Попутно василевс предпринимал систематические меры по восстановению церковного благочестия и обеспечения целостности Православного вероучения. Еще весной 1082 г. императору поступил донос на Иоанна Итала (1025—1082) – известного и популярного византийского философа, ученика Михаила Пселла. Ученого обвинили в распространении еретических мыслей, а также идей, уже осужденных Вселенскими Соборами – иконоборчество, отказ от признания Пресвятой Марии Богородицы и т.п. На удивление, патриарх Евстратий Гарида, вместо того чтобы осудить Итала за ересь, стал главным распространителем его учения (!). В ответ само духовенство восстало против столичного архиерея и вместе с народом направилось к его резиденции, угрожая выбросить Евстратия в окно, если тот не угомонится291.

Конечно же, император не имел права игнорировать такую ситуацию и потому приказал провести дознание. По его распоряжению из сановников и клириков был составлен суд, и Италу предъявили 11 обвинений. Тот вначале согласился признать свои ошибки, но затем отрекся от прежних покаяний. Тогда на Константинопольском соборе 1084 г. философа признали виновным по всем пунктам, постригли в монахи и сослали в отдаленную обитель292. А попутно низвергли и Евстратия, место которого на патриаршем престоле «Нового Рима» занял Николай III Грамматик.

В 1094 г. императору вновь пришлось принять деятельное участие в борьбе с двумя другими ересями. Ересиархом первой из них был некто Нил, ложно учивший о природе Спасителя. Комнин неоднократно приглашал к себе этого человека, пытаясь отговорить его, но тот был упрям и ни при каких условиях не соглашался признать Халкидонский орос. Сам Нил был отшельником из Египта, и его образование представлялось весьма сомнительным. Однако ересиарх обладал личной смелостью и умением упрямо стоять на своем, ничего не опасаясь – своего рода вариант религиозного фанатизма, бездуховного и бездушного. Занятый в своей келье чтением Священного Писания, игнорируя Святоотеческое Предание, Нил считал себя новым мессией, избранным Богом для просвещения других.

Выполняя свое «предназначение», он оставил Египет и перебрался в Константинополь, где вскоре прослыл человеком благочестивым. Тем паче, что он действительно был истинным аскетом. Его строгая и суровая речь привлекала к себе многих византийцев, и женщины яростно спорили между собою, желая пригласить к себе «пророка», который был способен посвятить своих слушателей в «тайны» Православия. «Темнота его речи казалась глубиной, грубый язык – Евангельской простотой. Цитирование из апокрифов для многих из его слушателей казалось верхом учености»293.

Видя, что ересь собирает широкую аудиторию, василевс срочно созвал Синод во главе с патриархом Николаем III Грамматиком, где ересиарх и его учение были анафематствованы. В этом же году пришлось созывать Собор и по вопросу другой ереси, которую распространял по столице некий иерей Влахернит, выходец из секты «энтузиастов» – религиозной группы, полагавшей, что свои тайны, заключенные в Священном Писании, Господь открывает избранным людям в моменты их экстаза. И на этот раз инициатива рассмотрения этого вопроса принадлежала царю. Влахернита осудили и анафематствовали вместе с его учением294.

В 1115 г. царь начал системно бороться на богословском поприще уже с павликианами. При помощи своего зятя, кесаря Никифора Вриенния, епископа Филиппопольского и митрополита Никейского, он организовал серию диспутов у себя во дворце. Еретикам было позволено открыто высказаться и дебатировать с самим царем. Император, забыв о пище и отдыхе, целыми днями дискутировал с ними. Деятельность царя по отношению к павликианам оказалась очень эффективной. Эта грозная ересь почти полностью исчезла, поскольку ее «богословы» были переубеждены василевсом, а сами павликиане получили большие дары, должности на государственной службе и землю. Многих павликиан император поселил в специально построенном городе Алексиополе, близ Филиппополя, выделил им пахотные земли и виноградники. Только трое павликиан продолжали упорствовать. Тогда Комнин приказал поселить их возле своего дворца и в свободное время продолжал убеждать еретиков. Наконец, один из них смирился и отрекся от старых взглядов, но двое так и сохранили свою веру, за что были заточены в тюрьму, где позднее скончались295.

Прекрасное знание Православного вероучения, отточенный богословский язык и общая эрудиция императора, его постоянная готовность вступиться за Православие в диспуте с еретиками – все это привело к тому, что Алексея I Комнина современники называли «тринадцатым апостолом»296.

Впрочем, борьба с другой ересью, богомильством, была не столь успешной. Первоначально василевс обеспечил богословскую линию нападения, поручив знаменитому монаху Евфимию Зигавину написать сочинение, в котором подробно излагались все известные ереси. Вскоре это произведение под названием «Догматическая Паноплия (“Всеоружие”)» вышло в свет и активно использовалось в борьбе с богомилами297.

Алексей I узнал, что идеологом этой ереси является некий монах Василий. Император тайно пригласил его к себе во дворец, оказал почести и завел разговор. Василий не знал, что за гардиной находится скорописец, стенографирующий все речи монаха. Каково же было его изумление, когда император отдернул завесу, а за ней перед главой богомилов предстал Константинопольский патриарх Николай III и члены синклита. За отказ отречься от своего учения Василий был брошен в тюрьму, арестовали и множество его последователей. На следующий день император вместе с синклитом рассмотрел их дело. Сложность проведения следствия заключалась в том, что, за исключением отдельных вождей, остальные богомилы отрицали свою принадлежность к ереси.