание Общества Друзей. Последствия этого короткого пребывания в британской столице не заставили себя ждать: Дальтон получил предложение преподавать математику и натурфилософию в Манчестере в новой академии, которую квакеры готовились открыть в этом промышленном городе вместе с другими общинами религиозных отступников, такими как социнианцы и унитарианцы.

Хотя первый наставник Дальтона в Иглсфилде Элиу Робинсон привил ему страсть к метеорологии (да и могло ли быть иначе в графстве с таким изменчивым климатом, как Камберленд?), именно слепой Гауф подвигнул Дальтона вести наблюдения. Это занятие вошло у юноши в привычку и превратилось почти в наваждение. Первые его записи датированы 24 марта 1787 года, когда Дальтону был 21 год, а последние сделаны накануне его смерти в Манчестере, 26 июля 1844 года. Между этими двумя датами — то есть на протяжении почти 60 лет — ученый сделал более 200 тысяч записей о температуре, влажности, давлении, он фиксировал наблюдения о дожде и ветре. Дальтон публиковал эти записи вместе со своим анализом — первый небольшой том вышел в Манчестере под названием Meteorological observation and essays ("Метеорологические наблюдения и этюды") в 1793 году.

Инакомыслие объединяет многих верующих ученых — достаточно вспомнить о противостоянии Галилея и католической церкви или Кеплера и лютеранской церкви. Ученые часто становились жертвами предрассудков и предубеждений. Джон Дальтон принадлежал к общине квакеров, которые вместе с последователями социнианского, унитарианского и христадельфианского учений — это лишь самые известные течения того времени — были лишены доступа к университетам. Главное отличие их взглядов от официальной доктрины состояло в том, что они отрицали учение о Троице. Бог был един с их точки зрения, и Иисус из Назарета не существовал до своего рождения. Хотя все отступники признавали Христа божеством, они не считали его Божьим сыном и не верили в Святого Духа. Их верования были основаны на личном прочтении библейских текстов. Защищая свои убеждения, а также испытывая необходимость дать своим членам хорошее образование, некоторые общины объединялись и основывали собственные школы и академии. Так поступили квакеры, социниане и унитаринцы в Манчестере, где преподавал Дальтон.

Другое огромное увлечение Дальтона до того, как он погрузился в химию, было также передано ему квакером Джоном Гауфом. Это была ботаника. Дальтон собирал растения, высушивал их, клал под пресс и скрупулезно классифицировал по универсальной системе биноминальной номенклатуры, предложенной знаменитым шведским ботаником Карлом Линнеем. К 1790 году Дальтон закончил биноминальную классификацию большинства растений в районе Кендала и описал их в 11 томах. Эти труды были проданы местному музею Кендала с весьма прозаической целью — ради получения дополнительного дохода, поскольку ученый в те годы нуждался в деньгах. Однако этот трудный период закончился в 1793 году с переездом в Манчестер.