Большое внимание исследованию участия енисейского казачества в Гражданской войне в этот период уделяет в своих работах А. П. Шекшеев. В своих статьях «Енисейское казачество: антисоветская борьба и трагический исход» и «Енисейское казачество в период революции и Гражданской войны: проблемы истории» он даёт общее описание участия енисейского казачества в Гражданской войне, стремится сделать анализ основных факторов, определивших его положение в регионе в этот период 19 . Также самый общий анализ положения енисейского казачества в период революции и Гражданской войны содержится в статье А. Е. Богуцкого «Взаимоотношения казачества и Советской власти в 1917–1922-е гг.» 20 .

К попыткам более подробно рассмотреть причины, определившие характер деятельности енисейских казаков в период Гражданской войны, можно отнести работу В. А. Шулдякова «О причинах сословных противоречий и борьбе между казачеством и крестьянством Енисейской губернии в период революции и Гражданской войны» 21 . В ней автор исследует историю отношений енисейского казачества с основными социальными группами Енисейской губернии в 1917–1920 гг. и делает вывод об экономических предпосылках конфликта крестьян и казаков в Енисейской губернии, послужившего основой вооружённого противостояния в регионе. В. Я. Бутанаевым и Б. Я. Индыгашевым в статье «Хакасский элемент в истории енисейского казачества» 22 была сделана попытка рассмотреть отношения енисейских казаков с инородческим населением Енисейской губернии, выяснить причины и формы сотрудничества этих двух групп в период Гражданской войны. Процессам формирования казачьего населения Восточной Сибири посвящена монография Г. Ф. Быкони 23 . В монографии Г. И. Романова и П. А. Новикова «Иркутское казачество» 24 идёт речь о довойсковом периоде истории иркутского казачества. Она содержит значительное количество материалов, связанных с казачьими обществами Восточной Сибири, в том числе и енисейским казачеством. В работе подробно рассматривается социальное устройство восточносибирского казачества, его расселение, численность, землеустройство, участие в войнах и конфликтах начала XX в. Новейшая работа Ю. А. Петрушина, посвящённая казачеству Восточной Сибири, даёт возможность проследить его культурные и хозяйственные основы жизни, приведшие к противостоянию казаков и Советской власти в 1917–1922 гг. 25

Большое внимание уделяют историки деятельности первого атамана Енисейского казачьего войска А. А. Сотникову. И. В. Коняхина в своей статье «Мятеж Красноярского казачьего дивизиона в 1918 г.» детально восстановила ход мятежа енисейских казаков под руководством Сотникова в конце 1917 – начале 1918 гг. и выявила основные причины его неудачи 26 . Личность А. А. Сотникова и его деятельности в 1917–1920 г. изучена в статье А. П. Шекшеева «Атаман Сотников» 27 . В другой работе А. П. Шекшеев рассматривает личность енисейского казака И. Н. Соловьёва, участника антисоветского повстанческого движения 28 . Кроме того, в своей монографии «Гражданская смута на Енисее» А. П. Шекшеев даёт подробную характеристику основных участников революционных событий 1917 г. и Гражданской войны в Приенисейском крае, в том числе и ряда енисейских казаков 29 . Личности одного из самых активных участников Гражданской войны из числа енисейских казаков, командиру Енисейского казачьего полка посвящена статья А. Е. Богуцкого «Одиссея есаула Г. К. Бологова» 30 . Краткие статьи о енисейских казаках, войсковых атаманах и командирах отдельных частей, В. Л. Попове, Н. И. Потанине, А. И. Феофилове, имевших в годы Гражданской войны генеральские звания, помещены в справочнике «Белые генералы Восточного фронта Гражданской войны» 31 .

Значительное внимание енисейскому казачеству уделяется в работах, посвящённых казакам других регионов Сибири. Так, в ряде статей В. А. Шулдякова рассматриваются процессы расказачивания и оказачивания, развернувшиеся в Сибири и, в частности в Енисейской губернии 32 . Кроме того, в своей фундаментальной работе «Гибель Сибирского казачьего войска», по истории Сибирского казачьего войска в Гражданской войне, В. А. Шулдяков исследует и историю енисейского казачества в той мере, в какой она оказалась связанной с судьбами казачества сибирского в этот период 33 .

Деятельности енисейского казачества уделено внимание и в работах, посвящённых изучению отдельных вопросов, связанных с революционными событиями и ходом Гражданской войны в Сибири. В монографии Н. С. Ларькова «Начало Гражданской войны в Сибири. Армия и борьба за власть» 34 , где исследуется роль армии на начальном этапе Гражданской войны в Сибири, рассматривается, хотя и достаточно кратко, участие енисейского казачества в политической борьбе в 1917– 1918 гг., в том числе восстание Красноярского казачьего дивизиона. В монографии В. Г. Дацышена и Г. А. Ондар «Саянский узел» 35 участие казаков в событиях Гражданской войны в регионе изучается в контексте русско-тувинских отношений начала XX в. Авторами подробно рассмотрена деятельность енисейских казаков в отрядах Р. Ф. Унгерн-Штернберга и А. С. Бакича и их роль в попытках возобновления боевых действий против Советской власти в Сибири в 1920–1921 гг.

П. А. Новиков в своей работе «Гражданская война в Восточной Сибири» 36 уделяет внимание роли енисейских казаков в свержении Советской власти в Сибири летом 1918 г., а также подробно изучает деятельность отряда Р. Ф. Унгерн-Штернберга в Монголии и участие в нём енисейских казачьих формирований.

Положению в Сибири в начале 1920-х гг. посвящена монография А. С. Жулаевой и Г. М. Лущаевой «Сельское население Сибири первой половины 20-х гг. XX века» 37 . В монографии исследуется положение сельского населения Сибири в этот период, в том числе и положение енисейского казачества. Особое внимание в работе уделено антисоветскому повстанческому движению в Сибири, в частности партизанским отрядам енисейских казаков. Авторами исследована идеология повстанцев, социальный и этнический состав их отрядов, специфика боевых действий партизан.

Качественно новый подход в изучении истории енисейского казачества связан с появлением диссертационных исследований по его истории. В 1996 г. Г. И. Романовым была защищена кандидатская диссертация на тему «Казачье население Восточной Сибири (конец XIX – начало XX века)» 38 . В этой работе автор изучает историю иркутского, якутского и енисейского казачества в период с 1890-х по 1917 г. Однако в силу того, что автором не ставилась задача исследовать войсковой период существования восточносибирского казачества, период между Февральской и Октябрьской революциями им практически не был рассмотрен. В 2007 г. А. Е. Богуцкий защитил кандидатскую диссертацию на тему «Енисейское и иркутское казачество в 1917–1925 гг.» 39 . Значительная часть работы посвящена енисейскому казачеству. В диссертации автор попытался рассмотреть деятельность енисейского и иркутского казачества в 1917–1925 гг., в том числе его экономическое положение, участие в политической жизни. Кроме того, в работе А. Е. Богуцким даётся оценка казачьей эмиграции в 1922–1925 гг. Однако, несмотря на то что автором проведено достаточно подробное исследование социально-экономического положения восточносибирских казаков с 1917 по 1925 гг., военно-политический аспект жизни иркутского и енисейского казачества в этот период, в частности участие казаков в боевых действиях, остался практически не исследованным. Кроме того, рассмотрение одновременно двух казачьих обществ не позволило автору сколько-нибудь детально проанализировать и другие стороны жизни енисейского казачества в указанный период.

С начала 1990-х гг. начинают появляться публицистические и научно-популярные работы о Гражданской войне в Сибири и об участии в ней енисейского казачества. В книге известного писателя В. А. Солоухина «Солёное озеро» 40 с однозначно антисоветских позиций рассматриваются деятельность командира партизанского отряда И. Н. Соловьёва в начале 1920-х гг., его отношения с хакасским населением юга Енисейской губернии. В работе Л. А. Юзефовича «Самодержец пустыни» 41 , посвященной барону Р. Ф. Унгерн-Штернбергу, заметное место уделено изучению отряда енисейских казаков И. Г. Казанцева. Однако в книге действия Казанцева представлены тенденциозно, без анализа их причин и сложившейся в тот период обстановки. В книге А. А. Смирнова «Атаман Краснов» 42 о жизни и деятельности П. Н. Краснова достаточно подробно рассматривается участие енисейских казаков в так называемом «мятеже Керенского – Краснова» в октябре 1917 г.