Он станет рейх комиссаром Судетской области. 1 мая 1939 будет назначен гауляйтером и рейхсштатхальтером новой рейхсгау Судеты, в звании обергруппенфюрера СС. Победив на выборах 1935 года с большим правом голоса, по сравнению с другими партиями, стал открыто призывать к автономии, в марте 1938 года, он ездил в Берлин и апреле того же года единогласно его партия принимает Карлсбадские требования, содержащею полную автономию, присоединение к Германии и право на самоопределение Судетских немцев. В результате был проведён мятеж, 22 сентября 1938 года, с попыткой выполнить требования. Мятеж был подавлен Чехословацкими полицейскими и военными вводом войск с размещением вдоль границ Судетской области.

13 сентября в Судетах вновь вспыхивает мятеж. Чехословакия вводит воска, подавляя мятеж. Гитлер выдвигает требования, что если требования Генлейна не будет выполнено, то Германия объявит войну Англии и Франции. 21 сентября 1938 года, Польские деятели предъявили чехам ультиматум о «возвращении» им Тешинской области, где проживало 80 000 поляков и 120 000 чехов. Позиция СССР в конфликте, выполнить условия Пражского договора и оказать военную помощь Чехословакии, если Германия объявит той войну, независимо от право прохода войск через соседние страны или неоказания военной помощи, согласно пакту, Францией. Но при этом был сделан запрос о предоставлении коридора, для прохода советских войск через Польшу и Румынию. Об этом узнал 19 сентября Эдвард Бенеш, через Пражского полпреда СССР. Однако, как писал Черчилль в своей книге “Вторая мировая война”, в главе “Мюнхенская трагедия”, 28 сентября Чемберлен, заверил Гитлера, что он может получить всё «без войны и без промедления». Чехословацкая сторона к переговорам допущена не была. 30 сентября между Великобританией и Германией была подписана декларация о взаимном ненападении; схожая декларация Германии и Франции была подписана 6 декабря 1938 года. На этом раздел страны не закончился. 7 октября 1938 года Чехословацкое правительство предоставляет автономию Словакии, а 8 октября – Подкарпатской Руси. 2 ноября 1938 года Венгрия присоединила районы Словакии и Подкарпатской Руси с городами Ужгород, Мукачево и Берегово. С 1939 года посланный в Прагу Гейдрих начинает вести работу, связанную с античехословацкими выступлениями. А 15 марта 1939 года, Гитлер ввел войска в остатки Чехии, объявив их протекторатом Богемия и Моравия. Чешская армия, согласно приказу, не оказала сопротивления. Кроме офицера армии Чехословакии, участника Сопротивления Карела Павлика.

14 марта 1939 года, он в составе роты, вопреки приказы, принял 40 минутный бой в городе Мистеке в «Чаянковых казармах», со 2-м батальоном, 84-го пехотного полка против 8-ой пехотной дивизии Вермахта. Впоследствии Павлик был убит выстрелом охранника концлагеря Маутхаузен, который застрелил его за неподчинения. Единственное что хочу добавить, в результате “Мюнхенского сговора”, нацисты понимали, что Европа и Америка не хотят и не будут оказывать сопротивления из-за боязни очередной войны. Что давало возможность спекулировать на этом неоднократно. В честь “Мюнхенского соглашения”, был проведён парад, фото которого запечатлел журнал «Life».

Отдел по эмиграции евреев приехал в Прагу. Руководить Венским отделом эмиграции были назначены гауптштурмфюрер Рольф Гюнтер и будущему гауптштурмфюреру Алоису Брукнеру. В Праге, сначала развернули филиал Берлинского CD, а затем был открыт и отдел эмиграции. В Праге был только один эмигрантский центр. Его работа была построена так же, как и в Австрии. В Еврейском обществе были такие активисты, евреи как Рихард Лёвенгерц, раввин д-р Мурмельштейн, д-р Вейнман и Эпштейн. Пражское Еврейское общество займётся обустройством Терезиенштадтского гетто, другое название” Дом престарелых” в дальнейшем, в ноябре 1941 года. В июле, находясь в рабочей поездке в Праге, начальник отдела “ Отдел II/ 112, Еврейский вопрос”, Хаген заявил, что евреи в Чехии, пагубно влияют на чехов и их культуру. Он также подчеркнул, что основной задачей нацистов в Богемии и Моравии, очищение областей от евреев. Результатом этих общих действий, нацистами было выслано из подконтрольных областей Германии, ссылаясь на данные «Ваннзейского протокола», говорящего о планах уничтожения 11 миллионов евреев, проходившего 20 января 1942 года:

До 1939 года, евреи могли ещё иметь шанс выехать из областей Германского Рейха. Но с началом Великой Отечественной Войны, эмиграция была прекращена и стала приобретать другие кошмарные формы.

В августе 1931 года, приказом Гиммлера была создана служба, которая следила за всем и вся, под названием “1С”. Командовать ею поставили 27 летнего Гейдриха. Она занималась слежкой и сбором информации, как за границей, так и в стране. Даже за членами СС и НСДАП. В 1932 году отдел 1С был переименован в службу безопасности Рейхсфюрера СС (Sicherheitsdienst des RfSS), сокращённо СD. 9 июня 1934 года все остальные разведывательные органы НСДАП были включены в состав СD, а указом Рудольфа Гесса СD была объявлена единственной разведывательной службой партии. Главное управление безопасности рейхсфюрера СС (Sicherheitshauptamt RfSS) было окончательно сформировано в 1935 году и стало центральным ведомством СD. 17 июня 1936 года Гиммлер был назначен на пост начальника Германской полиции. 26 июня 1936 года было объединено Гестапо и CD, декретом Гиммлера, шефом которого был назначен Гейдрих. 27 сентября 1939 года, в Германии, было объединено, Зипо и CD. В одно “Главное управление имперской безопасности”, или сокращённо” РСХА”. Хотя оно окончательно сформировалось к сентябрю 1940 года. Рейнхард Гейдрих был назначен главой управления РСХА. Он был главой ведомства до 27 мая 1942 года, до момента покушения на него и своей смерти. С 28 мая по 31 декабря 1942 года, главой всего РСХА и СС был Рейхсфюрер СС Гиммлер. А с 30 января 1943 года, доктор Эрнст Кальтенбруннер, до 9 мая 1945 года.

Отдел “ Отдел II/ 112, Еврейский вопрос” с 27 мая 1939 года, при слиянии, двух ведомств, Зипо и CD, в одно, был переименован в отдел “IV D4 реферат по эмиграции и чистке”. В том же, 1939 году, при объединении в новое ведомство РСХА, под руководством Рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера, его полное название, “Главное управление имперской безопасности”, руководителем назначен Рейнхард Гейдрих, отдел “IV D4 реферат по эмиграции и чистке”, был включён в управление “IV Гестапо” направление контрразведка, борьба с саботажем, диверсиями, вражеской пропагандой и уничтожение евреев, руководитель Генрих Мюллер, заместитель: оберфюрер СС и полковник полиции Вильгельм Крихбаум (более известный как «Вилли К.»). Крихбаум, был также шефом ГФП, тайная полевая полиция, которую на армейском сленге называли «гестапо вермахта». Кроме того, Крихбаум курировал работу Пограничной полиции рейха, отдела “D4, реферат по эмиграции и чистке” начальником которого был назначен Адольф Карл Эйхман, вместо переведённого в сентябре 1939 года, Герберта Мартина Хагена, в CD. Они ещё будут работать вместе, во время чистки во Франции от евреев, в 1940 году. Отдел переехал в Берлин на Курфюрстенштрассе, 115/116. Где и оставался до конца войны.

24 ноября 1939 года была поручено Гейдриху, возглавить дальнейшее проведение по эмиграции евреев. А 1 сентября 1939 года, нацистская Германия напала на Польшу, при подготовительной отвлекающую операцию «Консервы», устроив инцидент на радио станционной вышке, города Гливице, на границе с Польшей. Операцию названа так из-за того, что ещё с 1938 года, Гейдриху пришла в голову мысль переодеть мёртвых заключённых из концлагеря и напав на радиостанцию, передать антигерманские воззвания на польском, и оставив тела в польской военной форме, на немецкой стороне и обвинить в нападение Польшу, с целью объявить ей войну. Надо бы сказать, что это была не единственная операция, которая проходила вдоль границе с Польшей. Таких пунктов было 39, а именно Катовице, Костежин и Млава. Всё лето, нацисты старались спровоцировать поляков, на акт агрессии с их стороны. Основные крупные места были упомянутая радиостанция в Глейвице, лесничество в Бычине (Питшине), таможенный пункт в Рыбнике-Стодолах (Хохлиндене). Из этих инцидентов, означало, что нацистская Германия 1 сентября 1939 года, развязала Вторую мировую войну, что и было доказано на Нюрнбергском трибунале. Сама же операция по завоевании Польши, которая сдалась в течении трёх недель, называлась операция «Вайс». С 17 сентября Польское правительство бежало в Румынию, оставив ещё сражающуюся армию. СССР принимает меры по защите своих границ в результате начала военных действий в Польше немецкой армией.