В 4.50 22 июня Военный совет КБФ объявил по флоту о начавшейся войне с Германией. Около 6.30 командование флота получило радиограмму от Н. К. Кузнецова начать мероприятия, предусмотренные планом прикрытия. В дозор на подступы к базе были отправлены сначала две подводные лодки, а затем к ним присоединились еще две. План также предусматривал постановку минных заграждений на подступах к Лиепае. Прибывший ночью тральщик Т-204 оказался тут как нельзя кстати. За 22 и 23 июня он шесть раз выходил в море для постановки заграждений. Всего было выставлено 206 мин образца 1912 г. До конца года на этом заграждении подорвались немецкие охотники за подлодками, сторожевик и два тральщика.

С началом войны был продолжен запущенный еще до нее процесс вывода из близкой к Германии базы боевых кораблей. Уже в первые часы войны последовал приказ начальника штаба флота о переводе лодок в Усть-Двинск. До вечера 22 июня Лиепае покинули подводные лодки «Лембит», «Калев», С-9, М-77 и М-78. Вслед за ними из базы в сопровождении всего одного пограничного катера ушел танкер «Железнодорожник», что позволило вывезти часть запасов жидкого топлива. Этот этап эвакуации прошел сравнительно благополучно, была потеряна только лодка М-78, потопленная утром 23 июня в районе Виндавы немецкой подлодкой U-144.

Вывод частей ВМФ из Лиепаи проходил не только по морю, но и по суше. Утром 23 июня на восток была отправлена 18-я железнодорожная батарея 180-мм орудий. Как писалось в расследовании обстоятельств потери Либавы «на пути командование батареи получало ряд провокационных слухов даже от официальных лиц (некоторые начальники станций сообщали, что впереди немцами взорваны ж.-д. мосты, на самом деле все они были не тронуты на всем пути следования батареи)». Если бы командиром батареи был склонный к панике человек, она была бы взорвана и ее искореженные орудия стали бы достопримечательностью, на фоне которой фотографируются оккупанты. Но, к счастью, этого не произошло. Пережив несколько авианалетов, в 12.00 24 июня батарея прибыла в Ригу.

На эсминце «Ленин» утром 23 июня были введены в действие два из четырех котлов, корабль самостоятельно отошел от стенки. На нем началась приемка мазута. К 23 июня на южные подступы к городу были выдвинуты части 67-й стрелковой дивизии, которые остановили наступающих немцев на рубеже реки Барта. Серьезным аргументом обороняющихся были береговые батареи Лиепаи – три 152-мм и двадцать два 130-мм орудия.

Своеобразие обстановки для 291-й пехотной дивизии заключалось в том, что она, с одной стороны, должна была штурмовать находившийся на побережье город, с другой – делать это в отрыве от основных сил 18-й армии. Соответственно, на саму Лиепаю поначалу был нацелен лишь один усиленный 505-й пехотный полк полковника Карла Ломейера. В 19.30 23 июня 505-м полком была захвачена Гробиня – узел дорог примерно в 10 км к востоку от Лиепаи. Основная масса дивизии с вечера 23 июня выходила в район Приекуле-Скуодас и занимала там оборону фронтом на север и восток.

Появление противника на подступах к Лиепае круто изменило судьбу оставшихся в базе кораблей. Из двух ремонтировавшихся «эсок» на ходу была только С-3, но она была лишена возможности погружаться. «Ронис» и «Спидола» не имели аккумуляторов. Согласно докладу командира бригады Египко, их вообще планировали использовать в качестве зарядовых станций, а не боевых лодок. М-71 имела сильную коррозию корпуса, из-за которой лодке было запрещено погружаться. Субмарина была сравнительно старой, 1934 г. постройки. На М-80 была неисправна система пополнения запасов воздуха высокого давления для всплытия.

В 22.15 берлинского времени (т. е. в 23.15 московского) 23 июня передовые подразделения 505-го полка вышли к каналу в 5 км к западу от Гробиня. До города было еще далеко, а до искусственных бассейнов военного порта немцам оставалось пройти всего около 3 км. По советским данным, уже в 23.00 порт был обстрелян немецкой артиллерией. Неудивительно, что командование базы охватила паника. Правда, позднее командующий базой капитан 1-го ранга М. С. Клевенский в ходе расследования обстоятельств оставления Лиепае отрицал, что давал приказ на подрыв кораблей. Якобы решение было принято командиром «Ленина» капитан-лейтенантом Ю. М. Афанасьевым. Против этой версии говорит то, что, помимо эсминца, были взорваны подводные лодки, которые Афанасьеву никак не подчинялись. В итоге в 23.45 23 июня были подорваны эсминец «Ленин», спустя 20 минут – лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис» и «Спидола». Избежала подрыва лодка С-3, ее командир капитан-лейтенант Костромичев фактически нарушил приказ на подрыв. В 23.41 23 июня она вышла в море. Перед этим она приняла на борт большую часть экипажа С-1, включая командира и комиссара. Что творилось в душе моряков, когда они слышали взрывы за кормой лодки? Финальным аккордом стал подрыв в 4.20 24 июня минного склада.

Позднее в материалах вышеупомянутого расследования указывалось: «Таким образом, в ночь с 23 на 24 июня вследствие растерянности и паники в руководстве ЛВМБ были уничтожены без вынужденной на то обстановки все находившиеся в Либаве боевые корабли, самостоятельно распущены и ушли все обеспечивающие средства, подорван минный склад и т. д., и в базе остался только дивизион ТК в составе пяти катеров» [90] . Экипажи кораблей усилили сухопутный фронт.

Тем временем лодка С-3 в ночной темноте медленно шла 5-узловым ходом вдоль берега. Можно только представить себе настроение экипажей, на глазах которых только что произошел подрыв кораблей. Вынырнувшие из предрассветной тьмы в 3.30 в районе маяка Ужава два корабля с незнакомыми силуэтами не обещали ничего хорошего. Это были «шнелльботы» – торпедные катера S-35 и S-60. 100-мм пушка «эски» не была надлежащим образом смонтирована и вести огонь не могла. Советские моряки отстреливались из 45-мм пушки и стрелкового оружия. Под шквалом огня 20-мм автоматов и пулеметов находившиеся на палубе и мостике были убиты или ранены. От интенсивной стрельбы автоматические пушки катеров вышли из строя. «Шнелльботы» атаковали лодку торпедами, но промахнулись. Вскоре в ход пошли ручные гранаты. Точку в этом бою поставила глубинная бомба, сброшенная у носа С-3 катером S-60. Получившая большую пробоину советская субмарина быстро затонула. Немцы подняли из воды 20 советских моряков. Оба командира лодок погибли.

По плану предполагалось взять Лиепаю уже 24 июня, поэтому наступление 505-го полка 291-й пехотной дивизии на город генерал Герцог запланировал на 2.30 ночи. Период «белых ночей» позволял действовать относительно свободно даже в ночное время. Однако немецкое ночное наступление на Лиепаю оказалось сорвано атакой с северо-запада – к городу подошел для ликвидации «воздушного десанта» 28-й мотострелковый полк подполковника Шерадезешвили. По немецким данным, атака последовала уже в 2.00 ночи 24 июня (по берлинскому времени). По данным ЖБД 27-й армии, мотополк развернулся у Дурбена (15 км от Гробина и в 25 км от Лиепаи) около 7.00 утра и перешел в наступление.