После Февраля 17-го года Блюхер переехал на новое место жительства, в Самару. Здесь он установил связь с местным большевистским комитетом. Вскоре от председателя Самарского губернского ревкома (РВС) В. В. Куйбышева получил задание устроиться добровольцем в местный 102-й запасной полк. Не без труда георгиевский кавалер-инвалид был зачислен в запасную воинскую часть, где начал вести агитационную работу. Был избран председателем полкового комитета. Во время Октября 17-го года полк выступил на стороне революции.

В Поволжье и соседний с ним Урал пришла Гражданская война. В Самаре создается вооруженный отряд, который направляется к Челябинску для очищения города от оренбургских белоказаков атамана А. И. Дутова. Комиссаром революционного отряда, которым командовал капитан старой армии Садлуцкий, назначается помощник комиссара гарнизона Самары большевик Василий Блюхер. Самарцы, на вагонах эшелонах которого вывели надпись «Демобилизованные», без боя с казачьими заслонами прорвались к Челябинску и участвовали в освобождении города.

После этого самарцы подкрепили так называемый «Северный летучий отряд» моряков-балтийцев мичмана Сергея Павлова. Этот отряд в истории Гражданской войны был знаменит «ликвидацией» Ставки Верховного главнокомандующего России в городе Могилеве и зверским убийством на местном вокзале генерал-лейтенанта Н. Н. Духонина, только вступившего в командование Ставкой.

С марта Блюхер командовал сводным Восточным отрядом в борьбе с дутовщиной. «Северный летучий отряд», самарцы, уральские отряды красногвардейцев завязали бои с белоказами-дутовцами в районах Троицка, станицы Татищевой, Оренбурга, Верхнеуральска, других местах. Неприятель, будучи разбитым, уходил в степи. В этих боях проявились незаурядные способности В. К. Блюхера, его умение руководить отрядами в сложной боевой обстановке.

Блюхер становится на время председателем Челябинского ревкома и Совета. 10 мая он получает новое назначение. В выданном ему мандате говорилось:

«Предъявитель сего товарищ Василий Блюхер Уральским областным военным комиссаром (Ф. И. Голощекиным. – А.Ш.) назначается главнокомандующим всеми отрядами, находящимися под Оренбургом. Всем начальникам отрядов предписывается точное и беспрекословное подчинение всем распоряжениям товарища Блюхера».

Путь воинского эшелона из Челябинска под Оренбург лежал через Самару. Но тут вспыхнул мятеж Чешско-Словацкого корпуса. Белочехи захватили и Челябинск, и Самару. Советские войска под Оренбургом оказались отрезанными от своих тылов и находились в фактическом враждебном окружении. Отряд Блюхера первый бой с белочехами провел под Бузулуком, но дальше ему продвинуться не удалось.

Отряды красногвардейцев и красных партизан стали стягиваться к Белорецкому заводу (ныне город Белорецк) на реке Белой. Здесь на заседании военного совета 2 августа 1918 года по предложению В. К. Блюхера был согласован план дальнейшего прорыва по тылам белых на соединение с Красной армией через Верхнеуральск, Миасс, Екатеринбург навстречу войскам Восточного фронта, о местонахождении которых информации не имелось.

Главнокомандующим был избран бывший казачий офицер Николай Каширин, а его заместителям стали Блюхер и Иван Каширин, брат Николая. В то же время Василий Блюхер оставался командиром самого большого, сводного Уральского отряда. Другими большими отрядами являлись Верхнеуральский Н. Д. Каширина и Троицкий Н. Д. Томина. Соединенные советские отряды получили название «Уральской партизанской армии».

Армия за 8 дней ожесточенных боев прошла около 50 километров и подступила к городу Вернеуральску. Перед ним состоялся тяжелый бой на лысой горе Извоз, которая господствовала над округой. Но удержаться у Верхнеуральска и поселка Тирлянский, окруженных восставшими казачьими станицами, красным не удалось. Из-за недостатка сил (4700 штыков, 1400 сабель, 13 орудий) они были вынуждены отойти опять к Белорецкому заводу.

В боях у Верхнеуральска был тяжело ранен в ногу главнокомандующий Н. Д. Каширин, и руководить отрядами на поле боя он уже не мог. 2 августа по решению военного совета его сменил Блюхер. Василий Константинович реорганизовал разрозненные отряды в полки, батальоны и роты и предложил новый план похода: через Петровское, Богоявленский завод и Архангельское прорываться на Красноуфимск. По такому пути можно было опереться на местных рабочих, получить пополнение и продовольствие. Военный совет такой план принял.

Начав поход 5 августа, Уральская партизанская армия к 13 августа с боями преодолела Уральский хребет в районе Богоявленского завода. Вместе с партизанами уходили многие их семьи. По пути Блюхер присоединил к себе 2-тысячный Богоявленский партизанский отряд М. В. Калмыкова, а затем Архангельский отряд В. Л. Дамберга (1300 человек) и ряд других местных отрядов красных партизан.

Теперь Уральская партизанская армия представляла из себя значительную силу. Она имела в своем составе 6 стрелковых и 2 кавалерийских полков, артиллерийский дивизион, другие части. Всего 10,5 тысячи штыков и сабель, 18 орудий. Армия двигалась на марше, имея впереди авангард, за ним главные силы, а затем арьергард. Длина походной колонны составляла до 20 километров. Движение тормозили плохие дороги и обоз с беженцами.

Блюхер понимал всю невыгодность положения армии: путь ее лежал в треугольнике рек Залима, Белая и Сим. Следовало как можно скорее покинуть его. Приходилось сокращать стоянки, совершать ускоренные марши. И каждодневно вести разведку по пути движения армии красных партизан Юга Урала.

Белое командование прилагало немало усилий для ее разгрома. 20 августа у населенного пункта красные партизаны выиграли тяжелый бой. 27 августа они форсировали реку Сим и заняли железнодорожную станцию Иглино, 12 километров северо-восточнее Уфы. Участок железной дороги Уфа – Челябинск был разрушен, и неприятель, в том числе белочехи, на Урале на пять дней потеряли прямое сообщение с Сибирью. Это был чувствительный удар.