Когда же Цезарь вернулся в Рим в октябре того же года, присутствие там царицы Клеопатры породило разнообразные слухи и сплетни. Утверждали, будто Цезарь собирается перенести столицу в Александрию или даже в Трою (поскольку он считался потомком троянских царей). А некий Гельвий Цинна, трибун в 44 году до н.э. согласно Светонию, утверждал, будто Цезарь подготовил законопроект, позволяющий ему персонально, ради рождения наследника, жениться на ком он пожелает и даже иметь более одной жены. Вероятно, эти сведения являются вымыслом, но речь идет о том, как именно часть римлян объясняли для себя близость Цезаря и Клеопатры.

Между тем Цезарь, невзирая на проблемы со здоровьем, собирался в новый восточный поход. Он хотел покинуть Рим 17 марта 44 года до н.э. Это новое военное предприятие могло бы даже затмить прежние победы самого же полководца. В отместку за поражение Красса в Парфии девять лет назад Цезарь хотел ни больше ни меньше, как завоевать всю Парфянскую империю. Могущественная римская армия была приведена в боевую готовность. Чтобы избежать гибельной ошибки Красса, Цезарь решил атаковать парфян не со стороны Месопотамии, а с севера. Конечно, такая военная операция потребовала бы огромных ресурсов и стала бы бременем для всех зависимых от Рима восточных стран, но прежде всего от Египта. Пять месяцев, остававшихся до намеченного срока, были, очевидно, посвящены подготовке беспрецедентной экспедиции, в чем Клеопатра, очевидно, принимала активное участие. Есть основания полагать, что и Клеопатра собиралась покинуть Рим вместе с Юлием Цезарем, чтобы сыграть роль союзницы римлян в предполагавшейся войне, в надежде на то, что ее страна будет достойно вознаграждена в случае победы.

Но ее мечты не сбылись. Такие римляне, как Брут и Кассий, ненавидели диктатуру Цезаря, но его продолжительное отсутствие во время восточной войны сочли бы еще более нежелательным, поскольку он намеревался передать власть своим послушным слугам, таким, как Лепид, а также советникам Цезаря Бальбу и Оппию. Почти накануне намеченного отъезда диктатора заговорщики-республиканцы решили действовать. Аристократическая гордыня Цезаря не позволяла ему в Риме слишком заботиться о собственной безопасности. Он не мог не предполагать покушений на свою жизнь, но относился к этому со смешанным чувством фатализма и презрения. Говорят, что накануне убийства он говорил гостям, будто предпочел бы внезапную смерть. Возможно, Клеопатра, привыкшая к постоянной опасности в своей столице, предупреждала его о недопустимости подобной беспечности.

Заговорщиков было 60 человек, и неудивительно, что просочились слухи о готовящемся заговоре. На 15 марта было назначено заседание сената, и, когда Цезарь находился поблизости от сената, один грек, бывший учитель Брута, пытался заговорить с властителем и даже вручил ему записку, но он так и не прочел ее.

Один из заговорщиков, Тиллий Цимбер, стал на колени перед Цезарем, будто бы для того, чтобы подать петицию, когда же тот попытался пройти мимо, Цимбер потянул его за край тоги. В это время один из друзей Кассия хотел нанести Цезарю кинжалом рану в горло, но промахнулся. Цезарь в ответ ранил его в руку заостренным железным стержнем. Но в этот момент убийцы накинулись на него со всех сторон. Получив двадцать три раны, Юлий Цезарь упал на землю у пьедестала статуи Помпея.

Один из самых удивительных правителей Рима был убит. Клеопатра же потеряла любовника, друга и покровителя, от которого зависело, сбудутся ли все ее надежды.

Через два дня после убийства Цезаря было оглашено его завещание. И все узнали, что Клеопатра и Цезарион не упомянуты в нем. Для Клеопатры это едва ли было сюрпризом, так как римские юристы, с которыми она общалась, должны были разъяснить, что она и ее сын не могут претендовать на наследство. Однако для широкой публики, не очень хорошо знакомой с римским законодательством, это было всего лишь свидетельством, что Клеопатра в действительности вовсе не достигла того, что ей приписывала молва. Единственным ее реальным достижением за полтора года было возобновление договора о дружбе между Римом и Египтом.

Дальнейшая судьба Клеопатры почти полностью известна нам по фрагментам писем Цицерона к другу Аттику. 15 апреля оратор сообщает о том, что Клеопатра уехала из Рима и, как он выражается, «нельзя сказать, чтобы это была плохая новость» (Письма к Аттику). Как один из республиканцев, Цицерон терпеть не мог и Цезаря, и Клеопатру. Позднее, 11 мая, он высказывает еще некоторые соображения по этому поводу. Цицерон пишет: «Надеюсь, что правду говорят о царице и этом Цезаре». «Этот Цезарь» в данном случае может означать сына Цезаря – Цезариона. Но из контекста письма можно сделать и другое заключение. Непосредственно перед этим Цицерон сообщает, что у Терции, жены Кассия и сестры Брута, случился выкидыш. Хотя письма Цицерона подчас весьма лаконичны, его упоминание о царице можно расценить как намек на то, что и у Клеопатры во время ее обратного путешествия также случился выкидыш. В таком случае под «этим Цезарем» здесь автор понимает неродившегося ребенка, который будто бы был зачат во время пребывания Клеопатры в Риме (тем более, что и поэт Лукан намекал на других внебрачных детей диктатора). Правда, в письме от 17 мая оратор замечает: «Слухи о царице теперь почти умолкли». Но в одном из следующих писем, 24 мая, он снова возвращается к той же теме: «Я хочу верить, что о Менедеме говорят правду. Я надеюсь, что верны и сведения о царице». (Цицерон. Письма к Аттику). Менедем был одним из сторонников Цезаря в Фессалии. Цицерон желает всяческих неудач и ему и Клеопатре.

В письме Аттику от 13 июня Цицерон сообщает о Клеопатре и о своем к ней отношении гораздо больше обычного:

«Я ненавижу царицу! Аммоний, человек, который берет на себя выполнение ее поручений, знает, что у меня для этого есть достаточные основания, хотя подарки, ею обещанные, не унижают мое достоинство, так что я мог бы даже принять их публично. А этот ее прислужник, Сара, помимо того что мошенник, кажется мне еще и наглецом. Только однажды видел я его в моем доме, и, когда я вежливо спросил, что он там делает, он ответил, что ищет Аттика. Наглость же царицы в то время, когда она жила в имении Цезаря за Тибром, я не могу вспоминать без негодования. Поэтому лучше не иметь дела с этим сборищем. Они, кажется, думают, что у меня нет не только присутствия духа, но нет и никаких чувств» (Цицерон. Письма к Аттику).

Цицерон очень не любил всех современных ему греков, особенно уроженцев Востока. Было немало политических причин для того, чтобы он нетерпимо относился ко всякой любовнице Цезаря. Но были еще и особые причины подобного отношения к Клеопатре.. Хотя Цицерон переписывался с одним римским «синим чулком», он никогда хорошо не относился к женщинам. Обе неудачные женитьбы знаменитого оратора говорят о его проблемах в этой области. Возможно, особенно он не любил блестящих женщин вроде Клеопатры, которая к тому же была иностранной царицей и любовницей ненавистного ему диктатора. Известно, что при жизни Цезаря Цицерон не писал ничего дурного о Клеопатре, но, когда диктатора уже нечего было бояться, дал волю своему негодованию.