Однако полтора года заключения в плохо освещенной камере, необходимость постоянно вязать шерстяные чулки, чтобы «заработать» себе право спать на тоненьком матраце, вопиющее неуважение к человеческой личности и различные издевательства, выпавшие на долю Бурцева в британской тюрьме, несравнимы с испытаниями, которые предстояло вынести заключенным российских тюрем. Как правило, они подвергались пыткам и истязаниям. Неслучайно прототип героя романа Максима Горького «Мать» сормовский рабочий Петр Заломов, прежде чем вступить в революционный кружок, пытался сверлить себе ногу, чтобы проверить, способен ли он вынести пытки, которые его ожидали в случае ареста или даже задержания.

Журналист В.М. Дорошевич открывал свой очерк «Пытки» словами: «Всякий судейский с негодованием ответит: «Пытки в России уничтожены еще в конце XVIII века». Содержание этого и других очерков Дорошевича убедительно доказывало обратное. Рассказал Дорошевич и о пытках, которые применяли с ведома тюремного начальства заключенные уголовники с целью получения нужных сведений. (Впрочем, журналист отмечал, что подобные методы использовались в то время и в странах Запада, считавшихся образцами «правового государства».)

Чтобы выжить, заключенному требовалась немалая сила воли. Испытания неволей Иосиф Джугашвили выдерживал с честью. Воспитанный с детства на примерах свободолюбивых героев из книг А. Казбеги и И. Чавчавадзе, помня из уроков в духовных училищах жизнеописания христианских великомучеников, он стремился стоически переносить пытки. Вспоминали, как однажды, когда заключенные подверглись массовой экзекуции и проходили через строй надзирателей, каждый из которых наносил удар, Джугашвили продолжал держать в руках книгу и сосредоточенно читал текст (или делал вид, что читал его) во время избиения.

19 апреля 1903 года Джугашвили был переведен в кутаисскую тюрьму, в которой был один из самых суровых режимов по сравнению с другими местами заключения в России. Позже один из его сокамерников Григорий Уратадзе так описал Джугашвили: "В тюрьме он носил бороду, длинные волосы, причесанные назад… Был совершенно невозмутим. Мы прожили вместе в кутаисской тюрьме более, чем полгода, и я ни разу не видел его, чтобы он возмущался, выходил из себя, сердился, кричал, ругался, словом, проявлял себя в ином аспекте, чем в совершенном спокойствии".

Внешнее спокойствие Джугашвили достигал самоконтролем. Его сокамерники вспоминали, что у него был железный распорядок дня. Проснувшись, еще до побудки, он долго делал зарядку. Потом учил немецкий язык. Затем изучал ту научную литературу, которую было разрешено держать в тюрьме. Беседуя с сокамерниками, он старался пересказывать им прочитанное.

Тюремную администрацию революционеры считали передовым отрядом ненавистной им власти. Поэтому уловки, с помощью которых они продолжали вести революционную работу из застенок, организация массовых выступлений заключенных в защиту своих прав, организация побегов из тюрем и ссылок рассматривались ими как важные этапы в их борьбе против самодержавия. Эта борьба требовала определенных знаний и навыков. Во время пребывания в батумской тюрьме Джугашвили стал писать прокламации и пересылать их на волю. В кутаисской тюрьме Джугашвили писал записки политзаключенным, подбадривая их. Он стал инициатором протестов против тяжелых условий заключения. Подобные протесты были небезопасны. Властям ничего не стоило застрелить «бунтовщика» и объяснить это тем, что он напал на охрану. Во время пребывания в кутаисской тюрьме Джугашвили узнал о гибели одного из своих товарищей и первых наставников – Ладо Кецховели. Будучи заключенным в одиночную камеру в Метехском замке Тифлиса, Кецховели однажды стал выкрикивать революционные лозунги, стоя у решетки. Этого оказалось достаточно, чтобы надзиратель убил его выстрелом из винтовки.

Однако ни подобные примеры расправ, ни угрозы начальства, ни террор, осуществляемый тюремными властями с помощью уголовников, не сломили «ученика от революции». Уже через три месяца после своего прибытия в кутаисскую тюрьму Джугашвили организовал забастовку, принявшую столь серьезный оборот, что для разрешения конфликта в тюрьму прибыли губернатор области и прокурор. В результате их переговоров с Джугашвили многие требования заключенных были удовлетворены: политических заключенных отделили от уголовников, дали разрешение приобрести за свой счет тахту, чтобы не спать на цементном полу, и т. д.

9 июля 1903 г. император Николай II утвердил приговор по делу Джугашвили, в соответствии с которым ему надлежало отбыть в сибирскую ссылку на три года. Однако к этому времени бумаги о переводе Джугашвили в кутаисскую тюрьму затерялись и его тщетно искали в батумской тюрьме. Лишь 8 октября 1903 г. Джугашвили был обнаружен в тюрьме Кутаиса, откуда он был направлен под охраной в батумскую тюрьму. Оттуда его отправили в Сибирь.

А. Островский отмечал: "Когда И. В. Джугашвили покидал Батум, там заканчивался бархатный сезон. На пути к Уралу через решетку вагонного окна он впервые увидел настоящую зиму: покрытые белым снегом поля и леса, утопавшие в сугробах деревенские избы, закованные в лед озера и реки. В Сибири свирепствовали морозы, достигавшие минус 30 и более градусов… Для него, родившегося и выросшего под кавказским солнцем, зима представляла не только необычное природное явление, но и серьезное испытание. Особенно, если учесть, что на этап он был взят в демисезонном пальто, в ботинках и без рукавиц".

Из Иркутска Джугашвили доставили в уездный город Балаганск, где в это время проживали семеро политических ссыльных. По воспоминаниям одного из них, Джугашвили попытался остановиться в Балаганске, но ему было предписано ехать дальше в село Новая Уда, находившееся в 70 верстах от Балаганска.

25 декабря 1939 г. "Правда" опубликовала статью В. Иванова "Новая Уда", в которой говорилось: "Прибыв в Новую Уду, товарищ Сталин поселился в беднейшей части села – в Заболотье – у крестьянки Марфы Ивановны Литвинцевой. Убогий, покосившийся домик Литвинцевой был расположен на краю болота, в нем было две комнаты". В одной из них поселился Джугашвили.