В этот период развитие промысла привело к появлению в АзЧерНИРО нового направления исследований - промыслового прогнозирования, что потребовало создание и совершенствование методик оценки запасов и исследование оценки роли факторов внешней среды на воспроизводство, распределение и поведение промысловых рыб. На судах “Н. Данилевский” и “Академик Зернов” систематически выполнялись комплексные гидрологические, гидробиологические и ихтиологические съемки, велись сборы большого количества полевых материалов необходимых для промыслового прогнозирования.

Творческий труд ученых АзЧерНИРО был прерван Великой Отечественной войной. Многие из сотрудников ушли защищать свою родину. Большая часть из них не вернулась. Вечная им память.

Научно-исследовательские и поисковые суда вместе с экипажами были мобилизованы для участия в военных действиях в составе Черноморского флота и Азовской флотилии. Уцелело лишь одно судно – “Академик Зернов”. В период временной фашисткой оккупации институт был разрушен, библиотека и научное оборудование разграблены.

Во время Великой Отечественной войны АзЧерНИРО был эвакуирован сначала в Краснодар, а затем в Махачкалу и Красноводск. К слову сказать, во всех этих городах АзЧерНИРО послужило основой для создания новых научных рыбохозяйственных организаций, которые стали функционировать самостоятельно после его возвращения из эвакуации в Керчь в 1945 г.

В 1944 г. директором института был назначен известный ученый Воробьев В. П. которым была проведена огромная организационная работа по его восстановлению и налаживанию научных исследований. После его смерти в 1947 г. эту работу продолжили Л.Н. Печеник и В.Н. Тихонов. В первые послевоенные годы АзЧерНИРО организовал трехлетние научно-промысловые экспедиции в Черное и Азовское моря, которые определили развитие в них рыболовства на предстоящее десятилетие. В эти годы, параллельно с развитием сырьевых исследований, институтом стали осуществляться научные работы в области техники промышленного рыболовства, технологии обработки рыбного сырья, механизации и экономики, имеющие целью подготовку рекомендаций промышленности по наиболее эффективным способам освоения сырьевой базы, рациональному направлению сырья в обработку.

В трудные послевоенные годы засверкала плеяда талантливых ученых, давшая второе дыхание развитию отечественной рыбохозяйственной науки, таких, как А. И. Александрова, А.А. Майоровой, Н. Н.Данилевского, С. Г.Зуссер, Н. И. Ревиной, Т. И. Сафьяновой, Н.Ф.Тараненко, В.А.Костюченко, К.С.Ткачевой, Г. С. Юрьева, Р. М.Павловской, В. П. Поповой, М.Д.Сиротенко, Г. П. Домашенко, Н. Г. Тимошек. Большой вклад в промысловое прогнозирование, кроме ихтиологов, внесли океанографы –Я. К. Гололобов , В. П. Новицкий, Д. Я. Беренбейм, В.А.Брянцев, В. А. Химица и др., работы которых по комплексному прогнозированию получили признание во всем мире. Особенно теплые слова следует сказать о Н. Н. Данилевском, славном продолжателе дел своего деда Н. Я. Данилевского. Старший научный сотрудник, кандидат биологических наук, талантливый ученый и изобретатель внес весомый вклад в теорию и практику рыбохозяйственных исследований Азово-Черноморского бассейна.

С 1949 года Н. Н. Данилевский работал в лаборатории промысловой ихтиологии АзЧерНИРО. По материалам исследований им опубликовано 55 научных работ. Постоянная связь с представителями рыбодобывающей отрасли и непосредственно с рыбаками, знание задач стоящих перед отраслью позволили ему участвовать в создании и конструирование многих оригинальных орудий лова и принесли ему заслуженное доверие и уважение тружеников бассейна.

Комитет по делам изобретений и открытий при Совете Министров СССР выдал Н. Н. Данилевскому авторское свидетельство №219945 на изобретение “Пелагический трал для количественного учета молоди рыб” по заявке №1113990 от 21 11 1966 года.

Во второй половине XX столетия роль Азово-Черноморского региона в рыболовстве резко снизилась. Масштабное гидростроительство на крупных реках, впадающих в Азовское море, в 50-70-х годах прошлого столетия оказало чрезвычайно пагубное воздействие на воспроизводство ценных проходных рыб преградив им доступ к местам нереста

Естественное размножение проходных рыб, таким образом, практически прекратило свое существование, что сказалось крайне негативно на их численности.

По рекомендации ученых были приняты меры по искусственному воспроизводству осетровых рыб. Запущены рыбоводные заводы на Кубани по выращиванию мальков, с последующим их выпуском в Азовское море. Семь осетровых заводов, построенных в 1950-1970 гг. на реках Дон и Кубань ежегодно выпускали 30-40 млн.шт. мальков осетра, белуги и севрюги.

И это позволило в какой-то степени изменить ситуацию в лучшую сторону.

Параллельно с развитием сырьевых исследований институт осуществлял научные работы в области техники промышленного рыболовства, технологии обработки, механизации и разрабатывал рекомендации по эффективному освоению сырьевой базы и рациональному использованию сырья. Были получены более совершенные суда, оснащенные современной поисковой аппаратурой, орудиями лова, научным оборудованием. Выявлены новые резервы рыболовства, расширился ассортимент уловов за счет шпрота, мерланга и катрана.

НИС “Грот” у берегов Крыма

В северо-западной части Черного моря начался промысел пеламиды и крупной скумбрии. Осуществлялись исследования по учету запасов осетровых, хамсы, тюльки, бычка, кефали и других рыб. Авиационная разведка и поисковые корабли прослеживали заходы хамсы и наводили на ее скопления промысловые суда с кошельковыми неводами. При научной поддержке и рекомендации АзЧерНИРО рыбная промышленность Азово-Черноморского бассейна начала интенсивно развивать промысел морских рыб донными тралами и драгами (азовские бычки), сейнерный промысел (черноморская хамса), светолов (ставрида).