В этих условиях централизованное управление образованием советского периода вынужденно уступило дорогу широкой децентрализации и расширенной автономии образовательных учреждений – другой возможности выжить у вузов не было [16] . Только в середине следующего десятилетия государство стало снова активно вмешиваться в сферу высшего образования.

Для преподавательского состава вузов свобода преподавания, исследовательской деятельности и публикаций была главным положительным результатом разрушения советской системы. Хотя формально по-прежнему требовалось одобрение программ сверху, на практике преподаватели учили по своему усмотрению. «Это был период полной свободы – делай, что хочешь, – вспоминает Е. Красикова, преподавательница экономики Московского государственного университета. – Это было самое интересное и творческое время. Я написала учебник, который выдержал три издания. Было много интересных точек зрения, дискуссий, аргументов. Было интересно!» «С интеллектуальной точки зрения, 1990-е были лучшими годами моей жизни, – вспоминает преподаватель философии Санкт-Петербургского горного университета. – Мы получили доступ к книгам и переводам и могли преподавать и говорить, что хотели, не боясь».

Эта новая интеллектуальная свобода имела особое значение для преподавателей гуманитарных и общественных наук, поскольку естественные науки подвергались более слабому идеологическому контролю в Советском Союзе. Изменения этого периода также позволили до некоторой степени расширить участие преподавателей в управлении университетом, главным образом в выборах заведующих кафедрами, деканов факультетов и ректоров, а также в решениях, касающихся приема на работу и повышения в должности [17] .

В начале 1990-х гг. были введены конкурсы на должности преподавателей вузов. Формально замещение должности преподавателя сроком на пять лет осуществлялось через открытый конкурс, на основании которого кафедры давали рекомендации избранному ученому совету вуза. На практике конкурсы в этот период были формальностью, и преподаватели могли рассчитывать на сохранение своей должности. Кафедры также имели решающее слово при продвижении коллег по службе.

Оборотной стороной этой вновь обретенной свободы и возможности участвовать в управлении было резкое снижение заработной платы преподавателей. Средняя зарплата преподавателя университета в 2000 г. была всего 1226 рублей (около $4 °CША) [18] . Кроме того, выплата зарплаты в 1990-е годы часто задерживалась, иногда на нескольких недель и даже месяцев – это при гиперинфляции и отсутствии индексации. Преподаватель московского вуза вспоминает, что «оклад был таким оскорбительно низким, что едва хватало на транспорт до университета и обратно». Многие из тех, у кого имелись лучшие возможности, уходили из университета.

Те, кто оставались, выживали разными способами, например, жили на доход супруга или супруги или сдавали свою квартиру, а сами жили на даче. Но главным средством выживания были дополнительные занятия, проводимые иногда в своем вузе, но чаще всего по совместительству в других университетах. Такое стало возможным потому, что многие преподаватели вообще ушли из профессии, в то время как количество поступивших в вузы стало стремительно расти с середины 1990-х и увеличилось почти в три раза к 2008 году (чему способствовало введение платного обучения в государственных университетах и расширение частных университетов) [19] . Многие преподаватели зарабатывали тем, что готовили старшеклассников к вступительным экзаменам в университет. Другие занимались консалтингом или подрабатывали в сфере бизнеса. Эта дополнительная работа сказывалась на качестве жизни преподавателей и на качестве их преподавания, но ситуация была более или менее терпимой, так как преподавательская нагрузка была еще относительно невысокой. Однако за пределами крупных городов возможности подработать были гораздо более ограниченными.

Падение заработной платы сопровождалось снижением престижа профессии преподавателя и деморализацией значительной их части. Самоуважение преподавателей страдало от их абсолютной нищеты и невозможности добросовестно выполнять свою работу. Происходило всеобщее снижение академических стандартов, что проявлялось зачастую в низком качестве диссертаций и в практике написания диссертаций, курсовых и дипломных работ за плату. Плагиат в диссертациях стал распространенным явлением, в авангарде которого стояли различные высокопоставленные правительственные чиновники и депутаты, стремящиеся получить ученую степень. Иностранные гранты также вносили свой вклад в деморализацию преподавателей и ученых. Они помогали выжить, но оказывали определенное влияние на выводы исследований. В условиях ельцинской "шоковой терапии" моральная высота была утрачена многими преподавателями.

Изменилось также отношение молодежи к высшему образованию. В советское время студенты часто идеалистически объясняли свое стремление получить высшее образование желанием реализовать себя и внести вклад в общественный прогресс. Однако в 1990-е годы главным стало зарабатывание денег, а университетский диплом многими стал рассматриваться в основном как средство найти более оплачиваемую работу [20] . Качество образования было в лучшем случае на втором месте. Таким же зачастую было и отношение работодателей к качеству образования [21] . Для молодежи призывного возраста дополнительной мотивацией получения высшего образования стало желание избежать или хотя бы отсрочить службу в армии.

Поскольку учителя средней школы испытывали те же экономические трудности и были вынуждены брать дополнительную работу, уровень подготовки учащихся к учебе в университете резко упал. Преподаватель экономики Б. Ракитский вспоминал об этом периоде: «Видимо, в старших классах они ничего не учили об устройстве общества. Меня это шокировало. Я стал рассказывать о самых простых вещах, и эти молодые ребята быстро достали блокноты и стали записывать. Так что какое-то желание учиться у них было. Но не было основы. У меня было такое впечатление, что у них совсем не было никаких знаний. Это было в середине 1990-х».

После крушения Советского Союза в результате «революции сверху» у университетских преподавателей, как и практически у всего российского общества, отсутствовали опыт и традиции объединения в независимые организации для защиты своих профессиональных и иных интересов. Недавно обретенные свобода и возможность участвовать в университетском управлении попали в руки преподавателей без какой-либо борьбы. В то же время им вдруг пришлось бороться за физическое выживание, ситуация незнакомая советским гражданам. Это ведь была одна из негласных целей «шоковой терапии»: предотвращение эффективной оппозиции реформам [22] . Эта цель была успешно реализована и в отношении преподавателей вузов. Что касается Профсоюза работников образования и науки, унаследованного от Советского Союза, он продолжал, как и прежде, послушно одобрять все решения властей и университетских администраций.