Около десяти лет прошло с тех пор, как политики и политологи новой России давали щедрые обещания, что неприятная часть истории закончилась и мир отныне будут объединять общие ценности и принципы верховенства права. Обещанного чуда не случилось. Идея «либерального порядка» в России затерялась в условиях соперничества великих держав. Так бывало в истории неоднократно и вело в итоге не процветанию идеалов демократии, а к росту авторитаризма. В условиях нарастания мировых финансовых кризисов, раскачивавших государственные системы, базовые правила жизни переписывались и ценности демократизма забывались, оказывалось, что то был «свет обманувший надежды» [124] .

Год 1998-й запомнился одним из самых тяжелых экономических кризисов в истории России. На фоне стремительного обнищания организация круглого стола «Власть и реформы» в журнале «Российская история» было более чем актуальным. Выступая на этом мероприятии, В.В. Шелохаев обратился к истории реформ, назвав их «ахиллесовой пятой» в конфликтогенности российской власти и общества, напомнил о либеральных вариантах возможного преображения страны в прошлом. С сожалением говорил он о том, что либерализм «как целое неустойчив», может «размываться» и, несмотря на идущую модернизацию в стране, привести в итоге к «тупиковой конфронтации между властью и обществом», чреватой повторяемостью ошибок, революциями, «пока общество не возьмет в свои руки инициативу соответствующих его интересам преобразований» [125] .

После рейдерского захвата помещения РНИСиНП благодаря предусмотрительности и организованности В.В. Шелохаева сплоченной группе его сотрудников удалось сохраниться почти в том же составе. В 2000 г. возникла совершенно новая (без штата) модель научно-исследовательской структуры – ИОМ [126] , что позволило продолжить издание исторических книг уже под его грифом. По договоренности В.В. Шелохаева с директором РГАСПИ К.М. Андерсоном, он с коллегами с 2002 г. начал работать в Центре по разработке и реализации программ документальной публикации федеральных государственных архивов.

Новое в концепциях политической история России начала ХХ в. заинтересовало философов, политологов, социологов, экономистов, юристов. Ширились контакты с ними и В.В. Шелохаева. Ученые сходились в желании привить обществу «синдром политического ненасилия», подталкивая власти и правительство к демократическим переменам. Предметом обсуждений оставалось восприятие либерализма как защиты прав личности и гражданского общества; Валентин Валентинович много выступал в те годы на конференциях и с публичными лекциями, рассказывая о либеральных моделях преобразования России, сопоставляя события Первой русской революции в начале ХХ в. с событиями 1987–1993 гг. и останавливаясь на вопросах адаптации либерализма. Резонанс в ученом и преподавательском мире получали его, а также В.В. Журавлева, О.В. Волобуева, В.В. Зверева, А.Д. Степанского и других историков выступления в 2000–2001 гг. на коллоквиумах Института мировой экономики и политики РАН, семинарах Фонда развития политического центризма. На эти же темы В.В. Шелохаев выступал на VII и IХ международных симпозиумах, написал статью «Куда идет Россия?», не предполагая, что это может стать гражданским подвигом.

В 2001 г. В.В. Шелохаеву предложили возглавить Ученый совет Фонда наследия П.А. Столыпина. Цикл организованных фондом научных встреч завершился масштабным научным форумом в конференц-зале храма Христа Спасителя в Москве, изданием 15 томов документов и материалов, программ реформ Столыпина, его биохроники и энциклопедии «Петр Аркадьевич Столыпин», в составлении которой Валентин Валентинович также принял деятельное участие. В соавторстве с президентом фонда он издал тогда книгу «П.А. Столыпин. Интеллект и воля».

За 24-томное издание «Документальное наследие» (середина 1990-х – 2002 г.), получившее положительные отзывы (археографы сравнивали его с продолжавшейся уже более 100 лет публикацией «Писем и бумаг Петра Великого»), В.В. Шелохаев и сотрудники его центра стали лауреатами Государственной премии РФ в области науки и техники. Поздравляя Валентина Валентиновича, советник президента РАН академик В.Л. Янин (тоже лауреат государственных и других премий) обронил: «Вы избалованы успехами!» Но это было не так. Валентин Валентинович, конечно, был рад за себя и товарищей, но по его признанию, успех он ощутил только после того, как «новые концепции политической жизни России начала ХХ в. стали входить в учебники».

С 2002 г. сотрудники бывшего центра РНИСиНП переключились на подготовку к изданию новых источников по истории российских партий. К 2010 г. при участии В.В. Шелохаева как ответственного редактора, члена редколлегий было издано более 50 томов материалов и документов, отразивших сущность и многообразие общественно-политической истории России, фундаментальное единство либерального социально-политического движения.

В списке трудов В.В. Шелохаева за 20 лет не один десяток статей, опубликованных в нашей стране и за рубежом (Болгария, Чехословакия, Германия, США), книги, изданные под его редакцией, об интеллектуальной составляющей российского либерализма, его важнейших принципах, без которых невозможна истинная демократия. Следует сказать и о другой серии, состоящей из восьми тематических энциклопедий об общественной мысли России XVIII–XX вв., вышедших под редакцией В.В. Шелохаева в 2005–2011 гг. в издательстве «РОССПЭН».

В 2008 г. в Орле усилиями учеников В.В. Шелохаева – заведующего кафедрой Орловского ГУ Д.В. Аронова и доцента В.В. Востриковой – возник уникальный центр исследования либерализма. Были впервые проведены «Муромцевские чтения», впоследствии ставшие ежегодными. На протяжении 13 лет в них принял участие «цвет» исследователей русского либерализма, сегодня они приобрели статус международных. Название сборника статей по материалам пятых чтений «Время выбрало нас: путь интеллектуалов в политику» красноречиво говорит об их идее и направленности.