После покушения 1994 года Литвиненко сблизился с Березовским и, еще оставаясь на службе в ФСК, а потом в ФСБ, стал сотрудничать со службой безопасности олигарха.

В 1997 году Литвиненко устроил пьяный дебош в ресторане «Прага», за что его ненадолго понизили в должности, но вскоре перевели в 7-й отдел Управления по разработке и пресечению деятельности преступных организаций (УРПО) ФСБ на должность старшего оперативного сотрудника, замначальника 7-го отдела. В начале 1998 года Александр Вальтерович попал в разработку Управления собственной безопасности ФСБ за служебные злоупотребления и «недопустимое для сотрудника контрразведки систематическое употребление спиртного», а также за недопустимые методы ведения следствия. 13 ноября 1998 года Борис Березовский опубликовал в «Коммерсанте» открытое письмо Владимиру Путину, в котором утверждал, что его «заказало» ФСБ. Об этом ему 20 марта 1998 года поведал Литвиненко. Будто бы в ноябре 1997 года руководители самого засекреченного в ФСБ Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений (УРПО) генерал-майор Евгений Хохольков и капитан 1-го ранга Александр Камышников отдали своему подчиненному подполковнику Александру Литвиненко и другим офицерам устный приказ на физическое устранение Березовского, но те отказались его выполнять. Тогда им стали угрожать за отказ «убить еврея, обворовавшего полстраны». А через две недели на Литвиненко около его дома было совершено покушение, и ему пришлось применить табельное оружие.

17 ноября того же года офицеры расформированного к этому времени Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений ФСБ провели беспрецедентную пресс-конференцию в здании «Интерфакса». Пять офицеров УРПО (в том числе начальник 7-го отдела УРПО подполковник Александр Гусык, сотрудники этого же отдела – подполковник Александр Литвиненко и майор Андрей Понькин) и примкнувший к ним подполковник Михаил Трепашкин, в свое время уволенный из ФСБ и опротестовавший это решение в суде, заявили, что им поручались и другие грязные дела, а после отказа на них началось давление. Будто бы им приказали захватить в заложники с целью получения выкупа брата гендиректора СП «Интурист Радамер – гостиница и деловой центр» Умара Джабраилова и проломить голову подполковнику ФСБ Михаилу Трепашкину, выигравшему суд у тогдашнего директора ФСБ Николая Ковалева. После этого все офицеры были уволены из контрразведки.

В 1999 году подполковник Литвиненко уволился из ФСБ и устроился руководителем службы безопасности Березовского, являвшегося в тот момент исполнительным секретарем СНГ. В марте 1999 года он был арестован по обвинению в превышении полномочий и помещён в следственный изолятор ФСБ «Лефортово». В ноябре 1999 года его оправдали, но прямо в зале суда, после зачитанного ему оправдательного приговора, Литвиненко арестовали сотрудники ФСБ и поместили в СИЗО Бутырской тюрьмы по новому уголовному делу аналогичного содержания. В 2000 году оно тоже было прекращено прокуратурой за отсутствием состава преступления, но в тот же день против Литвиненко было начато третье уголовное дело, а он сам освобождён под подписку о невыезде. Близкий друг Литвиненко и Березовского Александр Гольдфарб так описал роль Владимира Путина в деле Литвиненко: «На следующий день (22 апреля 1999 года. – Б.С.) Борис (Березовский. – Б.С.) отправился на встречу с Путиным в его новый кабинет в здании ФСБ. Бориса встретил ничем не примечательный человек – копия Путина, который проводил его в новенький директорский кабинет на четвертом этаже. В кабинете сделали ремонт, чтобы он соответствовал аскетическим вкусам Директора: светлая деревянная мебель, весьма функциональная – вероятно, влияние лет, проведенных Путиным в Восточной Германии. Прежний кабинет руководителя ФСБ, в котором его бывшие хозяева, такие как Берия и Андропов, занимались планированием холодной войны, был превращен по приказу нового директора в комнату-музей.

Небольшая фигура Путина казалась еще меньше за огромным столом, на котором Борис заметил бронзовый бюст Феликса Дзержинского, создателя советской тайной полиции.

Путин приложил палец к губам, призывая к молчанию, и жестом пригласил Бориса следовать за ним в заднюю дверь. Они прошли через личную столовую и вышли в маленький коридорчик.

Борис оглянулся. Они находились в маленькой комнатке без окон напротив двери лифта. Очевидно, это был задний выход из кабинета к личному директорскому лифту.

– Это самое безопасное место для разговора, – сказал Путин.

Борис собирался говорить с ним о двух вещах: Примакове и Литвиненко…

До выборов 2000 года оставалось восемь месяцев. Очевидно было, что Примус (Евгений Примаков, в 1998–1999 годах – глава правительства России. – Б.С.), семидесятилетний реликт советской эпохи, за которым стояла клика коммунистов, бывших аппаратчиков и ветеранов разведки, был вовсе не тем, в ком нуждалась страна в преддверии XXI века… У “преемника” должно было быть одно обязательное качество: способность побить кандидата коммунистов, по всей видимости, самого Примуса, в последние недели быстро набиравшего популярность. Но и Борису, и Путину было понятно, что из списка имевшихся претендентов выбор невелик…

– Володя, как насчет тебя? – внезапно спросил Борис.

– Что насчет меня? – не понял Путин.

– Ты мог бы стать президентом?

– Я? Нет, я не тот человек. Не этого я хочу в жизни.

– Ну, а чего ты хочешь? Оставаться здесь на всю жизнь?

– Я хочу… – замялся Путин. – Я хочу быть Березовским.

– Не может быть, – рассмеялся Борис.

Они сменили тему.

Следующий вопрос Бориса был о Саше.

– Послушай, – сказал Путин, – скажу тебе честно. Ты знаешь, что я думаю о Литвиненко. Он тебя использовал. Он предатель. Но, если ты просишь, я попробую помочь. Проблема в том, что я не контролирую ситуацию. Всё в руках скуратовских (Юрий Скуратов в 1995–1999 годах был генеральным прокурором и в 1999 году в союзе с московским мэром Юрием Лужковым и Юрием Примаковым боролся против Ельцина. – Б.С.) военных прокуроров. Сначала давай избавимся от Скуратова, а потом посмотрим, как можно помочь Литвиненко.

Борису это показалось разумным. Но было что-то в выражении лица Путина, что ему не понравилось.

– И, Борис, – продолжал Путин. – Что бы ты о нем ни думал, он замазан. Он много чего нехорошего натворил.

– Я не верю тебе, – сказал Борис. – Я его знаю.

– Я видел улики.

Последовала неловкая пауза. Как странно, думал Борис. Путин и Саша – единственные два человека в ФСБ, которые не берут взяток, и так друг друга ненавидят.

– Он предатель, – повторил Путин. – Но я сделаю, что смогу.

Как-то в конце августа 1999 года Борис ехал к себе на дачу, когда позвонил Путин и попросил о немедленной встрече. Борис развернулся и поехал прямо в Белый дом. Путин принял его в прежнем кабинете Примакова. Все здесь было, как и раньше, но только Борис заметил, что небольшой бюст Дзержинского, основателя КГБ, который он видел в кабинете Путина в ФСБ, теперь стоял на столе премьер-министра.

Путин был в ярости.

– Твой друг был здесь. Гусь (Владимир Гусинский, до 2000 года – владелец холдинга «Медиа-мост», контролировавшего канал НТВ. В июне 2000 года был арестован по обвинению в мошенничестве в особо крупных размерах, но вскоре освобожден за согласие передать НТВ под контроль «Газпрома» и уехал из России. – Б.С.). Он мне угрожал.