Постоянное напряжение сказалось на здоровье Бориса, с 1600 г. он постоянно болеет. Нет сомнений, что Борис задумывался о будущем Фёдора в случае своей смерти. В это же время поползли слухи, что царевич Дмитрий жив. Болезнь, мысли о сыне, слухи о самозванце многократно усугубили природную подозрительность Бориса и придали ей параноидальный характер [32] . Расцвел сыск, возглавляемый троюродным братом Бориса Семёном Годуновым – человеком жестоким, энергичным, но неумным [33] . По указанию Бориса Семён поощрял доносы боярских холопов на хозяев. Маржерет по этому поводу пишет: «Отныне, если слуга доносил на своего хозяина, хотя бы ложно, в надежде получить свободу, он бывал им вознагражден, а хозяина или кого-нибудь из его главных слуг подвергали пытке, чтобы заставить их сознаться в том, чего они никогда не делали, не видели и не слышали». Доносили не только холопы, но дети на отцов и жены на мужей. Тогда впервые заговорили о смуте в Московском государстве: «И от такова ж доводу в царстве бысть велия смута, яко же друг на друга доводяху».

Самым крупным доносом было дело Романовых. Холоп Александра Романова подал извет, что тот хранит у себя волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. А надо сказать, что Борис был очень суеверен и постоянно советовался с гадалками и ведунами. В ноябре 1600 г. стрельцы ворвались в романовское подворье. Там обнаружили корешки, которые показали Борису. Началось следствие об измене Романовых. Думские бояре, желая выслужиться, обвинили Романовых в покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис колебался несколько месяцев, а потом постановил постричь в монахи Фёдора Романова, а его младших братьев отправить в ссылку. Судьба оказалась милостивее к Фёдору (в монашестве – Филарету), чем к его братьям. Из них выжил лишь Иван; Александр, Василий и Михаил умерли в ссылке.

Опале подверглись и родственники Романовых – князья Черкасский, Сицкий, Репнин, дворяне Карповы. Через несколько месяцев Борис вернул из ссылки Ивана Романова, князей Черкасского и Сицкого, нарядил следствие по поводу жестокого обращения с Василием Романовым, велел, чтобы монаху Филарету «не было нужи». Казалось, Борис не хотел извести Романовых. Василию и Ивану, сосланным в Пелым, он велел отвести двор с двумя избами и давать в день по калачу и по два хлеба, по части говядины и по три баранины, в постные дни рыбы, и не накладывать цепей. Но условия перевозки ссыльных в Сибирь были ужасны, и люди умирали «естественно». Мы никогда не узнаем, был ли Борис искренен в желании облегчить ссылку Романовым или это было ещё одно лицедейство.

Другой жертвой Бориса стал Богдан Бельский. В 1599 г. царь удалил его из Москвы вроде бы с почетным поручением – строить на реке Донце город Царёв-Борисов. Бельский там развернулся: быстро построил город и на свой счёт содержал немалое войско. В веселый час он расхвастался: «Царь Борис в Москве царь, а я царь в Царёве-Борисове!» Служилые немцы донесли на него. Бельского вызвали в Москву (1602) и предали позорному наказанию – шотландец капитан Габриэль горстями вырвал ему бороду; потом Бельского сослали.

Борис в голодные годы. Во время голода 1601–1603 гг. Борис делал всё, что мог и умел. Главные усилия он направил на предотвращение голода в городах. Посады получили право платить за хлеб по твердой цене и отбирать его запасы. Скупщиков хлеба было приказано бить кнутом, а при повторной скупке сажать в тюрьму. Требование продавать хлеб по твердой цене привело к тому, что зерно стали прятать, нередко даже гноить. Царь приказал «сыскивать» хлеб по амбарам и лавкам, но у него не было «продотрядов». Да и наказание – отнятие излишков, мало пугало. Борис не пошел на массовые казни. Не решился и ссориться с монастырями и боярами, не желавшими делиться запасами. В некоторых областях было изобилие хлеба, но Борис не смог организовать доставку. Не дозволял и ввоз зерна из-за границы, чтобы Россию не считали бедной страной. Борис приказал продавать хлеб из царских житниц по низкой цене, но запасы быстро истощились.

Царь не жалел денег на голодающих. Маржерет пишет о размахе его деятельности: «Борис велел ежедневно раздавать милостыню всем бедным, сколько их будет, каждому по одной московке… Сумма, которую император Борис потратил на бедных, невероятна; не считая расходов, которые он понёс в Москве, по всей России не было города, куда бы он не послал больше или меньше для прокормления сказанных нищих. Мне известно, что он послал в Смоленск с одним моим знакомым двадцать тысяч рублей». Но помощь уходила как вода в песок. Маржерет сообщает, что, прослышав о щедрости Бориса, люди бежали в Москву, «хотя у некоторых из них ещё было на что жить», а попав в Москву, не могли прожить на милостыню и умирали в городе или на дорогах, возвращаясь домой.

Масса связывает неудачу Бориса с бесчестностью чиновников. По его словам, «приказные, назначенные для раздачи милостыни, были воры, каковыми все они по большей части бывают в этой стране; и сверх того они посылали своих племянников, племянниц и других родственников в те дома, где раздавали милостыню, в разодранных платьях, словно они были нищи и наги; …а всех истинно бедствующих, страждущих и нищих давили в толпе или прогоняли дубинами и палками от дверей; …если же кому-нибудь удавалось получить милостыню, то её крали негодяи стражники, которые были приставлены смотреть за этим. И я сам видел богатых дьяков, приходивших за милостынею в нищенской одежде».

Борис понял свое бессилие и прекратил раздачу милостыни. Попытки Годунова остановить голод делают ему честь, но свидетельствуют о провале как администратора. Впрочем, у Бориса не было опыта: в России никто до него не пытался бороться с массовым голодом. Много жизней спас указ Бориса по временному восстановлению Юрьева дня. Борис разрешил крестьянские выходы в 1601 и 1602 гг. Мера эта позволила крестьянам уйти от помещиков, неспособных им помочь. Эта же мера вызвала возмущение мелких и средних дворян, считавших, что Борис их ограбил в пользу бояр, ведь голодающие крестьяне чаще всего укрывались на землях богатых вотчинников.