Их пребывание у Навплия было коротким: на следующий день после их прибытия Гримани получил письмо от Морозини, требующее подкреплений. Турки, оставшиеся на Хиосе, получили галеры из Константинополя и корабли, зафрахтованные, или принудительно реквизированные, в Смирне и других местах, так что немногочисленных парусников Морозини было совершенно недостаточно, чтобы с ними справиться. Гримани решил послать генерала-проведитора – второго по старшинству в эскадре – Леонардо Мочению с 5 венецианскими галерами и 5 парусными кораблями, а также 11 галерами союзников. Споры о старшинстве были преодолены признанием Мочению заместителем Гримани; в качестве такового он имел право поднять венецианский флаг.

Мочению шел через Архипелаг медленно. Ему потребовалось десять дней, чтобы добраться до Тайна, и после двухнедельной остановки там он еще две недели был в пути до Хиоса. Только 24 августа он присоединился к Морозини у южного конца канала Хиоса. На следующее утро они вместе вошли в канал и атаковали противника, несмотря на его большое численное преимущество: 30 галер, 4 махона и 27 разных кораблей против 16 галер и 13 парусников. Ни одной из сторон не был причинен существенный ущерб, хотя христиане заявили о потоплении двух турецких галер. Мочению не имел достаточных сил, чтобы продолжать атаку, и потому ушел в южном направлении к Никарии, а оттуда на запад к Зее и Андросу, где 1 сентября к нему подошли корабли, оставленные для блокады Негропонта. Морозини подошел 4-го. Мочению и гребные корабли ушли на следующий день, чтобы соединиться с Гримани, а 6-го парусные корабли отправились обратно к Хиосу. На этот раз их переход был быстрым, и 9 сентября там имела место еще одна перестрелка, но снова без существенных результатов, поскольку отсутствие ветра не позволило участвовать в деле никому, за исключением 6 венецианских галер. В то же время турки, несмотря на наличие 22 галер и 26 кораблей, удовлетворились обороной.

Мочению и союзники соединились с Гримани у Навплия 7 сентября. Прошел целый ряд советов, и в результате христиане сняли блокаду и вечером 9-го ушли в сторону Хиоса. Как только они скрылись из вида, турки тоже ушли из Навплия в том же направлении. У них не было тяжелых кораблей, и потому они сумели обогнать Гримани, пройдя к югу от Тайна – в то время как он обошел остров с севера. 13 сентября произошла встреча 50 турецких галер, главных сил христианского флота и венецианских парусных кораблей, возвращавшихся с Хиоса. Была организована погоня, но турки сумели войти в канал Хиоса без боя. Флот Гримани бросил якоря с внешней стороны, и утром 14-го выяснилось, что ночью турки забрали все свои суда на Хиосе и скрылись в северном направлении.

Не зная, где искать противника, Гримани направился к Скиросу, что северо-восточнее Негропонта. Заняв центральную позицию в Эгейском море, он собрал 54 галеры, 6 галеасов и 36 парусных кораблей. Там он находился с 16-го до 25-го, после чего вышел в плавание, рассчитывая перехватить турок, которые оставили свои парусные корабли в районе Фокеи, недалеко от Смирны, и находились на пути в Ханью с 87 галерами. Венецианские корабли подошли к Арджентьере 29-го. На следующий день прибыли галеры с новостью, что 12 берберских кораблей отошли от Негропонта 28-го. Гримани с гребными кораблями покинул Арджентьеру 1 октября и в тот же день подошел к Кандии, но парусные корабли, задержавшись на один день, прибыли только 10-го. Тем временем турки, которые всегда оказывались чуть впереди, успели высадить войска в Ханье и вернуться в Дарданеллы. Им никто не помешал.

После этой неудачи союзники увели свои корабли. Они покинули Стандию 6 октября и 26-го прибыли в Мессину. Венецианский флот, в котором теперь было 26 галер, 6 галеасов и 34 парусных корабля, снова вышел из критских вод спустя неделю или две11, провел около двух месяцев в Архипелаге, блокировал несколько турецких галер у Негропонта и в конце концов 20 декабря вернулся в Кандию. К этому времени третий критский город, Гирапетра, оказался в руках турок. Кандия была блокирована с суши.

Военно-морская кампания 1648 года началась с катастрофы для венецианского флота, хотя турки не сумели воспользоваться благоприятной возможностью. Захватив Мирабелло (Мирабеллон), что к востоку от Кандии, небольшими силами из 9 галер и 4 парусных кораблей, Гримани 27 февраля отошел от Стандии, ведя с собой 24 галеры и 5 галеасов. Он намеревался взять по пути парусники, которые уже находились в Архипелаге, и проследовать в Дарданеллы. 9 марта на пути между островами Зея и Псара флот разбросало штормом. Парусники пошли к Псаре, а большинство гребных кораблей бросили якорь у Андроса и 17-го добрались до Псары, но только для того, чтобы 18-го снова попасть в шторм с яростным северо-западным ветром и потерять 18 из 20 галер и 9 парусных кораблей, среди них 4 крупных12. Сам Гримани погиб вместе со всей командой своей галеры, за исключением 40 человек. Еще одна галера была потеряна со всей командой, но большую часть людей и такелаж с других кораблей удалось спасти.

Джорджо Морозини, второй по старшинству офицер после Гримани, сумел вернуть плавучесть двум севшим на мель галерам, стоявшим в районе Сигри, на Митилене. Его брат, Capitano delle Navi, подоспел несколькими днями позже, и 2 апреля эти двое, а также Антонио Бернардо, Capitano delle Galeazze, направились в Кандию с остатками флота: 6 галерами, 5 галеасами и 16 парусниками. На следующий день у Тайна они обнаружили несколько парусных кораблей, недавно прибывших из Венеции под командованием Джакомо Ривы, и это подкрепление позволило пересмотреть ситуацию. Только Джорджо Морозини с 6 галерами и 6 парусными кораблями направился в Кандию, куда прибыл 12 апреля. Другой Морозини, Рива и Бернардо с 30 кораблями и 5 галеасами взяли курс на Дарданеллы и по прибытии установили эффективную блокаду.

Такелаж, спасенный с разбившихся кораблей у Псары, позволил оснастить 10 галер, находившихся в резерве в Кандии, так что 12 мая Морозини смог перебраться в бухту Суда с 16 галерами и 15 кораблями, большими и малыми. В районе Зеи 28-го числа он взял турецкую галеру, и 11 июня, когда он подошел к Дарданеллам, венецианский флот изрядно пополнился. Теперь его численность составляла 17 галер, 5 галеасов и 45 парусных кораблей разных классов.

Перед этим турки сделали попытку выйти в море с флотом из 40 галер и 5 махонов, но после короткой стычки с блокировавшими выход кораблями капудан-паша Ибрагим отступил, чтобы дождаться еще 30 галер, которые он оставил из-за отсутствия людей. И он был сразу обезглавлен за нерешительность. Его преемник Ахмед даже не пытался прорвать блокаду. Вместо этого он совершил переход по суше до Хиоса, собирая по пути галеры, принадлежавшие беям островов. Из них он хотел сформировать эскадру, которая доставила бы припасы в Ханью. Тогда венецианцы отделили половину своего гребного флота, чтобы встретить нового врага, и послали Джорджо Морозини обратно в критские воды с 8 галерами, 2 галеасами и 2 кораблями. Вскоре после ухода из Дарданелл он столкнулся с 18 турецкими галерами, но все закончилось лишь незначительной перестрелкой.