Когда Стэнли уезжал в Европу, его место занял присланный бельгийским королем немец Пешюль-Лехе. Это был человек совсем иного склада. Ни талантов Стэнли, ни его ума и энергии в новом уполномоченном не было и следа. Он всего менее заботился также о тех идеальных целях, которые преследовал Стэнли, основывая новое государство на Конго. Лехе явился в Африку с единственной целью обогатиться и заботился только об этом. Он совершенно пренебрег заботами о расширении занятой новым государством территории, об основании новых станций, об установлении дружественных отношений с туземцами. Корыстолюбивый немец занялся торговлей с туземцами и принуждал их силою работать на своих плантациях. Дело быстро шло к упадку. Проложенные Стэнли дороги, оставленные без поддержки, быстро портились. Городки не только не развивались, но лишались ранее поселившихся в них жителей. Туземцы начинали относиться к пришельцам враждебно. Всему предприятию грозила гибель, если бы не успел вовремя прибыть Стэнли, явившийся на Конго в конце того же 1882 года, в котором он уехал в Европу для отдыха.

Стэнли быстро исправил попорченное Лехе, восстановил всюду порядок и отправился далее вверх по Конго для основания городков, или станций. Он основал станции Болобо и под самым экватором – Экваторвилль. Последняя станция отстоит на 1200 верст от моря. Но Стэнли решил идти дальше в самую глубь той страны, которая приняла его в 1876 году так недружелюбно. На этот раз, однако, дело обошлось без всякой борьбы. Молва о "великом камнеломателе", как прозвали Стэнли туземцы Конго за то, что он при расчистке дорог взорвал массу скал, распространилась по всей этой части Африки, и Стэнли теперь повсюду был встречаем с приветствиями. Туземцы охотно меняли съестные припасы на товары, а местные владетели заключали со Стэнли формальные союзы. Только раз огромная толпа туземцев подступила было с враждебными намерениями к лагерю Стэнли, но, узнав, с кем имеет дело, тотчас же переменила их на дружеские.

По мере того, как Стэнли в это путешествие приближался к водопадам его имени, страна, которую он нашел при первом посещении столь цветущею и переполненною населением, теперь предстала перед ним совершенно разоренной. Деревни были выжжены, пальмовые деревья вырублены, поля заросли дикой растительностью, население исчезло. Словно какой-то исполинский ураган прошел по стране и сокрушил все, что можно было сокрушить. Только кое-где встречались люди, сидевшие на берегу реки, опершись подбородком на руку и тупо смотревшие на все окружающее. Из расспросов этих людей Стэнли узнал, что разорение страны было делом рук арабских работорговцев, проникших наконец и сюда. Эти разбойники пробрались из Ниангуэ на верхнем Конго на Арувими, один из главнейших притоков Конго, и разорили огромную область в 50 тысяч квадратных верст, зацепивши при этом и часть населения по Конго, выше впадения Арувими. Подойдя к какой-либо деревне, арабы нападали на нее ночью, зажигали с разных сторон, убивали из жителей взрослых мужчин, а женщин и детей уводили в рабство.

Скоро Стэнли встретил огромный отряд работорговцев, который вел больше двух тысяч пленных туземцев. Чтобы набрать такое количество пленных, арабы разрушили 18 деревень с населением приблизительно в 18 тысяч человек, которые частью были убиты, частью разбежались, частью, наконец, умерли уже в плену от жестокого обращения своих новых господ. Обращение это было неизмеримо хуже обращения со всякой скотиной. Несчастные были в оковах и привязаны целыми партиями к одной цепи. Цепь прикреплялась к ошейникам, давившим горло. Во время пути положение закованных было неизмеримо хуже вьючного скота, как бы он ни был тяжело нагружен. На привалах оковы и цепь не давали возможности расправить члены или свободно лечь. Люди должны были жаться один к другому и никогда не имели покоя. Кормили арабы своих пленных лишь настолько, чтобы из них выжили сильнейшие, так как более слабые являлись для них лишь обузой ввиду далекого пути до Занзибара – главного невольничьего рынка в Восточной Африке.

Стэнли готов был напасть на этих разбойников, наказать их и силой отнять у них несчастных пленников. К сожалению, он располагал слишком ничтожными силами для того, чтобы иметь хоть какой-нибудь успех в стычке с многочисленным отрядом арабов и их людей, вооруженных превосходными ружьями. Но он решился сделать все возможное для защиты туземцев от разбоя арабов и вскоре основал у Водопадов Стэнли станцию, назначение которой состояло в том, чтобы помогать туземцам давать отпор арабам-работорговцам, если они появятся на верхнем Конго. Затем Стэнли вступил в сношения с Типпо-Типом: он предложил ему титул губернатора верхнего Конго и жалованье с тем, чтобы Типпо принял на себя обязанность не допускать в страну работорговцев и выгонять их, если они появятся. К сожалению, меры эти недолго имели практическое значение на верхнем Конго. Лица, заменившие вскоре Стэнли во главе администрации "штата Конго", сочли излишним поддерживать с Типпо-Типом те отношения, которые были установлены Стэнли; вместе с тем не было приложено забот о том, чтобы сделать станцию Водопады Стэнли достаточно сильной для отражения арабских шаек, и в 1886 году она была разрушена соединенными силами арабов-работорговцев. Зато более действенной оказалась другая мера, на принятии которой усиленно настаивал Стэнли, – запрещение торговли невольниками в Занзибаре. Мера эта принята лишь в самое последнее время, хотя при том влиянии, которое получили европейцы в Занзибаре с 1884 года, когда они – сперва немцы, а затем англичане – сделались полными хозяевами султанства, такая мера могла бы получить осуществление немедленно по опубликовании Стэнли тех ужасов, которые производят работорговцы внутри Африки, отыскивая там рабов.

В этот раз пребывание Стэнли на Конго продолжалось около двух лет. К 1884 году он почувствовал себя уже слишком уставшим. И в самом деле, начиная с 1869 года, со времени знаменательного разговора с Гордоном Беннетом, Стэнли, в сущности, не знал отдыха. Пора было и устать. К тому же он видел, что конголезское дело, которому он посвятил столько времени и труда, шло далеко не так, как ему хотелось. Из множества европейцев, явившихся на Конго в качестве помощников Стэнли, совсем не встречалось личностей с идеальными целями. В лучшем случае это были просто люди, служившие из-за жалованья, а чаще имевшие в виду такие же цели наживы, как и Лехе, чуть не сгубивший все предприятие. К тому же и в Брюсселе делались все более недовольными, что конголезское предприятие приносит один ущерб и никакого дохода. Стэнли понимал, что в будущем, когда "штат Конго" станет на ноги и по реке разовьется широкая торговля, одни торговые пошлины с избытком покроют все произведенные на дело затраты, как это и имеет место в настоящее время. Но тогда этого не хотели понимать и думали придать делу торговый характер, чтобы таким путем извлекать из него выгоду. На это Стэнли был не способен, и он оставил место шефа администрации Конго.

Вернувшись в 1884 году в Европу, Стэнли занялся большим трудом, посвященным описанию Конго, его области, природы и населения. Издавши эту книгу, Стэнли получил от Соединенных Штатов Северной Америки предложение принять участие в качестве представителя названного государства в Африканской конференции, собиравшейся в 1885 году в Берлине и имевшей целью урегулировать спорные африканские вопросы установлением общих положений, которыми должно определяться на будущее время приобретение в Африке владений европейскими державами. Стэнли принял предложение и на конференции энергично поддерживал права нового государства Конго. Благодаря его усилиям "Свободный Штат Конго" признан особым государством, состоящим под протекторатом бельгийского короля. Границы нового государства определены весьма широко. В его пределы вошел весь бассейн Конго, за исключением частей территории на нижнем Конго, признанных за Францией и Португалией. Всего за новым государством признано более двух с половиной миллионов квадратных верст пространства. Конечно, фактически "штат Конго" занимает лишь незначительную часть этой территории на нижнем и отчасти на среднем течении Конго, а все остальное пространство принадлежит «штату» лишь теоретически. Но таковы, за немногими исключениями, и все вообще владения европейцев в Африке. Огромные пространства, отмечаемые на картах как принадлежащие немцам, англичанам, португальцам, французам, итальянцам и испанцам, обыкновенно находятся лишь под протекторатом или "в сфере интересов" названных наций, а фактически ими заняты лишь немногие пункты. Принадлежность территории той или другой нации означает только, что никакая другая европейская нация не имеет права завладеть данной территорией. В этом же смысле "штату Конго" принадлежит все огромное пространство, занимаемое бассейном Конго. Если новое государство будет развивать свои силы, оно мало-помалу распространит свое действительное влияние по всей огромной территории, которая признана за ним.

Некоторое время после Берлинской конференции Стэнли прожил спокойно, пользуясь плодами своих многолетних трудов. Всеобщая известность его достигла высочайшей степени. Он постоянно получал от ученых обществ всех стран предложения быть их членом. Лучшие журналы – американские, английские, французские, немецкие – добивались чести иметь его своим сотрудником. Появление Стэнли в том или ином городе Европы и Америки служило поводом к горячим овациям со стороны публики. Описания его путешествий расходились во многих десятках тысяч экземпляров и переводились на все языки цивилизованных народов. Четыре больших сочинения и несколько мелких, в которых Стэнли описывал Африку и путешествия – свои и Ливингстона, – дали ему весьма значительное состояние, позволившее вести вполне независимый образ жизни.