18 ноября 1918 года правительство Директории, обосновавшееся в Омске, было свергнуто отрядами офицеров и казаков, приведшими к власти бывшего командующего Черноморским флотом адмирала А. В. Колчака. Адмирал провозгласил себя "Верховным правителем России" и фактически установил в Сибири и на Урале военную диктатуру. Колчаку удалось на какое-то время объединить разрозненные войска нескольких областных правительств на востоке России, сформировать более или менее боеспособную армию, снабженную всем необходимым Англией и Францией из оставшихся после первой мировой войны запасов. Адмирал бросил ее в наступление на советский Восточный фронт, рассчитывая выйти к Волге, а потом предпринять решающий поход на Москву. 4 марта Сибирская армия под командованием чешского генерала Р. Гайды, решившего попытать счастья с русским белым движением, перешла в наступление к реке Каме, отбросив части 2-й и 3-й армий красных. А 6 марта в атаку пошла Западная армия генерала М. В. Ханжина, опрокинувшая вдвое уступавшую ей по численности 5-ю советскую армию. Белые заняли Уфу, Бугульму, Бугуруслан, Белебей... До Волги им оставалось от 80 до 100 километров. 5-я армия была разбита и откатывалась без серьезного сопротивления на 20-25 километров в сутки. Центр Восточного фронта был прорван. Советскому командованию требовалось срочно усилить 5-ю армию, чтобы добиться перелома. Сюда направлялись дивизии как из соседних армий, так и с других фронтов, а также новые формирования из внутренних губерний. 5-я армия должна была превратиться в самую сильную на Восточном фронте. Во главе ее и был поставлен в начале апреля Тухачевский.

Командующий Восточным фронтом С. С. Каменев разработал план контрудара во фланг армии Ханжина войсками Южной группы М. В. Фрунзе, состоявшей из трех армий: 1-й, 4-й и Туркестанской. Еще одна армия, 5-я, до 11 мая находилась во временном подчинении Фрунзе. Тогда и завязалось личное знакомство Тухачевского с Фрунзе, быстро переросшее в дружбу.

28 апреля Южная группа начала контрнаступление во фланг и тыл Западной армии. 5-я армия атаковала противника фронтально в общем направлении на Бугуруслан и Бугульму. В ходе последующего наступления потерпел поражение левофланговый 6-й Уральский корпус белых, и Ханжин вынужден был приостановить стремительный марш к Волге. Отразив контрудар противника, введшего в дело только что сформированный и плохо обученный Волжский корпус Каппеля, 27-я стрелковая дивизия 5-й армии 13 мая заняла Бугульму. Войска Ханжина, хотя и избежали окружения, но понесли тяжелые потери и утратили боевой дух. Однако колчаковский наштаверх Д. А. Лебедев и командующий Сибирской армией не осознали всей серьезности положения. Сибирцы продолжали ставшее уже бессмысленным наступление на Вятку, в тщетной надежде, что красные перебросят против войск Гайды часть сил, громивших Западную армию.

Тем временем в командовании советского Восточного фронта произошли перемены. Вместо С. С. Каменева 5 мая был назначен бывший генерал А. А. Самойло, ранее возглавлявший 6-ю Отдельную армию на архангельском направлении. Это назначение стало следствием начавшегося противостояния Троцкого с членом Реввоенсовета Восточного фронта С. И. Гусевым, поддерживавшим Каменева. Этот конфликт обострился со второй половины мая, когда выявился разгром Западной армии белых. Каменев и Гусев настаивали на продолжении генерального наступления с целью добить Колчака, не давая ему передышки, иначе за зиму колчаковцы оправятся и к весне 1920 года опять будут представлять собой грозного противника. Но главком Вацетис и Троцкий считали, что основные силы надо перебросить на юг против действовавшего всё более успешно Деникина, а на востоке ограничиться активной обороной на рубеже реки Белой после предполагавшегося взятия Уфы. Эти споры, происходившие не только в рамках военного ведомства, но и в ЦК партии, окончились только в июле, когда Каменев занял место Вацетиса, арестованного по не подтвердившемуся обвинению в бонапартистских наклонностях. Троцкий впоследствии признал правоту своих оппонентов:

"Я считал уже тогда Южный фронт неизмеримо более серьезным и опасным, чем Восточный. Это подтвердилось впоследствии полностью. Но в оценке армии Колчака правота оказалась на стороне командования Восточного фронта... Центральный Комитет вынес решение против главного командования и тем самым против меня, так как я поддерживал Вацетиса, исходя из того, что в этом стратегическом уравнении есть несколько неизвестных, но что солидной величиной в него входит необходимость поддержать еще слишком свежий авторитет главнокомандующего. Решение Центрального Комитета оказалось правильным. Восточный фронт выделил некоторые силы для юга и в то же время победоносно продвигался в глубь Сибири по пятам Колчака".

Во время короткого командования Самойло Восточным фронтом произошли первые драматические события этого противостояния, в котором и командарму-5 пришлось сыграть немаловажную роль.

В 1935 году в статье в "Красной Звезде" Тухачевский так изложил ход событий:

"Начавшись 25 апреля (войска Тухачевского атаковали белых на три дня раньше главных сил Южной группы, чтобы привлечь к себе резервы Западной армии и облегчить ее фланговый обход.
– Б. С.), наступление Южной группы развивалось очень успешно. Правый фланг 5-й армии к 1 мая вышел в район станции Заглядино... В это время Троцкий нашел нужным вмешаться в дела Восточного фронта. Командвост тов. С. С. Каменев был освобожден от должности, и на его место был назначен тов. А. А. Самойло. Это обстоятельство совершенно испортило блестящее начало нашего контрнаступления и позволило белым упорядочить их отступление. 5-я армия была изъята из подчинения тов. Фрунзе и перешла в непосредственное подчинение тов. Самойло. 11 мая тов. Самойло нацеливает 5-ю армию на север, к устью реки Вятка, 14 мая сворачивает ее на Белебей, 17 мая опять направляет ее на север, а 19 мая на северо-восток. Вместо преследования топтание на месте".

Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось:

"Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств, вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую... Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч."

В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.

Большие неприятности перенес и тов. Фрунзе, которому тов. Самойло неожиданно 18 мая запретил преследовать белых. Тов. Фрунзе дал решительный отпор, и тов. Самойло отменил свой приказ, разрешив занять Уфу. Тов. Фрунзе успешно провел операцию по занятию города Уфы".

Самому Самойло посчастливилось пережить Тухачевского более чем на четверть века. И ситуация мая 1919 года виделась ему несколько иначе, чем командарму-5. В мемуарах, вышедших в 1958 году, уже после реабилитации Тухачевского, Александр Александрович признался, что совсем не был рад новому назначению, считая нелепым в момент напряженных боев с неясным исходом на Восточном фронте заменять командвоста человеком, не знакомым ни с войсками, ни с условиями театра. Вначале он отказался от назначения, узнав от своего боевого товарища П. П. Лебедева, тоже бывшего генерала, а тогда - начальника штаба Восточного фронта, что Реввоенсовет фронта грозит отказаться от своих постов в случае смещения Каменева. Однако Самойло получил категорическое предписание вступить в командование и вынужден был подчиниться. И вот как он изложил историю с чехардой приказов 5-й армии Тухачевского:

"Работа моя на новом фронте, как я и опасался; сложилась в условиях, тяжелее которых трудно себе представить. Реввоенсовет возглавлял фактически Гусев - старый большевик, хорошо осведомленный в военном деле. Два других члена Реввоенсовета фронта были лишь исполнителями указаний Гусева. Каменев, как сам он потом сказал мне в Москве, правда в шутливом тоне, таил неприязнь ко мне с той давней поры, когда в Киеве я отказался взять его, Каменева, моим помощником в штаб Киевского военного округа.