Иван IV не вполне сдержал обещания относительно условий капитуляции, хотя резни как таковой в городе не было. Богатства полоцкой казны и арсенал были отправлены в Москву, а иноверческие центры уничтожены. Некоторые русские летописи, Мацей Стрыйковский и его компиляторы сообщают, что еврейскому населению города под страхом смерти было приказано креститься в православие, а несогласные были утоплены в Западной Двине. В некоторых источниках также сообщается о гибели полоцких бернардинцев и доминиканцев от рук татар из московской армии. К 500–700 воинам гарнизона, особенно из числа поляков и немецких наемников, Иван IV отнесся милостиво, некоторые из них перешли на московскую службу. Ротмистры получили в дар собольи шубы, покрытые парчой. Такое отношение царя к пленным защитникам города объясняется его нежеланием провоцировать вступление в войну Польши, он планировал вести военные действия только против Великого княжества Литовского. Полоцкие бояре, купечество, большинство горожан, а также жители окрестностей города были лишены имущества и угнаны в плен, по разным оценкам, число пленных составило от 15 тысяч до 60 тысяч человек. Какая-то часть из них позже была продана в персидское рабство (в случае с католиками и протестантами — легально, а с православными — нелегально, так как «крещеные души» продавать «басурманам» запрещалось).

Полоцкий наместник С.С. Довойна с женой, молодой магнат Я.Я. Глебович и епископ Арсений Шисца тоже были пленены. Часть пленных полоцких бояр была обменена на московских пленных или выкуплена Великим княжеством Литовским в 1566 году. С.С. Довойну обменяли на московского пленника в 1567 году, но его жена к тому времени уже умерла. Я.Я. Глебовича освободили в обмен на обещание склонить на сторону Московского государства магнатов Великого княжества Литовского, за что он позже был обвинен в предательстве, но оправдан великим князем. Епископа Арсения Шисцу отправили в Спасо-Каменный монастырь у Кубены, где в заключении содержались и некоторые полоцкие бояре. А 15 тысяч татар практически сразу после взятия города были направлены для действий по дороге на Вильню. 21 февраля 1563 года в московский лагерь прибыл посол Великого княжества Литовского для ведения переговоров о перемирии, которое и было заключено сроком до 15 августа того же года. Оставив в Полоцке гарнизон и отдав распоряжения об укреплении города, Иван IV с основными силами 27 февраля вышел к Москве.

Думается, что своими действиями в отношении Полоцка Иван IV преследовал еще одну стратегическую цель — свести на нет значение всех прежних исторических центров Киевской Руси во имя возвеличения Москвы как единственного и неоспоримого места сосредоточения верховной власти на Русской земле. Эту мысль подтверждает и невиданное разорение Великого Новгорода, последовавшее спустя всего шесть лет после падения Полоцка, от которого он, как и Полоцк, уже никогда не оправился. А ведь Новгород к тому времени без малого сто лет уже был царской вотчиной и приносил казне очень немалые доходы. Остается лишь благодарить Бога, что до Киева и Вильни Иван Грозный тогда не добрался.

Что касается Полоцка, то дело Ивана IV Грозного там довершил Пётр I во время Северной войны со Швецией 1700–1721 годов. Кроме очередного общего разорения города, речь в данном случае идет еще и о судьбе шедевра древнерусского зодчества — собора Святой Софии середины XI века, построенного в византийском стиле. Таких соборов в Киевской Руси, как известно, было три — в Киеве, Новгороде и Полоцке — и построены они были в этих городах вовсе не случайно, а как символы трех важнейших центров тогдашней Русской земли. Но после того, как 11 июля 1705 года Полоцк был занят войсками Петра I, собор (тогда униатский) сразу закрыли, а пьяный царь, как утверждает польский историк XIX века Францишек Духинский, вместе А.Д. Меншиковым и солдатами ворвались в храм. В нем Пётр I потребовал ключи от царских врат, но получив отказ, лично убил настоятеля собора и четырех монахов-базилиан, а их тела приказал утопить в Двине. Об этом событии кратко сообщает также Витебская летопись: Eodem anno (1705), mense Iulli 11 die in ecclesia S. Sofiae ipse occidit 4 basilianos in Polocia («В том же 1705 году месяца июля 11 дня в храме Св. Софии сам царь Пётр I убил 4 базилиан в Полоцке». По повелению царя в храме был устроен пороховой склад, от чего древняя Святая София вскоре и взлетела на воздух. Собор был восстановлен лишь в 1750 году в виде трехнефной одноапсидной базилики.

Полоцкий собор Св. Софии в XI в.

Он же сегодня.

Взятие и разорение Полоцка было не только концом его величия, после которого он больше никогда не возродился в прежнем своем могуществе, но и крупнейшим событием первого периода Ливонской войны, если не всей этой войны вообще. Полоцкая осада вызвала большой международный резонанс: в Аугсбурге, Любеке, Нюрнберге, Праге и других городах Священной Римской империи вышло более десятка информационных листовок, посвященных его штурму. Там с тревогой наблюдали за военными успехами Московского государства, а противники империи, наоборот, надеялись на расширение сотрудничества с Москвой. Например, король Дании Фредерик II поздравил Ивана IV со взятием Полоцка.

В Великом княжестве Литовском и Польском королевстве полоцкая катастрофа вызвала всеобщее смятение. Сразу после получения известий о взятии города вальный сейм в Петрокове прекратил свою работу. Великий князь Литовский Сигизмунд II Август немедля сообщил Н.Я. Радзивиллу о своем возвращении в ВКЛ для организации обороны и приказал не вступать в прямой бой с московскими войсками (что, впрочем, было и так невозможно сделать при наличных силах), а предпринять все меры для защиты Вильни. Кроме того, надо признать, что падение Полоцка, безусловно, стало одной из важнейших причин заключения Люблинской унии 1569 года. Следствием этих событий был и привилей Сигизмунда Августа от 7 июня 1563 года, в котором он подтверждал равенство прав бояр православного и католического вероисповедания, несмотря на то что такое равенство было подтверждено еще в 1430 году.

Одновременно взятие Полоцка следует рассматривать как крупнейший политический и стратегический успех Ивана Грозного. «Если бы Иван IV умер… в момент своих величайших успехов на Западном фронте, своего приготовления к окончательному завоеванию Ливонии, историческая память присвоила бы ему имя великого завоевателя, создателя крупнейшей в мире державы, подобно Александру Македонскому», — писал историк Р. Виппер. Однако после Полоцка московское войско постигла череда военных неудач.

Посланник ВКЛ прибыл в Москву для проведения переговоров о соглашении в мае 1563 года, а посланник царя был принят королем в августе. Царь жаловался, что литвины напали на Северскую землю. 5 декабря на переговоры в Москву прибыло еще и королевское посольство в составе Юрия Андреевича Ходкевича, Григория Воловича и Михаила Харабурды. Переговоры продолжались до 9 января 1564 года, но оказались безрезультатными. Теперь царь требовал не только Ливонию и Полоцк, но и всю свою «вотчину» — все русские области в Великом княжестве Литовском, а также Львов и Галич. Как всегда, послы ВКЛ представили царю встречные требования — вернуть Литве ее прежние владения, включая Новгород, Псков, Чернигов, Смоленск, Полоцк и ряд других городов. Война возобновилась, но на сей раз успех сопутствовал литовско-русским силам.

Московские воеводы начали новое наступление в январе 1564 года. Армия Петра Шуйского (20 тыс. чел.) двинулась из Полоцка на Оршу на соединение с войсками князя Серебряного, шедшими из Вязьмы. Однако прежние победы, похоже, вскружили голову московским воеводам — в походе Шуйский не предпринял необходимых мер предосторожности. Не велась разведка, люди шли нестройными толпами без оружия и доспехов, которые везли на санях, так как никто не думал о нападении литвинов. Между тем армия ВКЛ во главе с Николаем Радзивиллом Рудым была наготове. Получив от лазутчиков точные данные о составе и направлении движения московских войск, Радзивилл со своим корпусом подстерег колонну Шуйского в лесистой местности близ реки Уллы (недалеко от Чашников) и неожиданно атаковал ее 26 января 1564 года сравнительно небольшими силами (4 тыс. чел.). Не успев принять боевой порядок и толком вооружиться, московские воины запаниковали и начали спасаться бегством, бросив весь обоз (5 тыс. телег), а Шуйский заплатил за беспечность собственной жизнью. Знаменитый покоритель Дерпта погиб в самом начале избиения своих войск, но его останки были доставлены в Вильню и погребены там с большой торжественностью, что вызвало негодование поляков при дворе Сигизмунда Августа.