Оказывавший большое покровительство Ново-Афонскому монастырю, великий князь Михаил Николаевич 10 июня 1880 г. посетил его со своим сыном Михаилом Михайловичем. Покровитель обители, осмотрев ее церкви, посетил настоятельские кельи, монастырскую школу для абхазских детей и в память своего пребывания подарил древнему Симоно-Кананитскому храму большую серебряную позолоченную лампаду для образа св. ап. Симона Кананита с надписью на ее верхнем поясе: «Свет во тьме светит, и тьма не объяла его». На втором поясе лампады имелась еще одна надпись: «От Его Императорского Высочества, благоверного государя, великого князя Михаила Николаевича, в память первого посещения древней церкви Симона Кананита в Ново-Афонской обители 10-го июня 1880 г.» [177] .

Михаил Николаевич также являлся ктитором возобновленного старинного собора Успения Пресвятой Богородицы в Пицунде, приписанного к Ново-Афонскому монастырю. Первоначальный древний храм был основан по указанию византийского императора Юстиниана I в середине VI в. (по одной из версий – в 551 г.). В начале X в. на месте этого храма с использованием древних стен был возведен новый, значительно больший собор, освященный в честь апостола Андрея Первозванного. В западной части собора появилась усыпальница с двумя гробницами, устроенными апостолам Андрею Первозванному и Симону Кананиту. В середине X в. Пицундский собор стал кафедральным, здесь избирали католикосов Абхазской Церкви, рукополагали епископов, варили миро. В XI-XV в. храм неоднократно обновлялся. В XVII в. из-за угрозы нападения со стороны турок кафедра Абхазских католикосов была перенесена в Гелати, а собор оказался заброшен и пришел в запустение.

Братская усыпальница Свято-Пантелеимоновского монастыря

В 1821 г. император Александр I поручил наместнику на Кавказе генералу А. П. Ермолову возобновить храм, но военное положение Абхазии помешало выполнению этого плана. Он был осуществлен при наместнике кавказском великом князе Михаиле Николаевиче, ставшем ктитором храма. Под руководством окружного военного начальника майора Артамона Савельевича Воронова Пицундский собор был восстановлен по первоначальному плану, за исключением устройства в иконостасе вместо девяти арок семи и снятия северного, южного и западного притворов. Торжественное освящение главного придела с наречением в честь и память Успения Пресвятой Богородицы совершил 27 сентября 1869 г. епископ Имеретинский и Абхазский Гавриил. Позднее на хорах был устроен придел во имя св. Иоанна Златоуста, архиепископа Константинопольского. Вскоре же после возобновления правительственные власти предложили братии Киево-Печерской лавры занять Пицундский храм и открыть при нем монастырь, но согласия не получили. Затем такое же предложение было сделано Троице-Сергиевой лавре, которая в начале 1870-х гг. распорядилась открыть в Пицунде монастырь, выслав для этой цели архимандрита Феофила в качестве настоятеля обители, а также иеромонаха, иеродиакона и двух послушников. В результате Русско-турецкой войны 1877-1878 гг. инокам пришлось оставить монастырь, и возобновлен он уже не был. Храм опять оказался пустым, без икон и церковной утвари, что продолжалось около восьми лет [178] .

В 1885 г. по указанию императора Александра III Пицундский храм был присоединен к Ново-Афонскому монастырю, и началось внутреннее возобновление собора. С Афона, из Свято-Пантелеимоновской обители были посланы иконы, различные церковные принадлежности для богослужения, утварь, а также несколько человек братии [179] . Кровля храма была покрыта вновь, сделана временная колокольня, восстановлены полуразрушенные здания братских келий и т. п., внутри собор по возможности украсили. 3 сентября 1885 г. состоялось торжественное освящение восстановленного Успенского храма, которое совершил прибывший из Тифлиса (Тбилиси) экзарх Грузии, архиепископ Карталинский и Кахетинский Павел. На торжестве присутствовали: главнокомандующий гражданской частью в Кавказском крае генерал-адъютант А. М. Дондуков-Корсаков, другие административные лица Тифлиса и Сухума, жители Абхазского побережья, а также прибывшие в Ново-Афонский монастырь из разных мест России богомольцы. В тот же день игумен Ново-Афонского монастыря о. Иерон получил из Боржоми от ктитора вновь освященного храма великого князя Михаила Николаевича приветственную телеграмму: «Приветствую вас и братию с освящением возобновленного древнего Пицундского храма, искренне радуюсь счастливому событию и надеюсь, что оно послужит к упрочению христианства в Абхазии. Михаил» [180] . С этого времени в Пицундском храме снова началось богослужение.

После возобновления собора новоафонская братия начала предпринимать шаги к возвращению в него древней досточтимой святыни – чудотворной иконы Божией Матери Пицундской, находившейся в Гелатском монастыре вблизи Кутаиси. Ее возвращение в восстановленный храм, согласно распространенному мнению, составляло залог его процветания. В частности, один из ктиторов Руссика А. Н. Муравьев в своей книге «Грузия и Армения» приводил слова об этой иконе владетеля Абхазии князя Михаила Шервашидзе: «Если когда-либо восстановится опять опустевший храм Пицунды и туда возвратят нашу священную икону, то я могу вас уверить, что все мои подданные обратятся к христианству, ибо они до сих пор уважают святое место, даже и магометане. Сама вера начала падать в наших пределах с тех пор только, как унесли оттуда Пицундскую Божию Матерь» [181] . После революции 1917 г. Пицундский собор был закрыт, и в настоящее время в нем размещается концертный органный зал.

Ново-Афонский монастырь создавался на добровольные пожертвования. Особенно значительный вклад внести братья игумена Руссика о. Макария тульские купцы Сушкины. В 1875—1879 гг. они вложили в Тульский общественный банк в обеспечение Ново-Афонской обители 30 770 рублей. Кроме того, Иван Иванович Сушкин послал в Ново-Афонский монастырь на его обустройство в 1875 г. 10 тысяч рублей, а в 1879 г. еще 10 тысяч [182] . В 1880 – 1900-е гг. Ново-Афонский монастырь ежегодно снабжался субсидией Руссика в размере 25 тысяч рублей, причем в эту сумму не входили строительные расходы. Так, к 1886 г. на строительство Ново-Афонского монастыря поступило 273,4 тысяч рублей разных пожертвований, большей частью через Московское подворье Руссика [183] .

Эти значительные суммы позволили продолжить строительство. После завершения работ в нижней (приморской) части обители иноки приступили к возведению ее верхней (нагорной) части, желая устроить монашескую жизнь подальше от моря и всякой мирской суеты. В 1883-м – марте 1896 г. в верхней части были возведены монастырские корпуса с несколькими храмами. В центре западного корпуса была построена 50-метровая колокольня с часами – даром императора Александр III. Под колокольней устроили монастырскую трапезную, стены которой, как и в маленьких церквах, были расписаны фресками, выполненными известными волжскими мастерами – братьями Оловянниковыми.

Главным сооружением монастыря являлся собор во имя великомученика Пантелеймона. При его закладке в 1888 г. присутствовали император Александр III, императрица Мария Федоровна и наследник-цесаревич Николай Александрович. Император преподнес в дар монастырю музыкальные куранты для колокольни, в честь Александра III и Марии Федоровны был отлит малый колокол. Позднее на месте встречи царя и настоятеля монастыря была построена часовня, а тропу, по которой Александр III прошел от храма св. ап. Симона Канонита до обители, монахи обсадили кипарисами и назвали «царской аллеей».