Но это двоевластие не было формальным. Отца и сына связывала самая нежная дружба и деликатность. Через некоторое время после поставления в патриархи Филарет писал сыну-царю, отъехавшему на богомолье: «О крымском, государь, деле как вы, великий государь, укажете? А мне, государь, кажется, чтоб крымским послам и гонцам сказать, что вы, великий государь, с братом своим, государем их с царём, в дружбе и братстве стоишь крепко, посланника с поминками и с запросом посылаешь и их всех отпускаешь вскоре».

Эта нежность и приязнь сохранятся между ними до последних дней их совместного правления. Позже царь Михаил писал отцу: «Написано, государь, в твоей государевой грамоте, что хотел ты, великий государь, отец наш и богомолец, быть в Москву в Троицын день; но в Троицын день тебе быть в Москву не годится, потому что день торжественный, великий, а тебе, государю, служить невозможно, в дороге порастрясло в возке, а не служить от людей будет осудно. Так тебе бы, великому государю, в пятидесятный день отслушать литургию в Тайнинском и ночевать там же, а на другой день, в понедельник, быть к нам в Москву с утра; и в том твоя, великого государя-отца и нашего богомольца, воля, как ты, государь, изволишь, так и добро. Молимся всемогущему Богу, да сподобит тебя, великого государя, достигнуть к царствующему нашему граду Москве на свой святительский престол поздорову, а нас да сподобит с веселием зреть святолепное и равноангельное твоё лицо, святительства твоего главу и руку целовать, стопам твоим поклониться и челом ударить».

Совместное правление царя Михаила и патриарха Филарета было подсказано не одним лишь властолюбием Филарета, а государственной целесообразностью. Время было тяжёлое. Владислав не отказался от своих прав на московский престол, а польское правительство не признавало Михаила царём. Поляки продолжали язвить москвитян за то, что они нарушили крестное целование. Между тем русские дипломаты справедливо требовали, чтобы польские державники называли в своих грамотах царя Михаила Фёдоровича великим государем. Однако поляки не только отказывались величать русского царя, но и говорили о нём непригожие речи, порочили его избрание.

Началась перепалка, которая перешла впоследствии в настоящую войну между царскими воеводами и боярами и королевскими властями. Суть этих споров была в том, что титул великого государя всея Руси поляки присваивали Владиславу, сыну Сигизмунда.

В 1619 году бояре отправили к панам радным посланника Киреевского с грамотой, в которой корили поляков за то, что те не отпустили на родину князя Ивана Шуйского, брата покойного царя Василия, и его товарищей, нарушив тем самым посольский договор. Между тем князь Иван находился в бедственном положении. Его заставляли служить сторожем у гайдуков, и князь Юрий Трубецкой тоже немало натерпелся страхов от поляков. И хотя поляки обещали удовлетворить челобитье бояр, но Михаила Фёдоровича продолжали называть уничижительным полуименем, подвергая сомнению законность его избрания.

Русских бояр и воевод особенно оскорбляло, что Михаила Романова поляки именовали «жильцом государя царя Владислава Жигимонтовича». Дело доходило до брани. Русские не оставались в долгу. Калужский воевода Вельяминов так отвечал на грамоту поляков: «Из вашего письма видно, что вы не шляхетского, а холопского неучтивого ложа дети, и по своей неучтивой, последней, наипростейшей природе скверные ваши уста на великого государя нашего, помазанника Божия, отверзаете, подобно бешеному псу».

Эта грамота вызвала ответ ещё более дерзкий. Начались конфликты, которые едва не привели к новой войне. Понадобились мудрость и твёрдость Филарета, чтобы не дать спуску радным панам и доказать, что притязания польского короля на Московское государство были ложными.

Хотя внутренние распри немного поутихли, задорные дела и обиды длились. Противная сторона продолжала рассылать списки с листов, где русский государь по-прежнему назывался полуименем, а королевич царём всея Руси. В ответ русский царь приказал послать в города свои грамоты о «неправдах литовского короля и панов радных». Боярам, воеводам, дворянам и детям боярским всех городов и всем служилым людям царь Михаил приказал быть готовым идти на службу и ждать царских грамот.

Однако время шло, а грамоты о выступлении в поход не приходили. Причиной тому была неготовность к совместному походу союзников. Выпад султана Османа против Польши кончился неудачно, сам Осман возвратился в Константинополь и был убит янычарами. Польша поспешила заключить со шведами перемирие и тем ослабила позиции русских.

Само же Русское государство справлялось с собственными бедами. С юга наседали крымские разбойники. Они безнаказанно опустошали южные уезды, а русские воеводы тем временем отсиживались, ожидая царского указа. Политика быстрого реагирования на опасность была им неведома. Царь вынужден был обратиться к ним с укоризной: «Вам и без вестей надобно было быть со всеми людьми наготове, потому что вы воеводы походные и как скоро про татар весть придёт, то вам было тотчас идти наспех и воевать им не дать. Да и то сделали простотою и глупостью: пришедши к татарским станам близко, ничего им не сделали, в станах их не застали, подъездов за ними не послали...»

Это бывало и прежде: война с татарами учинялась либо оплошками, либо нерадением воевод. Не последнюю роль в этих бедах играло и их корыстолюбие: воеводы распускали ратных людей по домам «ради посулов». В войске не было порядка, обучением воинов занимались кое-как.

Филарет понимал, что такое положение дел в войске не могло продолжаться. Государство нуждалось в военной реформе. Обсуждая эти дела с сыном-царём, Филарет рассказывал ему о польской армии, которая была обучена по иностранным образцам. На Руси же воевали по старинке, и, главное — не было денег ни на закупку оружия, ни на литье пушек. Брать наёмников, как это делалось прежде, и вовсе было не по карману. Создать постоянную отечественную армию тоже было не по силам.