н июня 1767 года Десницкий и Третьяков прибыли в Петербург. Там к их зарубежным сертификатам отнеслись с недоверием и потребовали пересдачи экзаменов по математике и юриспруденции. 13 августа состоялся экзамен, на котором присутствовала сама императрица Екатерина II. Из протокола заседания становится ясно, что Десницкий прошел экзамен успешно, и уже 17 августа 1767 года ему было поручено читать студентам «римское право по институциям, с применением к русскому праву отдельных законов».

Десницкий с воодушевлением приступил к работе. Первым делом он решил добиваться права читать лекции на русском языке у куратора Московского университета В.Е. Адодурова. Сначала Десницкий читал свой курс, как было принято, на латыни, а с 1768 года – на русском языке. 8 мая 1768 года ему было присвоено звание «экстраординарного профессора», которое уже давало право принимать участие в заседаниях университетской конференции, а спустя шесть лет он стал «ординарным профессором». Пост профессора юриспруденции Московского университета С.Е. Десницкий занимал с 1768 по 1787 год.

Для работы со студентами Семен Ефимович потребовал выписать 25 экземпляров «Corpus juris civilis» с различными комментариями: по его мнению, студенты должны были судить о римском праве не по пересказам преподавателей, а по первоисточникам. Он добился учреждения кафедры русского законоведения и возглавлял ее с 1773 года, а после разделения кафедры на теоретическую и практическую стал первым преподавателем курса русского права, которое фактически сам и создал. Десницкий настоял, чтобы русскому праву было отведено одно из главных мест в учебной программе. Кроме того, в 1783–1786 годах Десницкий преподавал в Московском университете английский язык; им же была составлена грамматика английского языка для русских студентов.

В 1783 году С.Е. Десницкий был избран действительным членом только что созданной Российской академии наук. От Академии он был привлечен к работе над «Российским словарем»: ему было поручено сделать выборку и дать толкование юридических терминов из основных сводов российских законов. Эти толкования использовались многими последующими поколениями русских историков и юристов и оказали большое влияние на развитие русского права.

Принимал Десницкий участие и в работе Вольного российского собрания, основанного при Московском университете в 1771 году. Он придавал также большое значение изданию материалов судебных архивов. Переводил труды английских ученых с подлинников, а не французских аналогов, как это делалось ранее. Так, он перевел «Истолкования английских законов» У. Блэкстона и снабдил их своими комментариями.

В 1787 году Семен Ефимович серьезно заболел и вышел в отставку, а через два года, 15 июня 1789 года, скончался в Москве.

С.Е. Десницкий разработал свою теорию происхождения государства. Вслед за А. Смитом и Дж. Милларом он считал, что власть и государство произошли не в результате «общественного договора», а из появления собственности и необходимости ее защиты – главной обязанности верховной власти. На основании этого Десницкий указывал, что права человека начинаются с прав обладания собственностью.

В основу концепции Десницкого о происхождении государства была положена идея смены «состояний рода человеческого», через которые проходят все народы. Он выделил четыре таких состояния: «из них первобытным почитается состояние народов, живущих ловлей зверей и питающихся плодами, самородящимися на земле; вторым – состояние народов, живущих скотоводством, или пастушеское; третьим – хлебопашественное; четвертым и последним – коммерческое». По мнению Десницкого, такие состояния присущи всем «первоначальным народам»; именно исходя из этих критериев, или «четверояким народов состояниям», необходимо изучать «их историю, правление, законы и обычаи и измерять их различные преуспевания в науках и художествах».

Критерием развития обществ, согласно Десницкому, следует считать отношение народов к собственности. По его мнению, обеспечение прав собственности – главный критерий соблюдения законности в обществе: «Лишать человека владения или препятствовать ему в употреблении своей вещи есть явное беззаконие, и владеющий оною имеет право употреблять ее по своему произволению и исключать прочих всех от владения и употребления своей вещи». Именно поэтому разные народы в разных состояниях постепенно «достигают» понятия собственности. Фактически именно Десницкий ввел этот термин в систему российского права: то понятие, которое позднее использовал М.М. Сперанский при составлении «Свода законов», мало чем отличается от рассуждений Десницкого. «Собственность, – писал Десницкий, – включает в себя: 1) право употреблять свою вещь по произволению; 2) право взыскивать свою вещь от всякого, завладевшего оною неправедно; 3) право отчуждать свою вещь, кому кто хочет, при жизни и по смерти».

В своем труде «Юридическое рассуждение о начале и происхождении супружества у первоначальных народов и о совершенстве, к какому оное приведенным быть кажется последовавшими народами просвещеннейшими» Десницкий тесно связал происхождение государства, семьи и отношение к собственности. На первой стадии развития человечества семьи не было, а связи мужчин и женщин носили беспорядочный характер. Семьи или «семейства», писал Десницкий, возникают только тогда, когда появляются первые «хозяйства». Меняется и роль женщины. Если в первоначальном состоянии ее положение было близко к рабскому, то в дальнейшем, особенно в земледельческом состоянии, статус женщин повышается, появляется парный брак.

Происхождение государства, по мнению Десницкого, связано с природой человека. В труде «Рассуждение о происхождении власти и старшинства в народах, от которого происходит правление» он выделяет три причины возникновения власти отдельных людей над остальными членами общества. Это «превосходство в физической силе, превосходство духа и превосходство в богатстве». Первое преобладало на заре человечества «в непосвященном веке», но встречается и сейчас, например в школьных компаниях. Власть физически более сильного основывается не только на страхе, считал ученый, но и на желании слабых найти выгоду и покровительство. По той же причине с древних времен имеют власть люди «превосходных душевных дарований». Однако ни того, ни другого не достаточно для постоянного властвования: «Единственно також посредством превосходного богатства и в нынешних народных правлениях правительствующие удерживают свое достоинство, величество и власть».