Выдвигая свои нелепые требования, маньчжуры пытались воздействовать на русских, демонстрируя свою силу: крупное маньчжурское войско, развернув знамёна, окружило Нерчинск.

После долгих препирательств между делегациями Головин всё же добился заключения договора с Циньской империей. Договор был подписан 27 августа 1689 года, получив название Нерчинского трактата, или договора. Это был первый договор между Китаем и европейским государством о границе, торговле и другим проблемам международных отношений.

Нерчинский договор дал чёткое определение границы только на её западном, сравнительно небольшом участке в бассейне реки Шилки — по рекам Горбице и Аргуни. Восточная же огромная территория осталась неразграниченной. В старой географической и исторической литературе, в частности в энциклопедии Брокгауза и Эфрона, мы находим упоминание, что восточный участок границы между Россией и Китаем проходил по Становому хребту. Следовательно, вся огромная территория к северу от Амура переходила к маньчжурскому Китаю. Нелепость и неопределённость формулировок договора дали основание сомневаться в их действенности. Как пишет Советская историческая энциклопедия «Граничная линия по Нерчинскому договору была крайне неопределённой (кроме участка по р. Аргунь), так как названия рек и гор, служивших географическими ориентирами к северу от Амура, не были точны и идентичны в русском, латинском и маньчжурском экземплярах договоров, размежевание земель близ Охотского побережья вообще откладывалось до более благоприятного времени...»

Восстановление исторической границы между Россией и Китаем на Дальнем Востоке было сложным историческим процессом, затянувшимся почти на два столетия. Эта проблема была решена в результате мирных дипломатических усилий Российского государства, восстановившего своё право на территории, составлявшие часть России ещё в первой половине XVII века.

Дальнейшую историческую судьбу Приамурского края решил Айгунский договор 16 (28) мая 1858 года, заключённый благодаря усилиям и инициативе талантливого государственного деятеля Николая Николаевича Муравьёва, вошедшего в историю как граф Муравьёв-Амурский. Совместно с маньчжурским главнокомандующим на Амуре И. Шамем граф подписал в городе Айгуни договор. В преамбуле к нему подчёркивалось, что он заключён «по общему согласию, ради большой, вечной взаимной дружбы двух государств для пользы их подданных и для охранения от иностранцев».

В отличие от Нерчинского, Айгунский договор чётко определил границу между Россией и Китаем. Левый берег Амура, образуемого от слияния Шилки и Аргуни, до самого устья признавался российской территорией. Ещё оставался открытым вопрос об Уссурийском крае от амурского притока Уссури до Татарского пролива и Японского моря, «впредь до определения границ между двумя государствами».

Договор разрешил плавание по важнейшим рекам края, Амуру, Сунгари и Уссури, только судам России и Китая. Судам других иностранных государств такое плавание было запрещено.

Дополнением к Айгунскому договору стал подписанный в том же году русско-китайский Тяньцзинский договор. А через два года (в ноябре 1860 года) русский представитель Н.П. Игнатьев и китайский Гун подписали дополнение к предыдущим договорам о торговле между подданными обоих государств. Этот же договор завершил определение границы между Россией и Китаем на Дальнем Востоке. Речь шла об определении границы в Уссурийском крае. Теперь крайний восточный участок российско-китайской границы проходил по амурскому притоку Уссури, Сунгаче, озеру Ханко, реке Боленхэ, горным массивам до реки Тутындзян и далее на юг до пункта на побережье Японского моря.

Подписанные впоследствии новые соглашения с Китаем или пересмотренные старые не ставили вопроса об аннулировании или пересмотре соглашений, определяющих российско-китайскую границу. Ещё в 1969 году (30 марта) СССР выступил с заявлением: «Советско-китайская граница на Дальнем Востоке, как она существует сейчас, сложилась много поколений тому назад и пролегает по естественным рубежам, разделяющим территории Советского Союза и Китая. Эта граница юридически была оформлена Айгунским (1858 год), Тяньцзинским (1858 год) и Пекинским (1860 год) договорами...» Территориальные вопросы, зафиксированные в этих договорах, и поныне полностью сохраняют свою силу.

Путешественники и государственные деятели России, приложившие немало усилий к возвращению России территории Приамурья, часто вспоминали Ерофея Павловича Хабарова. Его имя мы находим в работах географа и историка XVIII века Герарда Фридриха (Фёдоровича) Миллера. Он первым из русских учёных составил описание походов землепроходца и использовал исторические документы, выступив с несколькими публикациями.

Историей Хабарова живо интересовался исследователь Дальнего Востока, учёный и путешественник Геннадий Иванович Невельской. В 1849—1855 годах он руководил Амурской экспедицией при поддержке генерал-губернатора Восточной Сибири Н.Н. Муравьёва-Амурского. В результате исследований он доказал, что устье Амура доступно для морских судов, что Сахалин не полуостров, а остров и отделяется от материка судоходным проливом. Летом 1850 года Невельской поднял русский флаг в основанном им порту Николаевске (нынче Николаевск-на-Амуре). Деятельность Невельского способствовала восстановлению российской власти на Амуре. Геннадий Иванович высоко ценил историческую роль Ерофея Павловича и считал себя продолжателем его дела.

Николай Николаевич Муравьёв-Амурский также с большим уважением относился к памяти Хабарова, живо интересовался его деятельностью. Муравьёву принадлежит инициатива увековечения памяти Ерофея Павловича на географической карте Дальнего Востока.

Ещё в мае 1858 года военный пост, поставленный при слиянии Амура с его притоком Уссури, был назван Хабаровкой. Пост стал быстро расти и уже в 1880 году стал городом, получившим название Хабаровска. В 1897 году его население составляло 15 тысяч жителей. Быстрому росту города способствовало железнодорожное строительство. В 1897 году Хабаровск получил выход к морю. Железная дорога связала его с портом на Японском море, Владивостоком. В 1916 году завершилось строительство железной дороги, связавшей Хабаровск с Забайкальем.