Семипалатинское станичное общество избрало Бориса Анненкова, офицера-неказака, почетным казаком своей станицы. Но это было всего лишь наименование, так как казачьи сословные права и обязанности на почетных казаков не распространялись.

Уже будучи в Семипалатинске, Борис Анненков перестал выполнять многие приказания, которые поступали к нему из Омска. Он был вызван туда Временным Сибирским правительством, но там отказался подчинить свои силы командиру 2-го Степного Сибирского корпуса, который действовал против красных в Семиречье. Возник кофликт белоказачьего атамана с омской властью.

Вернувшись в Семипалатинск, полковник Анненков, захватив с собой около полутысячи новобранцев, двинулся в Семиреченскую область. 23 октября 1918 года анненковский отряд разворачивается в Партизанскую атамана Анненкова дивизию. Началась подготовка к новому наступлению белых на Семиреченском фронте.

Партизанская дивизия прибыла в Семиреченскую область (юго-восточная часть современного Казахстана) тогда, когда атаман Семиреченского казачьего войска Генерального штаба генерал-майор А. М. Ионов находился в отъезде, будучи вызван в Омск для доклада. Борис Анненков смещает его с этой должности, самочинно объявив себя атаманом семиреченского казачества.

Но при этом он никак не объясняет, снимает ли он с себя присвоенное ему звание атамана сибирского казачества. Формально для истории он оказался в годы Гражданской войны в России атаманом двух казачьих войск. Случай во всех отношениях уникальный.

После прихода к власти адмирала А. В. Колчака Анненков проявил себя «автономистом» по отношению к Верховному правителю России. Атаман считал Колчака «слепым исполнителем воли союзников». Но это не помешало Анненкову после омского переворота 18 ноября 1918 года отправить Верховному правителю России телеграмму следующего содержания:

«Омск.

Верховному Правителю адмиралу Колчаку.

Ваше Высокопревосходительство!

Ваше назначение Верховным Правителем, в руках которого сосредотачивается вся полнота государственной власти, дало мне с первого же момента глубокую уверенность в том, что, наконец, настал тот час, когда наша измученная, истерзанная внутренними и внешними врагами Родина снова подымится и пойдет по пути возрождения и станет такой же великой, какой и была.

Я как атаман партизан, добровольно собравшихся отдать жизнь свою в любой час за нашу Родину, приветствую Ваше назначение и заверяю своим словом Атамана, что все мои силы и помыслы будут направлены к тому, чтобы Вы уверенно и твердо могли бы опереться на нас, и (мы) готовы в каждую минуту, по первому Вашему приказу, исполнить наш святой долг перед Отчизной.

С нами Бог.

Атаман Анненков».

Собственно говоря, неповиновение «автономиста» Анненкова выразилось, в частности, в его отказе принять присвоенное ему 25 ноября 1918 года, как командиру дивизии, звание генерал-майора. Но вскоре это желанное решение омского правителя все же было «востребовано».

В том случае монархист по политическим убеждениям Борис Анненков телеграфной строкой заявил военному министру омского правительства Иванову-Ринову:

«…Я бы хотел получить генеральский чин из рук Государя Императора».

6 января 1919 года адмирал А. В. Колчак своим приказом объявил Семиречье театром военных действий. Анненкову было приказано в составе сил 2-го Степного Сибирского корпуса освободить ту часть юго-востока Казахстана, которая находилась в руках красных. Речь шла о ликвидации «Черкасской обороны» – сопротивление белым 13 русских сел Лепсинского и Копальского уездов. Силы повстанцев состояли из 3–4 тысяч штыков, 1,5 тысячи сабель, 3 орудий и 5 пулеметов. Протяженность фронта составляла около 100 верст.

Анненков 20 января предпринял наступление на взятые в кольцо села, но оно успеха не имело. Его Партизанская дивизия имела в своем составе 1800 штыков, 1770 сабель. Только к июню 1919 года белое командование смогла начать развернутое наступление на Семиреченском фронте, захватывая с боем одно село за другим. К августу территория Черкасской обороны была сокращена до трех красных сел (Черкасское, Петропавловское и Антоновское).

В занятых населенных пунктах атаман Б. В. Анненков действовал и убеждением, и принуждением. Только после 16-месячных боев Семиреченская группа колчаковских войск смогла ликвидировать Черкасскую оборону, взяв последние повстанческие села. На сторону белых добровольно перешли вместе со своими командирами три роты красноармейцев, часть из них затем сражалась в рядах анненковской Партизанской дивизии.

«Замирив» Семиречье, атаман Борис Анненков попытался было увеличить численность Семиреченского казачьего войска. В его приказе от 20 декабря 1918 года по этому поводу говорилось следующее:

«Семиреченское казачество призывает все крестьянское население старожильческих русских поселков области, ближайших к казачьим районам, и тех новоселов, кому противна коммуна, а дорога Россия, влиться в казачество со своими землями…»

За ликвидацию большевистского сопротивления в Семиречье Верховный правитель России адмирал А. В. Колчак в 1919 году наградил генерал-майора Анненкова орденом Святого Великомученика и Победоносца Георгия 4-й степени. Этот чисто военный орден старой России был сохранен Верховным правителем России адмиралом Колчаком.