Примерно в это время он начал приучать себя творить Иисусову молитву.

Тогда же Н. Пестов принес так называемую «генеральную исповедь» грехов всей прожитой жизни.

Летом 1926 года Николай Пестов со своим другом, тоже духовным сыном о. Сергия Мечёва, Колей Иоффе совершил поездку в Саров и Дивеево.

В конце 1926 года по ходатайству Зои Вениаминовны ей, как ведущему инженеру и ударнице труда, была предоставлена от Московского Алкалоидного завода отдельная 3-комнатная квартира на ул. Карла Маркса (бывшая ст. Басманная).

8 октября 1927 года в ней родился третий ребенок – сын Сергей. Первый, сын Колюша, родился 18 февраля 1924 года, еще в общежитии МВТУ. 8 сентября 1925 года в маленькой однокомнатной квартирке родилась дочь Наталия.

В начале апреля 1931 года, в канун Благовещения, храм св. Николая на Маросейке был закрыт. Приход с настоятелем о. Сергием Мечёвым прекратил свое существование. (О. Сергий Мечёв погиб в 1941 г. в Ярославле). В последующие годы любимые храмы Н. Пестова закрывались один за другим, и перед войной он уже не ездил ни в какую церковь. Дома иконы попрятали в шкаф за занавеску. В те годы Пестовым приходилось тщательно скрывать свои убеждения. Оставшиеся священники скрывались и тайно совершали требы по квартирам своих духовных детей. Иногда богослужения совершались в квартире Пестовых.

Детям запретили в школе упоминать о вере. За религиозное воспитание родителей могли снять с работы. «Непионерство» дети переживали тяжело, но без обиды на родителей. Н. Пестов никогда не жалел времени на общение с детьми. Он подолгу беседовал с ними, сочинял детские игры, ходил на каток, играл в бадминтон, в теннис, в крокет, волейбол, учил детей плавать, катался с ними на лодке. В дни ангела и на Рождество в семье устраивались праздники, в гости приходили дети знакомых верующих людей. Одноклассников в гости не звали.

Н. Е. Пестов был зачислен сотрудником Научного института по удобрениям, ещё не окончив своего образования в МВТУ. Из МВТУ, где он работал ассистентом академика Э. В. Брицке, а позднее читал доцентский курс по технологии удобрений, он перешел во 2-ой МХТИ, а затем в Военную академию химической защиты Красной Армии им. К. Е. Ворошилова, где в должности зав. кафедрой калийных солей проработал до октября 1933 года. С осени 1933 года Николай Пестов оставил Военно-химическую академию и до осени 1937 года преподавал в МХТИ им. Менделеева, где читал курс, руководил дипломным проектированием и дипломными работами по специальности «Технология минеральных удобрений». Сверх того Н. Е. Пестов читал эпизодические лекции и циклы на предприятиях для инженерно-технического персонала, преподавал в Высшей академии комсостава промышленности и руководил аспирантами НИУ.

За эти годы Н. Е. Пестов не раз получал благодарности и поощрения за свои труды, но шел 1937 год.

Н. Пестов отказался выступить на собрании с осуждением арестованного ГПУ зав. кафедрой проф. Юшкевича, под непосредственным руководством которого он работал. За это был освобожден с работы в МХТИ им. Менделеева. Осталась работа в Научно-исследовательском институте по удобрениям (НИУИФ).

Летом 1939 г. Н. Пестов был избран по конкурсу заведующим кафедрой хим. технологии МИЭИ. Помимо этого с декабря 1942 г. по октябрь 1943 г. он был деканом химического факультета. С октября 1943 г. состоял заместителем директора по научной и учебной работе.

После защиты в январе 1941 года докторской диссертации «Физико-химические свойства порошкообразных и зернистых продуктов химической промышленности» в Академии наук СССР Н. Пестов был утвержден в степени доктора химических наук.

В годы войны Н. Е. Пестов вел интенсивную научную и педагогическую деятельность.

4 ноября 1944 г. Н. Е. Пестов был награжден орденом Трудового Кр асного Знамени, а в 1946 году – медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне».

Осенью 1943 г. на фронте погиб старший сын Н. Пестова – Николай. Позднее Николай Евграфович написал книгу «Жизнь для вечности» о погибшем сыне. К концу военных лет Николай Евграфович перестал скрывать свои убеждения. Все стены своего кабинета он завесил иконами, стал ходить в храм, не боясь встретить там своих сослуживцев.

После войны Н. Е. продолжал работать в МИЭИ и по совместительству – в НИУИФ, прервав эту работу за несколько лет до выхода на пенсию.

В конце 50-х годов Н. Е. Пестовым были написаны первые труды по богословию. Это были в основном выдержки из святых отцов и учителей Церкви по различным вопросам христианской жизни, объединенные в два тома под названием «Пути к совершенной радости», а также первая редакция книги «Над Апокалипсисом».

После ухода на пенсию всю свою духовную и физическую энергию Н.Е. сосредоточил на работе над основным своим богословским произведением – многотомной диссертацией «Пути к совершенной радости», или, как он еще ее назвал: «Опыт построения христианского миросозерцания».

Диссертацию Н. Е. начал писать еще во время войны. Первыми прочитывали его труды близкие ему люди, и прежде всех – Зоя Вениаминовна. Труды его вскоре стали пользоваться большим успехом и перепечатки их расходились по многим городам и селам России.

Люди тянулись к Н. Е., много времени уходило на прием посетителей. Старые друзья, молодежь, бывшие члены христианского студенческого кружка приходили к Н. Е. побеседовать, попросить почитать книги из его домашней духовной библиотеки. Н. Е. очень любил детей. И когда у дочери Наталии, которая стала женой священника, родилось двое сыновей, Н. Е. с радостью занимался внуками, особенно летом в Гребнево, где они с Зоей Вениаминовной снимали дачу недалеко от дочери.