Длилось это шесть недель.

Передовой отряд царской дружины, подойдя к Новгороду, начал строить крепкие заставы вокруг города, «чтобы даже мышь не проскочила». Царевич приказал боярам и детям боярским опечатать казну Юрьевского монастыря, сам же вместе со своим державным родителем и его свитой выехал на Городище. Никто из них даже не взглянул на горожан, молитвенно склонившихся перед ними с хлебом-солью. Стояла тревожная тишина, даже ветерка не было слышно. И вдруг поднялся ветер. Как заметил летописец, «всё переменилось от тихости до воздвижения бури». Низко над городом залегли мрачные облака. Людей охватил мистический ужас. В городе стало известно, что игуменов и монахов поставили на правёж, забивают палками.

Простые ратники смело и дерзостно приступали к высоким духовным особам, изгоняли их из домов и многих убивали. Чинили немало злых дел, и люди в ужасе бежали куда придётся.

Ночь была тревожной. Если бы не были закрыты все городские ворота, люди мчались бы куда глаза глядят.

После ночи, которую новгородцы провели в страхе и трепете, вышло повеление развозить трупы монахов по монастырям для погребения. В городе стоял плач великий. Царские воины «растеклись по дворам и домам, яко волки, из леса набежавшие...». Разоряли дворы и лавки. Перехватили поначалу всех знатных горожан, бояр, торговых людей, приказных. Их жёны и дети содержались под стражей.

В исторической песне говорилось о воинах царских:

Все ожидали, что скажет владыка Пимен, и чаяли от него защиты. Но владыка молчал.

И вот наступило воскресенье. Иоанн отправился в Кремль к обедне, что должна была состояться в Святой Софии. Согласно обычаю, его на мосту дожидался архиепископ Пимен, чтобы дать ему своё благословение. Он был бледен, но казался спокойным и твёрдым. При взгляде на него отпадало всякое подозрение в дурном умысле. В облике его была мудрая простота, во взгляде — правдивость и отрешённость от всего мирского. Поклонившись царю, владыка поднял крест, чтобы благословить его. Какое-то мгновение он искал его взгляда, но Иоанн отвёл глаза, кипевшие чёрной злобой. Отойдя в сторону, он произнёс своим резким голосом, срывавшимся на крикливые ноты:

— Ты, злочестивый, держишь в руке не крест животворящий, а оружие и этим оружием хочешь уязвить наше сердце; со своими единомышленниками, здешними горожанами, хочешь нашу отчину, этот великий богоспасаемый Новгород, предать иноплеменникам, польскому королю Сигизмунду-Августу; с этих пор ты не пастырь и не учитель, но волк, хищник, губитель, изменник, нашей царской багрянице и венцу досадитель.

Владыка сделал движение, указывающее на то, что он хотел что-то сказать, но царь не желал замечать этого движения. Он повелел Пимену идти с крестами в Софийский собор и служить там обедню.

Однако у входа в храм царя подстерегала неприятная неожиданность. Увидев на паперти юродивого, он обратился к нему, прося благословения. Это был небольшого росточка человек в лохмотьях, в шапочке, наподобие монашеской, и с огромным металлическим крестом поверх лохмотьев. Он слегка отодвинулся от царя и произнёс хрипловатым голосом:

— Нет тебе моего благословения. Ты почто владыку изобидел? Или забыл, как Давид сказал: если с миром пришли вы ко мне, чтобы помогать мне, то да будет у меня с вами одно сердце?

— Ты забыл али не ведал, юрод, как устроил Давид скинию для ковчега Божьего и возносил Богу всесожжения и прочие жертвы, ибо он считал совершаемые им убийства жертвами, угодными Господу!

После обедни царь пошёл к владыке в pro столовую палату, мирно отобедал с ним, ничем не обнаруживая своих далеко не мирных целей. И вдруг, будто изготовившись к чему-то, издал страшный рык, словно он был не царём, а разбойничьим атаманом. Этот рык и был условным сигналом, который вошёл в обычай при царском дворе. По этому сигналу служившие за столом бояре и опричники кинулись грабить покои архиепископа, его казну и двор. Слуг его перехватали. Самого владыку, сбросив с него священные одежды и облачив в монашеские, отдали под стражу.

После этого началось беспримерное на Руси ограбление священного собора — своими же. Это было страшное зрелище. Важные мужи в долгополых кафтанах с квадратными воротниками, именуемых охабнями, неловко натыкаясь на старинные установки с горящими свечами, спешили похитить оклады, иконы, сосуды, шитые золотом пелены, золотые и серебряные подсвечники и прочую церковную утварь.

И вдруг под самыми сводами раздался густой голос, прозвучавший словно с самого неба:

— Святотатцы, трепещите!

Расхитители, вздрогнув, остановились на миг. Голос продолжал:

— Бог поругаем не бывает! И мор и глад на вас за многие неправды! Вечное проклятие вам, антихристовы дети!

На паперти стояли дворецкий Лев Салтыков и протопоп Евстафий. Они распоряжались, куда сносить похищенные церковные богатства. Стоявшие в сторонке прихожане молили:

— Смилуйтесь, государи! Оставьте святые иконы! Коли надо, берите прочее! Иконы оставьте!

Но опричники кинулись на людей с великим неистовством и шумом. Остальные бояре двинулись за царём по направлению к Городищу. Там их ожидал Малюта Скуратов. Он приехал позже остальных. Он ещё не совсем остыл от яростного гнева на митрополита Филиппа, и даже расправа с жертвой не утихомирила его ярость. Бедные новгородцы! Они ещё не знали Мал юту Скуратова. Он приготовил для них испытание воистину адово — пострашнее раскалённого железа и дыбы. А чтобы пытка стала ещё мучительнее, среди очередных страдальцев пустили слух, что их будут пытать завезённой из-за кордона «составной мудростью огненной». Истязая людей, Малюта имел обыкновение заранее распалять в себе злость.