Эхуд Барак в 16:24 свистом подал команду к началу штурма. Но свист Барака услышали не все. Биньямин Нетаньяху находился по другую сторону самолета, командир последней штурмовой группы Узи Даян оставался у хвостового выхода. Из-за отвлекающего шума они не услышали сигнал к штурму. Заметив активизацию остальных штурмовых групп, Узи Даян подбежал к Бараку прояснить ситуацию. Это недоразумение стоило 15 секунд задержки, и группы Нетаньяху и Даяна ворвались в салон самолета позже, когда внутри салона уже шла стрельба. Также произошла заминка и в группе Дани Ятома, но уже по техническим причинам. Поэтому, вместо того чтобы параллельно ворваться с пяти точек: переднего и хвостового выходов и трех аварийных люков, атака началась лишь с одной стороны – с аварийного люка над левым крылом.

Сейчас с полной точностью невозможно во всех деталях описать операцию: кто первым поразил террористов, в какой очередности, кто за кем следовал, кто кого прикрывал огнем. Всё произошло так быстро, что даже непосредственные участники тех событий в полной мере не могут воссоздать общую картину. Первым через левый аварийный люк ворвалась группа, ведомая Мордехаем Рахамим. У него был приказ не открывать огонь, а уклоняться от боя и продвигаться к взрывным устройствам, оставив террористов на попечение остальных групп. Аварийный люк с грохотом вылетел в салон самолета, и Мордох, пригнувшись к днищу корпуса, вбежал внутрь. Из-за кресел он не сразу заметил Абд эль-Азиза эль-Атраша – тот находился слева от него и с расстояния трех метров вел стрельбу в открывшийся аварийный люк. К счастью, все пули прошли над головой в обшивку салона. Рахамим отпрыгнул назад, и следом за ним в салон буквально пронырнул Омер Эран. Он попытался открыть огонь по террористу, но в этот момент пожилая заложница со страху ухватила его за штанину комбинезона у самой щиколотки. В салоне началась паника. Пассажиры кричали в истерике и падали друг на друга на пол между креслами. Стараясь высвободить ногу, Омер нанес женщине сильный удар кулаком в лицо. Она наконец-то разжала мертвую хватку, и Омер смог подняться и выпустить несколько пуль в эль-Атраша. Тем временем Мордехай Рахамим вернулся в салон и, прикрываясь сиденьями, начал продвигаться в сторону террориста, опустошая свою обойму. Развитие событий внесло коррективы в начальный план. Приказ обезвредить взрывное устройство отменился сам собой. Шаг за шагом Мордох приближался к террористу, стреляя на ходу, не давая ему возможность высунуться в проход. Неожиданно патроны закончилась, и Мордехай Рахамим нырнул между креслами сменить обойму. Слева от себя он заметил женщину, бившуюся в истерике. Как выяснилось позже, это была Дора, супруга командира экипажа. Рахамим крикнул ей на английском: «It will be OK, don’t worry! [34] » Выглянув в проход, он увидел лежащего на полу, харкающего кровью Абд эль-Азиза эль-Атраша. Он уже не представлял опасности, и Мордох просто не стал расходовать на него патроны, а перескочил через него к проходу у кабины пилотов, где уже завязалась перестрелка между группой Дани Ятома и главарем террористов Абу Снейной.

Когда Мордехай Рахамим со своей группой вел перестрелку с первым террористом, группа Дани Ятома безуспешно пыталась вскрыть переднюю дверь самолета. Генератор, подогнанный под кабину пилота, не позволил им надежно установить лестницу у борта. Первым поднимался Ицик Гонен, за ним следовал Дани Ятом. Им наконец-то с огромным трудом удалось приоткрыть дверь. Гонен попробовал двумя руками распахнуть ее, но она заклинила, к тому же на них обрушился град пуль. Гонен просунул руку с пистолетом в узкий проход и опустошил всю обойму в сторону доносившихся выстрелов. Абу Снейна стоял в полутора метрах от двери, он ранил Ицика в руку, но и сам получил несколько пуль. Ицик Гонен соскользнул вниз, а Дани Ятом продолжил выбивать дверь, которую намертво заклинило. Ури Корен в это время вскрыл нижний аварийный люк, но из него ударило облако слезоточивого газа, который исходил из кабины пилотов.

В это время Мордехай Рахамим уже успел расправиться с эль-Атрашем и вел перестрелку с Абу Снейной. Главарь террористов истекал кровью и, ведя беспорядочную стрельбу во всех направлениях, в последней надежде укрыться от пуль, закрылся в туалете. Мордох сменил обойму, выбил дверь туалета и, просунув внутрь руку с пистолетом, в упор расстрелял Абу Снейну. Рахамим попытался вернуться в салон, но ему сразу пришлось отступить. Кто-то распылил слезоточивый газ. Мордох слышал крики Дани Ятома снаружи, собравшись с силами, он бросился на дверь и помог второй группе протиснуться в салон. Вместе с Дани Ятомом Мордох стал осматривать салон в поисках взрывных устройств.

Группа Узи Даяна начала штурм с небольшим опозданием. Узи ворвался в салон в хвостовую часть самолета первым, за ним следовали Юваль Галили и Хези Коэн. Перед Узи была штора, а за ней просматривалась какая-то фигура. Неожиданно оттуда выскочил смуглый мужчина и, пытаясь прорваться к выходу, инстинктивно обхватил Узи за шею. Узи Даян не раздумывая выпустил две пары пуль. Первая вошла мужчине в печень, вторая – в область сердца, третья пуля попала в челюсть, четвертая прошла выше головы. Узи Даян сбросил с себя обмякшее тело мужчины и стал пробиваться в проход между рядами кресел. Мгновение спустя он услышал за своей спиной крик отчаяния: «Почему? Я еврей!» Выяснилось, что это был один из заложников, 55-летний западногерманский бизнесмен Манфред Кардовский, в общей панике попытавшийся укрыться за шторой и выскочить из самолета при первой же возможности. К счастью, полученные им ранения из-за маленького калибра оказались несмертельными. В ту же секунду Узи заметил террористку Риму Таннус, на которую указал один из пассажиров. Подбежав к ней, он увидел, что террористка сжимает в руке гранату с выдернутой предохранительной чекой, а рядом с ней на сиденье лежит пояс со взрывчаткой. Узи Даян направил на нее пистолет, и она истошно закричала на английском: «Don’t shoot!» [35] Она вся была покрыта п'Oтом и дрожала. Даян попытался успокоить террористку и объяснил ей, как передать гранату, разжимая палец за пальцем. Другие спецназовцы подхватили ее и выволокли из самолета, а подоспевший Мордехай Рахамим тем временем занялся взрывным устройством.

Группа Биньямина Нетаньяху ворвалась в салон через несколько секунд после группы Мордехая Рахамима. Первым шел Марко Ашкенази. Сильным ударом он опрокинул аварийный люк, который с грохотом влетел в салон. В горячке боя он чуть не попал под пули своих же товарищей, штурмовавших самолет с противоположного борта. Марко бросился в проход между пассажирскими креслами в сторону кабины пилотов, где Мордох уже добивал раненого Абу Снейну. Следом за Марко шаг в шаг продвигался Биньямин Нетаньяху. В проходе между рядами сидений лежал и бился в предсмертных судорогах эль-Атраш. Марко Ашкенази сделал контрольный выстрел в голову и тут же услышал крики: «Взрывчатка!» Пассажиры указывали на последнюю террористку Терезу Халсу. Она попыталась укрыться между сиденьями. Марко подбежал и попытался поднять ее на ноги, ухватив свободной левой рукой. Террористка оказала сопротивление, тогда Марко Ашкенази нанес ей сильный удар по лицу рукой, в которой держал пистолет. От удара произошел непроизвольный выстрел. Пуля прошила Терезу Халсу навылет в грудь и ранила в руку Нетаньяху. Вбежавший в салон Эхуд Барак разорвал на террористке одежду и увидел второе взрывное устройство, спрятанное на ее теле. Он не стал снимать с нее «пояс смертника», а вытащил на крыло самолета через правый аварийный люк и передал раненую террористку другим бойцам.

После того как все террористы были обезврежены, командир «Сайерет Маткаль» Эхуд Барак, опасаясь, что на борту могли остаться другие взрывные устройства, отдал приказ всем покинуть самолет. Спустя 25 лет, будучи премьер-министром Израиля, Биньямин Нетаньяху шутя вспоминал: «Прорваться в самолет было легче, чем его покинуть». Стараясь предотвратить давку, спецназовцы первым делом вынесли тела двух застреленных террористов и уже после этого начали эвакуацию пассажиров. Высота авиалайнера Sabena составляла 13,5 метра, и обезумевшие пассажиры, проведшие сутки в захваченном палестинскими террористами самолете, могли разбиться насмерть, прыгая из дверей без трапов. Сдерживая общую панику, спецназовцы вывели людей через аварийные люки на крыльях самолета.

Операция «Изотоп» готовилась около суток. Освобождение заложников прошло за 90 секунд, на 10 секунд меньше запланированного. Двое террористов были ликвидированы, две террористки захвачены. Они успели сделать всего лишь 10 выстрелов. Одна заложница, 22-летняя израильтянка Мирьям Голцберг из кибуца Лохамей Гетаот, сидевшая в центре салона самолета, получила смертельное ранение в голову. Десять дней врачи из больницы «Шива» безуспешно боролись за ее жизнь. Другой заложник, 55-летний житель Западного Берлина Манфред Кардовский, получивший по ошибке три пули от Узи Даяна, вскоре выписался из больницы. Еще две заложницы получили легкие ранения. Двое спецназовцев – Биньямин Нетаньяху и Ицик Гонен получили незначительные пулевые ранения.