Последняя часть воспоминаний касается пребывания в Енисейске в 1869–1888 годах. В то время в городе с населением почти 7000 человек проживало около 100 поляков. Как отмечал Маркс, «некоторые из них, особенно врачи и ремесленники, устраивались безбедно. Много служило в тайге и в городских конторах европейских золотопромышленников» [33] . Одним из наиболее подробно описанных событий стал пожар в городе в 1869 году. «Причина пожара была очевидна, но все-таки нужно было доискиваться ее. И тут-то выступила легендарная польская интрига. „Поляки сожгли город! – крикнул один из гласных» [34] . Стоит добавить, что в том же году аналогичные пожары произошли в нескольких других сибирских городах и повсюду, например, находившемся на расстоянии более 400 км Минусинске – винили поляков. Подобные обвинения предъявлялись полякам почти при каждом пожаре после 1863 года [35] .

В Енисейске Максимилиан Маркс работал учителем, подготавливая детей местных мещан к учебе в гимназии. У него было много учеников не только в городе, но и в округе. В то же время Маркс продолжал исследовательскую работу. Его гербарии привлекли внимание шведских ученых во время их северных экспедиций 1875–1876 годов. В монографии о климате Енисея 1873–1883 гг. Маркс отмечал: «Невольно приходится удивляться выносливости здешних растений, когда после сильнейшего инея утром, в полдень, на какой-нибудь лужайке, встретите в полноте жизненной энергии целые тысячи исполинских пионов (Paeonia anomala) или башманок (Cypripedium macranthos), которыми случалось любоваться на европейских выставках цветоводства только под стеклянными клётами» [36] .

Увлечение ботаникой и педагогическая работа были не единственными занятиями ссыльного поляка. В Енисейске Маркс развернул обширные научные исследования в области метеорологии. С 1870 г. он стал постоянным сотрудником Русского географического общества, а в конце 1871 г. начал постоянные метеорологические наблюдения в Енисейске согласно специальной инструкции, высланной Академией наук. Это был тяжелый кропотливый труд, поскольку ученый работал сам, без помощников. Он проводил свои наблюдения ежедневно трижды в день без перерывов в течение 12 лет, в строгом соответствии принципам науки того времени. Результаты исследования были настолько точными, что Общество сразу передавало их в Главную физическую обсерваторию и публиковало в метеорологических обозрениях. Поначалу, из-за отсутствия каких-либо приборов, Маркс был вынужден изготавливать их сам. В 1874 году Енисейск посетил директор Пекинской обсерватории Герман А. Фриче, который высоко оценил работу Маркса, однако используемые приборы посчитал неподходящими для проведения наблюдений. Год спустя из Главной физической обсерватории в Санкт-Петербурге были высланы новые приборы, и исследования стали еще более точными [37] .

Наблюдения, научная и организационная работа Маркса-ученого не ограничивались Енисейском. Он основал метеорологические станции в Туруханске и на реке Гольчихе. Данные, собранные на этих станциях, также отправлялись в Географическое общество. Действительный член Императорского Русского географического общества Михаил Рыкачёв внес предложение о награждении Максимилиана Маркса золотой медалью Общества за его работы в области метеорологии и промер реки Енисей. В 1877 году Маркс был награжден малой золотой медалью Географического общества [38] , но из-за очень тяжелого финансового положения был вынужден ее продать [39] .

Финансовые проблемы продолжали преследовать Маркса и его семью. Ежемесячного пособия, которое он получал как политический ссыльный, не хватало на жизнь. Единовременные выплаты от местных властей и плата за репетиторство [40] также не могли покрыть все его расходы.

Енисейск был тем местом, которое часто посещали ученые во время своих исследовательских экспедиций на север России. В 1872 году сюда прибыли участники научной экспедиции Александра Чекановского, вернувшиеся на пароходах из Туруханского края. Эта экспедиция должна была исследовать гидрографию Енисея и Лены. В состав группы вошли: геолог Александр Чекановский, астроном Фердинанд Миллер, топограф Гаврила Нахвальных и польский ссыльный таксидермист и собиратель ботанических коллекций Владислав Ксенжопольский. Экспедиция была важна не только из-за научных, но и практических целей. Чекановский привез обширные и интересные геологические и палеонтологические коллекции. Дневники, написанные Чекановским, были собраны и опубликованы, в т. ч. Яном Черским и Фредериком Шмидтом. Чекановский также собрал материалы, необходимые для научного описания тунгусского языка, которые позднее были обработаны академиком Францем Антоном Шифнером. Александр Чекановский сблизился с Марксом, который помог ему написать отчет об экспедиции. Как писал Маркс в своих записках, Чекановский просил помочь ему: «я, как воспитанник Дерптского университета, плохо знаком с русскою терминологиею. Помогите мне, сделайте одолжение» [41] .

Во время совместных бесед с семьей Маркса Чекановский рассказал волнующие истории о судьбе ссыльных поляков. Один из таких разговоров был передан Марксом в воспоминаниях: «Много пало, предалось пьянству, оскотинилось и навскочь достигло возможного для них счастья. – рассказывал Чехановский, – другие крепятся, но это до поры, до времени. У кого есть цель жизни, основанная на научных любимых занятиях, тот потянет подольше. Но все-таки в перспективе – сумасшествие. И прекрасно! Не придет оно, так придется порешить с жизнью». Маркс, пытаясь утешить гостя, заметил: «Трудясь для науки, работаем на все человечество. Достанется что-нибудь и нашей родине, и нашим родным» [42] . Как видно из дальнейшего описания этой встречи, отношение Чекановского изменить не удалось, ни разговоры, ни особый подарок – засушенные польские цветы, с величайшей тщательностью хранящиеся в молитвеннике хозяйки дома, которые в ссылке превратились в величайшее сокровище. Тоска по родным, родине, по родной природе только усугубляла его депрессию и горечь. 10 октября Чекановский покинул Енисейск. Два года спустя, в 1874 году, он совершил еще одну поездку на реку Оленек. Вернувшись из экспедиции, он отправился в Петербург, где 30 октября 1876 года покончил жизнь самоубийством [43] .

В 1875 году в Енисейск прибыла научная экспедиция под руководством шведского профессора Адольфа Норденшельда. Международная исследовательская группа, состоящая из специалистов по ботанике, зоологии и геологии, остановилась в Енисейске на четыре дня и сразу же встретилась с Марксом. Проф. Норденшельд, знавший о научной деятельности Маркса, посоветовал ему заняться наблюдениями за космической пылью. После нескольких лет изысканий, 3 октября 1881 года, Маркс, наконец, сделал революционное открытие присутствия в атмосфере космической пыли [44] . Стоит также отметить, что местный краеведческий музей был основан в 1883 году по инициативе Александра Кытманова [45] . Максимилиан Маркс с самого начала участвовал в создании и работе этого учреждения, входя в его правление вместе с Александром Кытмановым и Никитой Скорняковым. Во время своих поездок он искал экспонаты для музея. В 1882 году Маркс участвовал в научной экспедиции по исследованию возможности создания конно-железной дороги от Енисейска до пристани Полуустной на реке Чулым. Изучив территорию между Енисеем и рекой Чулым, Маркс предложил такую дорогу как один из путей соединения речных систем Оби и Енисея. По расчетам Маркса, этот путь должен был составлять 161 версту.

Еще в 1878 году Марксу разрешили выезд в Екатеринославскую губернию, одновременно запретив селиться в столицах и Таврической губернии. В отчете от 14 июля того же года капитан-лейтенант Александр Карлович Сиденснер писал, что «Маркс стар, расстроен здоровьем и не имеет никаких средств перебраться с семейством в совершенно чуждую ему местность» [46] .

Попечительский совет Енисейской гимназии, принимая во внимание профессионализм и финансовые проблемы, попытался выдвинуть Маркса на должность учителя математики. Однако его кандидатура не получила одобрения в связи с преклонным возрастом [47] .