И тут случилось неожиданное.

Сын боярыни Морозовой отрок Иван, от которого скрывали происходящее, проведал, видимо, от слуг, что мать изгоняют из дому, и, выйдя из палаты, где ему велено было находиться, проводил её, несомую в кресле, и поклонился ей сзади, когда её спускали по ступенькам среднего крыльца.

Об этом случае стало известно царю. Он рассказал о нём Наталье, и та, скорая на злые намерения, подумала, что неплохо бы изгнать и отрока Ивана: если не станет наследника, то можно будет «по праву» овладеть богатством боярыни Морозовой.

У Феодоры же и в мыслях не было, что сыну может угрожать какая-то опасность. Она думала лишь о духовном торжестве над своими врагами.

Тем временем её вместе с сестрой заковали в оковы, поместили в подклеть и приказали страже «блюсти их». Затем Феодору посадили на сукно и принесли в одну из палат Чудова монастыря. В палате были митрополит Крутицкий Павел и архимандрит Чудовский Иоаким. Она едва поклонилась им, но встать для беседы с ними отказалась и приготовилась отвечать им сидя.

Павел заметил ей, что до такого бесчестья её довели старцы и старицы, и начал увещевать её, чтобы она не наносила урона славному роду бояр Морозовых. Она с достоинством отвечала ему, что идёт истинным путём Христовым.

Не видя возможности победить её в духовной беседе, митрополит задал ей коварный вопрос:

— Согласна ли ты причаститься по тем служебникам, по которым причащается сам государь, и благоверная царица, и царевичи, и царевны?

Не в природе боярыни Морозовой было уклоняться от прямого ответа, поэтому она ответила:

— Не причащусь, яко царь по развращённому Никонову изданию служебника причащается...

Митрополиту показалось мало этого прямого ответа, и он продолжал:

— И как же ты о нас всех мыслишь, и о государе, и о благоверной царице, ежели всех нас поносишь яко еретиков?

— Или вы не подобны врагу Божьему Никону?

Павел всплеснул руками. У него вырвался возглас, похожий на вопль:

— О, что мы должны делать, ежели всех нас сия ослушница еретиками нарицает!

Тут Иоаким подал свой голос, резкий и злой:

— А ты почто, митрополит, её нарицаешь праведной матерью? Сё бесова дщерь!

Феодосия ответила с достоинством:

— Нет, архимандрит, беса я проклинаю. И по благодати Господа моего Исуса Христа хотя ещё и недостойная, однако же дочь его. А с бесом породнились враги мои.

Позвали княгиню Евдокию и стали задавать ей столь же коварные вопросы. Она отвечала на них тоже с достоинством.

На другой день было придумано новое наказание для ослушниц. Им на шеи возложили цепи. Боярыню Морозову посадили отдельно на дровни и велели конюху везти её мимо Чудова монастыря под царскими переходами, откуда можно было видеть дровни. Зная это, Феодосия высоко вознесла сложенный перст и часто звенела цепью, «мняше бо святая, яко на переходах царь смотрит победу её». В душе своей она была наивной, ибо верила, что цепь на её шее и сложенный перст царь будет воспринимать как её победу.

Между тем монахиню Феодору отвезли на подворье Печерского монастыря. К ней была приставлена крепкая стража.

Святая мученица была лишена возможности получать вести от родных и близких. Она долго ничего не знала о судьбе сына Ивана.

Увы, ни мать ребёнка, ни близкие ей люди не догадывались о коварстве его «опекунов». Царь приказал «беречь» Ивана Глебовича, но это напоминало давнюю историю о том, как «блюли» царевича Дмитрия в Угличе. Когда мальчик, всё понимавший, впал в недуг от многих печалей, царь послал к нему своих лекарей, которые «так улечиша его», что он вскоре умер.

Свой злой умысел царь выдал радостью по случаю смерти отрока Ивана: осиротевшую мать легче было «умучити», а затем и разорить, лишив её всего боярского достояния. Всё её имение царь роздал боярам и распродал. Когда же верный Феодоре человек ради своей госпожи пытался спасти замурованные в стене золото и прочие ценности, его предали мучительной смерти.

Говорили, что в дозволенном грабеже морозовского достояния принимали участие и жадные до чужого богатства Нарышкины. Так это или не так, известно только, что двоих Нарышкиных, братьев царицы Натальи — Ивана и Афанасия, мятежники убили именно за посягательство на чужое добро.

Сама же Феодосия Морозова не сокрушалась о гибели наследственного родового достояния. Все материальные ценности были для неё прахом. Отныне она признавала лишь духовное достояние, оттого и не щадила себя. Но и судьба не щадила её. За что она была наказана ещё и смертью сына?! Для неё же его смерть была и карой — неведомо за что. Один из современников-очевидцев свидетельствует, что многие рыдали, слушая её горькие и бессильные стенания.