В течение следующих лет противостояние или подобие противостояния между Испанией и Францией удерживало испано-итальянские эскадры, а также их тосканских и папских коллег на западе. Только рыцари Святого Иоанна действовали независимо, и их постигла катастрофа.

В мае 1625 года пять мальтийских галер захватили и разграбили город Санта-Маура на Лефкадии (Лефкаде). По возвращении они были отправлены на Сицилию, чтобы занять место эскадры этого острова, и очень скоро вошли в контакт с противником. 26 июня, находясь в гавани Сиракуз, их генерал Талламей услышал, что поблизости замечены шесть кораблей из Бизерты75. Не взяв на борт дополнительные войска и не сделав никаких приготовлений к бою, он вышел в море и, чтобы еще больше усугубить положение, позволил своим галерам атаковать противника друг за другом. В конце, получив ранение, генерал вышел из боя и бежал на Мальту. Еще две галеры ушли в Сиракузы, но «С. Джованни» и «С. Франческо» были захвачены. Потери на всех галерах были очень велики.

Талламей ушел в отставку, была оснащена еще одна галера, и в начале августа четыре мальтийские галеры снова были в сицилийских водах. Новый генерал, Шименес, умер в сентябре, но эскадра осталась в море еще на два месяца, хотя не совершила ничего выдающегося.

В следующем, 1626 году рыцари стали владельцами двух галер, отданных вице-королями Неаполя и Сицилии в замену тех, что были потеряны при Сиракузах. Их новый генерал Карафа повел четыре галеры в Левант в сентябре и захватил несколько призов. Другие были захвачены мальтийскими парусниками. В 1627 году еще одна новая галера была получена в Ливорно, после чего пять галер начали крейсировать сначала у берега Туниса, а потом дошли до Александрии и Кипра, взяв несколько призов. Турки и в Леванте, и в западных водах проявляли меньше активности, чем обычно.

Тосканцы, которыми все еще командовал Монтауто, вернулись в Левант в 1628 году. После высадки в Малой Азии в начале июня их шесть галер захватили ряд мелких турецких кораблей на подходе к Дарданеллам, но бросили их, подвергнувшись нападению 16 турецких галер с Родоса. Позже Монтауто напал на эскадру из Бизерты, и ему повезло застать врасплох пять галер, бравших воду у берегов Сардинии в начале октября. Две из них были захвачены, и одна оказалась бывшей мальтийской галерой «С. Джованни», захваченной в 1625 году.

Мальтийцы, у которых опять был новый генерал, де Креволь, пришли в Левант раньше, чем тосканцы, и уже столкнулись с галерами с Родоса, которых было девять. Ни одна сторона не стала навязывать другой бой, и мальтийцы вернулись домой в начале августа, взяв ряд призов, но так и не высадившись у Корона. Плавание в направлении Сардинии ничего не дало, потому что корабли из Бизерты уже потерпели поражение от тосканцев, но зато два тунисских корабля с 26 и 22 орудиями были взяты у Мальты в конце октября. В течение года мальтийские парусники захватили призы в Леванте, причем одним из них стал корабль с 40 орудиями.

В 1629 году условия, сложившиеся в Италии, оставили только мальтийцев свободными действовать против турок, но даже их вначале призвали отправить свои галеры в Барселону, чтобы присоединиться к флоту, предназначенному для сопровождения новой королевы Венгрии к супругу. Плавание перенесли с мая на август, а потом на следующий год, что удержало галеры от полезной деятельности в этом году, если не считать таковой ничем не примечательный рейс к африканскому побережью осенью. Парусники взяли призы, но зато корабль великого магистра потерпел крушение недалеко от Александрии.

В следующем году была сделана попытка отрезать две турецкие галеры от порта Хиос. Две галеры и четыре небольших корабля для этой цели вышли в море с Мальты в середине марта, но турки были вовремя предупреждены, и мальтийцам пришлось уйти, когда они столкнулись с четырьмя галерами с

Родоса. Однако они сумели захватить большое торговое судно у Салоник. Тем временем Феретти, очередной новый мальтийский генерал, побывал в африканских водах, где не добился успеха. Парусные корабли оказались удачливее. Три из них потопили турецкий корабль с 50 орудиями и захватили корабль с 30 орудиями, после чего отбили атаку 14 галер, и при этом обошлось без потерь.

Наконец, новая королева Венгрии прибыла в Неаполь в сопровождении испанских, тосканских и папских галер. Поскольку север Италии поразили одновременно война и чума, было предложено, чтобы она проследовала морем до Триеста, но венецианцы возразили. Они настаивали, чтобы испанский флот не входил в Адриатическое море, но соглашались организовать доставку королевы из Анконы в Триест на своих галерах. Когда решение было принято, мальтийские галеры, которые были посланы, чтобы стать частью ее эскорта из Неаполя и далее, отозвали и отправили в Архипелаг. Там они встретили девять турецких галер с Родоса, но те уклонились от боя. Мальтийцы вернулись из плавания в конце года с пустыми руками. Королева переправилась по суше в Анкону и в январе поднялась на корабль. Флот под командованием Антонио Пизани, собравшийся, чтобы ее сопровождать, состоял из 40 галер, 3 галеасов и 12 галеонов.

Летом 1629 года прошел слух, что турецкий флот из 60 галер готовится к нападению на Мальту. Тревога стала еще острее в 1631 году, когда появились сведения, что 72 галеры действительно собрались в Модоне для операций на западе. Однако после тщательного выяснения обстоятельств опасность оказалась воображаемой. В море было только 48 турецких галер, и все они находились где-то в окрестностях Кипра. Поэтому великий магистр не стал направлять свои галеры на соединение с другими эскадрами, а вместо этого направил их вдоль африканского побережья до Александрии. Но хотя они оставались в море с начала сентября до середины ноября, однако вернулись, так и не встретив ни одного турецкого судна.