На базе Московского историко-революционного архива в сентябре 1920 г. создало III отделение Госархива РСФСР, которому передавались все материалы учреждений дореволюционного сыска. Оно стало своего рода преемником III отделения с. е. и. в. канцелярии. Задуманная в 1921 г. и полностью осуществленная в 1926 г. концентрация в одном месте всех материалов политического сыска преследовала далеко идущие цели. На это обратил внимание и Николаевский, который в письме Бурцеву 10 декабря 1925 г. сообщал, что ГПУ и истпарты взялись за "историческую работу" - составляют списки всех лиц, имевших когда-либо отношение к эсерам и меньшевикам.

"Все когда-либо к таким делом причастные "выясняются" насчет их теперешних связей и пр., затем их вызывают в ГПУ и требуют подписки. В случаях отказа бывают высылки лиц даже совсем отошедших - чуть ли ушедших еще до революции, черт знает что такое! Пойти в ссылку за то, что уже раз был в ней лет 15-20 тому назад по меньшевистским или с.-р. делам?".

Бывшему руководителю Московского историко-революционного архива меньшевику Николаевскому большевики нашли место при реорганизации лишь в Бутырской тюрьме. А причину этого Максаков изложил предельно откровенно: "Огромный интерес проявляли к этим фондам (политического сыска.- В. К.) и историки революционного движения, среди которых было много представителей мелкобуржуазных партий - эсеров, меньшевиков и т. п., стремившихся использовать документы органов политического розыска для фальсификации истории классовой борьбы в России, роли рабочего класса и его авангарда Коммунистической партии".

В борьбу за спасение Николаевского и его коллег включились Рязанов и, вероятно, А.И. Рыков (на сестре Рыкова был женат брат Бориса Ивановича Владимир; родство последнего использовано в 1988 г. на процессе по делу так называемого антисоветского "правотроцкистского блока"). Да и сами арестованные активно боролись за свое освобождение. После длительной голодовки Б.И. Николаевскому, Ф. Дану, Л. Дан и другим административная высылка была заменена высылкой из страны. 19 января 1922 г. в день отъезда в Берлин Борис Иванович, обращаясь к Щеголеву, писал: "В Германии я буду, конечно, нуждаться в заработке. Нельзя ли чего-нибудь через Музей революции? Я мог бы великолепно наладить собирание заграничных изданий - новых и старых, мог бы поставить дело обыска эмигрантских архивов и пр. Связей для этого у меня будет достаточно. Но, конечно, нужны деньги. Может ли и захочет ли музей что-нибудь сделать? Затем я продолжу и в Берлине считать себя Вашим сотрудником ("Былого".
– В. К.).

Думаю, что обзоры белой литературы будут для Вас не лишними". 11 февраля Б. И. Николаевский прибыл в Берлин и начался новый этап его жизни, насыщенный активной политической, организационной и научно-публицистической деятельностью. Германия в это время была крупнейшим европейским центром русской эмиграции - 250 тыс. не ассимилированных русских беженцев, а Берлин - средоточием представителей образованной элиты. Здесь с осени 1920 г. жил уехавший из России Мартов, создавший Заграничную делегацию (ЗД) - ЦК меньшевиков за рубежом и вместе с Р. Абрамовичем основавший центральный орган ЗД РСДРП - журнал "Социалистический вестник" (1921-1965).

Берлин был центром русской культуры: здесь жили и работали М. Горький, 3. Гржебин, Р. Гуль, А. Ященко, основавший в 1921 г. критико-библиографический журнал "Русская книга", преобразованный в "Новую русскую книгу". В этом журнале стал сотрудничать Б.И. Николаевский. Позже он становится постоянным автором, а затем членом редколлегии "Социалистического вестника", прекратившего свое существование со смертью Никола-евского. За публикациями журнала, заложившего методологический фундамент науки, которую позднее назовут "советологией", бдительно следили ВЧК - НКВД, постоянным его читателем был Сталин.

В феврале или марте 1922 г. Николаевский приехал в санаторий под Берлином к М. Горькому и предложил ему принять участие в редактировании основанного по его инициативе историко-революционного журнала "Летопись революции". В редколлегию журнала, в котором предполагалось печатать материалы о Февральской и Октябрьской революциях, вошли Ю.О. Мартов, Н. Суханов, Б.И. Николаевский, а с осени и М. Горький. Журнал, по словам Николаевского, преследовал "исключительную цель изучения истории революционных движений и собирания материала", а потому не "связывал себя в выборе сотрудников никакими партийно-политическими рамками". Гржебин, предполагавший издавать журнал в Берлине, а продавать в России, писал, что он готов "печатать от Ленина до Шульгина и еще правее, если это будет талантливо и правдиво (вернее искренно)". К моменту выхода первого номера 15 января 1923 г.- в редколлегии остались лишь Мартов и Николаевский, готовивший практически его к печати.

Но первый номер стал и последним вследствие краха издательства Гржебина, инициированного Москвой. Николаевский приобретает права на издание воспоминаний некоторых известных представителей русской эмиграции, которые печатает как приложение к журналу. В 1922-1923 гг. под редакцией Николаевского при участии Горького изданы записки и дневники П. Аксельрода, Ю. Мартова, Г. Покровского, Н. Русанова, В. Чернова. Н. Суханова (7 т.), С. Мстиславского, М. Маргулиеса (3 т.), В. Войтинского (2 т.).

Он располагал также правами на издание второго тома мемуаров Мартова, Русанова, Аксельрода. Позднее он, стремясь донести книги до широкого круга советских читателей, предложил Н. С. Ангарскому, директору издательства "Недра", представлявшему, однако, за рубежом интересы Института Ленина и поддерживавшему с Николаевским регулярные связи, купить у него все вышедшие и находившиеся на складе тома воспоминаний либо отдельные книги серии вместе с правами на их дальнейшее издание, вплоть до замены заглавий и марки Гржебина.