Щедрую помощь Руссику предоставлял царь Иоанн IV Грозный (1530-1584). В первые годы его правления в Москве побывали посольства Свято-Пантелеимоновского и Хиландарского монастырей с жалобами на притеснения турецкого султана. В 1550 г. царь направил грамоту султану с просьбой защитить монастыри от насильников. В мае 1554 г. в Москву для сбора милостыни приезжал старец Руссика о. Евфимий. Помимо царских пожалований монастырские посольства увозили с собой вклады, дававшиеся придворными и столичным духовенством. Так, в 1556 г. боярин М. Я. Морозов вложил в Свято-Пантелеимоновский монастырь Книгу 16 пророков с толкованиями. При этом через Руссик оказывалась поддержка и другим святогорским обителям. О высокой репутации Свято-Пантелеимоновского монастыря как ученого центра свидетельствует следующий факт: в 1551 г. Иоанн IV послал с турецким послом А. Халкокондилом юношу О. М. Грекова к Константинопольскому Патриарху учиться греческому языку отметив: «Если же у патриарха учиться неудобно, то послал бы его в наш монастырь афонский святого Пантелеймона» [37] .

В XVI в. численность иноков Руссика существенно колебалась и составляла в 1489 г. (или 1517/18 г.) 120 человек, в 1530/31 г. – 25, а в 1561 г. – 170 (по другим сведениям, более 190 человек «всей братии»), что свидетельствовало о широких масштабах монастырской жизни. При этом до XVII в. русские иноки, жившие на Афоне в скитах и келлиях греческих монастырей, были более многочисленными, чем русские насельники обители св. вмч. Пантелеймона [38] .

В Свято-Пантелеимоновский монастырь поступали из России не только материальные пожертвования, но также и книжные дары. Одно из таких поступлений в библиотеку русской обители связано с именем известного переписчика книг – греческого иеромонаха Матфея (1550-1624), протосинкела Великой церкви, впоследствии митрополита Миры Ликийской. Иеромонах Матфей находился в Москве с 1596-го по 1597 гг., занимаясь в том числе книгописанием. В царствование Иоанна Грозного дальнейшее развитие получил интерес к афонским уставам и образу жизни святогорских монахов. В частности, в 1560 г. игумен Руссика Иоаким, проживший в Москве около двух лет, по просьбе митрополита Макария написал сочинение, посвященное описанию жизни различных категорий афонских насельников [39] .

При этом экономическое положение Свято-Пантелеимоновского монастыря в XVI в., несмотря на значительные пожертвования, получаемые из Москвы, было тяжелым. Руссик долго не мог оправиться от последствий сильных землетрясений (1500, 1552, 1560, 1572 и 1585 гг.) и восстановить разрушенные строения и оборонительные сооружения, необходимые для защиты от набегов пиратов и разбойников. В 1568/69 г. монастырь после уплаты турецким властям огромного выкупа за конфискованные земельные угодья вынужден был заложить все свои метохи и даже церковную казну. В результате Руссик временно был закрыт, а его насельники разбрелись по окрестным скитам и келлиям. В 1583 г. афонский Кинот обратился к царю Иоанну IV с просьбой возобновить и обустроить обитель. Однако послание совпало по времени со смертью царя Иоанна Грозного, кроме того, российская казна была истощена длительной неудачной Ливонской войной. Правда, в 1584 г. с богатыми царскими дарами на Афон был послан Иван Мешенинов, составивший описание Святой Горы [40] . Но в целом просьбу Кинота удалось выполнить лишь в 1592 г.

В мае 1591 г. в Россию прибыл Тырновский митрополит Дионисий с грамотой, в которой сообщалось, что за Русским Патриархом были признаны права Предстоятеля автокефальной Церкви. В составе посольства находился настоятель Свято-Пантелеимоновского монастыря архимандрит Неофит. Уезжая из России, он получил щедрую милостыню, царь Федор Иоаннович дал о. Неофиту жалованную грамоту, в которой подтвердил право старцев монастыря на беспошлинный проезд в Москву за милостыней. 4 февраля 1592 г. была отправлена царская грамота к проту Святой Горы и средства на строительство келлий и церкви Руссика. Царь пожаловал «рухлядью да ризы и стихарь» на 500 рублей с обещанием впоследствии при успешном строительстве прислать «больше того» [41] .

Начало XVII в. было тяжелым временем как для Российского государства, переживавшего эпоху междоусобных раздоров, так и для Свято-Пантелеимоновской обители. «Смутное время» на несколько десятилетий фактически прервало связи Афона с Россией, и только в 1626 г. в Москву прибыл игумен Мелетий, жаловавшийся, что «наш монастырь, нарицаемый Русский», впал в большие долги и заложил все свое имущество. В последующие десятилетия XVII в. настоятели Руссика неоднократно приезжали в Москву за милостыней: в 1636 г. – игумен Иоанн, в 1642 г. – игумен Григорий с келарем Христофором и несколькими иноками, в 1660 г. – игумен Дионисий с братией, в 1690 г. – игумен Даниил с братией. В 1677 г. братия Руссика была вынуждена продать епископу Иерисскому Христофору свою арсану (пристань), на которой епископ устроил небольшой монастырь. Затем эта пристань опять вернулась во владение Руссика, и на этом месте впоследствии был построен новый монастырь св. вмч. Пантелеймона [42] .

В первой половине XVII в. большинство насельников Руссика, вероятно, составляли греки. Об этом свидетельствует, в частности, храмозданная надпись 1619 г. монастырского собора, выполненная только по-гречески. Число братии в обители в 1661 г. составляло 120 человек, в 1677 г. – 200. В целом же в XVII-XVIII вв. выходцы из Украины и Белоруссии преобладали среди восточнославянских монахов Афона, на это, в частности, указывает большое число киевских, львовских и черниговских изданий того времени в славянских книжных собраниях Святой Горы, заметно превосходящее продукцию великорусских типографий [43] .

К концу XVII в. Свято-Пантелеимоновский монастырь снова пришел в запустение из-за Русско-турецкой войны 1686-1700 гг. и связанными с ней препятствиями в поступлении новых иноков и оказании обители материальной помощи из России. В 1705 г. Константинопольский Патриарх Гавриил III вновь передал монастырь русским инокам во главе с уроженцем Новгорода архимандритом Варлаамом, перу которого принадлежал помянник, написанный им на украинском языке в 1705 г. [44] Одновременно было облегчено пребывание на Святой Горе паломников из России. Отец Варлаам энергично принялся за восстановление обедневшей обители. По его словам, все святогорские отцы, с благословения Константинопольского Патриарха Гавриила «советовавше с собою», решили, чтобы между разными греческими и болгарскими афонскими монастырями был один русский, «в котором бы могли находить приют все русские странники и богомольцы, для которых пребывание в греческих монастырях, по незнанию греческого языка, было во многих отношениях неудобно и затруднительно» [45] .

Чтобы добыть средства на восстановление монастыря, игумен Варлаам в 1707 г. с жалованной грамотой отправился в Москву, где сообщил царю Петру I, что «вся братия в Пантелеймоновском монастыре исключительно теперь русская, но сам монастырь обретается в великой скудости и сосудов и риз построить и книг на что купить не имеется». Ему были выданы из царской казны щедрые пожертвования для монастыря, в том числе книги. В 1712 г. игумен Варлаам повторно приезжал в Москву и снова получил для монастыря все необходимое [46] . В 1709 г. на Афоне побывал иеромонах черниговского Борисоглебского монастыря Ипполит (Вишенский), увидевший в Свято-Пантелеимоновом монастыре только русских насельников.