Командующий войсками Южного фронта генерал армии Тюленев своей директивой отклонил представленный план. В соответствии с требованием Ставки ВГК командование фронтом предложило вести инженерную подготовку с учетом вероятности изолированной обороны Крыма, снова сделав упор на защиту высадочных районов. Предложенный Батовым вариант защиты полуострова был признан недостаточным и предусматривающим лишь противопехотную оборону Крыма в виде слабых и разрозненных отдельных оборонительных пунктов, без учета танковых атак, артиллерийских ударов и ударов авиации.

При этом особое внимание командованием фронта все-таки обращалось на укрепление северного рубежа полуострова: Перекоп – Геническ, который был признан слабо подготовленным.

Для руководства работами разрешалось сформировать одно управление военно-полевого строительства, привлечь с помощью республиканских властей инженерно-технический состав, местное население, транспорт и материальные ресурсы.

В начале августа 1941 г. новый план обороны Крыма был утвержден. Он предусматривал строительство двух полос обороны на севере – Перекопской и Чонгарской, а на юге – Ишуньской. Северная позиция рассматривалась как основная. На ее укрепление были направлены все усилия военных и гражданских руководителей республики.

Однако генерал-лейтенант Батов полагал, что и новый план обороны не соответствует возможностям обороняющих Крым войск, и счел нужным 4 августа подать Тюленеву «докладную записку по вопросам организации обороны Крыма».

В записке командир 9-го ОСК обращал внимание командующего фронтом на то, что «последняя обстановка, складывающаяся в настоящее время на фронте, ставит вопрос организации обороны Крыма как изолированной обороны».

В такой ситуации сил, выделенных для обороны полуострова, становилось явно недостаточно для выполнения поставленных Ставкой задач, так как «расчет инженерных работ с учетом упорной и активной обороны перешейков силами не менее двух дивизий построен на четыре стрелковые дивизии, которые образуют круговую оборону полуострова».

Вместо необходимых при подобной оборонительной тактике шести стрелковых дивизий Батов имел в своем распоряжении всего две и одну кавалерийскую, которая была «сформирована по особым штатам сокращенного состава» и состояла из трех кавполков общей численностью 3000 сабель, а также одного бронедивизиона плавающих танков Т-40.

Командир корпуса справедливо полагал, что имеющиеся в его распоряжении войска «полностью задачу по обороне Крыма не решат как активную оборону, а будут представлять отдельные мелкие группы прикрытия, растянутые по всему побережью на широком фронте, и то только на вероятных направлениях».

Батов высказывался примерно как и Жуков: он тоже считал, что «широкие равнинные пространства Крыма представляют собой хорошие аэродромы для высадки парашютных десантов пр[отивника в массовом к[оличест]ве на всей его территории, а это также требует значительного количества войск для обеспечения всего этого пространства».

Для борьбы с десантами на местах были сформированы 33 истребительных батальона. Два полка 48-й КД, сменившей после начала войны 32-ю, должны были играть роль подвижной ударной группы. Третий полк дивизии обеспечивал стратегически важный Чонгарский мост и район Джанкоя, являвшегося крупным железнодорожным узлом.

Кроме аэродромов потенциальных, к которым была отнесена вся степная часть Крыма, на полуострове имелись еще 35 аэродромов настоящих. Из них только четверть охранялась хорошо вооруженными и обученными специальными караульными авиачастями, остальные находились под наблюдением все тех же истребительных батальонов, что не обеспечивало должного уровня охраны.

Большие расстояния мешали войскам прикрытия быстро добраться до любой точки полуострова, где мог высадиться десант. Правда, высаживаться в голой степи значительным силам противника не имело смысла, так как их там было легко обнаружить, окружить и уничтожить.

Однако командование корпуса, действуя в духе жестких требований Ставки, не считало такую возможность маловероятной.

Для быстрой ликвидации любого высадившегося десанта «хотя бы до полка», по расчетам Батова, требовалась подвижная механизированная группа или кавдивизия обычного штата с танковым полком.

Симферополь, являясь «центром управления и базой снабжения Крымского полуострова», почти не имел зенитной артиллерии. Такая же ситуация была и в Джанкое. Для прикрытия этих объектов требовалось не меньше двух зенитных дивизионов.

В первой декаде августа оборонительные работы в районе перешейков наконец начались. Правда, сил для организации этаких работ в распоряжении командования войсками Крыма имелось пока не много. 9-й корпус не располагал органами и частями оборонительного строительства. Поэтому основная тяжесть работ по инженерной подготовке полуострова к обороне легла на плечи местных руководителей, которые уже успели поучаствовать и в противодесантной обороне полуострова.

Еще 7 июля 1941 г. крымские обком партии и Совет народных комиссаров издали директиву, где потребовали от руководителей Крыма развернуть по всей территории оборонительное строительство. В директиве говорилось: «Обком ВКП(б) и СНК Крымской АССР считают необходимым, в соответствии с задачами, поставленными Государственным комитетом обороны, немедленно привести в оборонное состояние все города, рабочие поселки, села, колхозы, совхозы, промышленные предприятия силами и средствами местного населения. Вокруг городов и крупных населенных пунктов создать пояса инженерных укреплений (окопы, препятствия против пехоты и танков)».