Особая роль в изучении московской старины принадлежит основателю историко-археологического направления в российской исторической науке, фактическому основателю Исторического музея в Москве – Ивану Егоровичу Забелину. Хотя как сотрудник Петербургской археологической комиссии он проводил археологические раскопки на юге России, Забелин во многом заложил фундамент москвоведения. Подготовив по поручению Московской Городской думы от 1881 г. фундаментальный труд «История города Москвы» (1-е издание вышло в 1902 г.), И.Е. Забелин сформулировал, наверно, главный тезис исторического и археологического изучения города: «Историю города сооружали люди, поэтому о них больше, чем о стенах и разных постройках, должен говорить историк» (Забелин, 1905).

В первое послереволюционное десятилетие особую роль в изучении Москвы сыграли краеведческие организации. Сергей Константинович Богоявленский в рамках Общества изучения Московской губернии собирал материалы к археологической карте Московской губернии. К сожалению, полностью этот справочник опубликован не был. Большой объём работы в двадцатых годах был проделан обществом «Старая Москва». Аполлинарий Михайлович Васнецов возглавил это объединение в 1919 г. Его доклады в числе прочего посвящались и наблюдениям за земляными работами в городе. Среди замеченных им объектов – остатки укреплений Белого города у Сретенских ворот, деревянный мост на Ленивке, белокаменная облицовка плотины Неглименского пруда, музеефицированная ныне в Музее археологии Москвы, ярусы древних мостовых на Тверской. Пётр Николаевич Миллер сменил Васнецова на посту председателя общества в 1923 г. П.Н. Миллер обратил внимание именно на археологические находки, сделанные в ходе разнообразных земляных работ: изразцы, глиняные подсвечники, трубки, помадные банки, опубликовав в 1928 г. статью «Московский мусор». Отражением растущего интереса к археологической проблематике стало открытие в 1922 г. на факультете общественных наук Московского отделения археологии, где преподавали профессоры Юрий Владимирович Готье и Василий Алексеевич Городцов. Из первого поколения советских археологов большинство москвичей прошло школу Городцова.

Карта Московского уезда. 1849 год.

Новая страница в археологии Москвы была связана со строительством первой очереди метрополитена. В июне 1931 г. Пленум ЦК ВКП (б) принял решение о строительстве метрополитена, и с марта 1932 г. начались земляные работы на первом радиусе («Парк культуры» – «Сокольники»), завершённые к маю 1935 г. В число работников были включены группы историков-архивистов и археологов. Их привлекли, в первую очередь, из прагматических резонов: требовались сведения о качестве проходимых грунтов, а в открывшиеся полости (при разрытиях открытым способом нашли более ста старых колодцев, фундаментов зданий и т. п.) уходил дорогостоящий бетон. К тому же в 1934 г. вышло постановление ВЦИК и СНК СССР «Об охране археологических памятников».

Руководство работами доверили Артемию Владимировичу Арциховскому, которого с полным основанием можно назвать основоположником современного научного изучения археологии Москвы. В состав археологической бригады вошли учёные Сергей Владимирович Киселёв и Алексей Петрович Смирнов, впоследствии ставшие классиками советской археологии. Активную роль в раскопках сыграл и историк Николай Михайлович Коробков. Им же была написана первая книга о работах на Метрострое «Метро и прошлое Москвы», изданная в 1935 г. Первой научной книгой по археологии Москвы стала итоговая публикация «По трассе первой очереди Московского метрополитена. Архивно-исторические и археологические работы академии в 1934 году» (М.-Л., 1936).

Хотя в предвоенный период археологические исследования затормозились, московская школа археологии уже сложилась, над ней неформально «шефствовали» сначала В.А. Городцов, а затем его ученик A.B. Арциховский, который, возглавив кафедру археологии исторического факультета МГУ, ввёл в изданный тогда учебник археологии раздел по археологии Москвы. Периоды «героических штурмов» московских древностей сменяли долгие годы затишья. В результате, хотя общее поступательное движение продолжалось, развитие археологии Москвы разделилось на два потока: полевые работы, зачастую связанные с вынужденными, под давлением обстоятельств, обширнейшими вскрытиями, и фундаментальные аналитические научные исследования разведочного и отчасти охранного характера.

На следующем этапе, ближе к 70-м годам, роль организатора археологических исследований в Москве перешла к Музею истории и реконструкции Москвы, где отделом археологии руководил Александр Григорьевич Векслер, ставший впоследствии первым главным археологом Москвы. Особую роль сыграл организованный им в музее кружок школьников: большинство нынешних исследователей Москвы прошли через него. Александр Григорьевич силами участников кружка (сейчас бы их назвали волонтёрами) проводил наблюдения за вскрытиями культурного слоя города и собирал материал для новой археологической карты. А.Г. Векслер был участником важнейшей научной дискуссии о времени основания Москвы, прошедшей в 60-е годы. Он поддержал гипотезу о появлении города в XI веке. Археолог Музеев Кремля Н.С. Шеляпина (Владимирская) и известный археолог М.Г. Рабинович присоединились к этой точке зрения. Их оппоненты: Д.А. Беленькая, А.В. Куза, Р.Л. Розенфельдт, Т.В. Равдина – считали, что город не мог появиться ранее середины XII века, то есть возник незадолго до даты первого упоминания о Москве.

Следующее поколение московских археологов: Л.А. Беляев, Т.Д. Панова, Н.А. Кренке и С.З. Чернов – в 1980-е годы продолжили традицию проведения научно значимых археологических раскопок с последующими яркими публикациями. Особо следует отметить исследования Л.А. Беляевым в Даниловом монастыре в 1983–1989 гг. В самом монастыре были обнаружены остатки двух храмов середины XVI и XVII вв., а также участки некрополя более раннего периода. Но самое главное: около монастыря были найдены поселения конца Х – XI вв., продолжавшие существовать и в XII–XIII вв., что по-новому осветило начало славянской колонизации московской территории.

С началом перестройки сильную общественную тревогу вызвало раскрытие в ходе строительных работ белокаменных опор Кузнецкого моста (архитектор Ухтомский) в 1987 г. и Воскресенских ворот на Красной площади в 1988 г., произведённые без организации археологических исследований. Острый конфликт, возникший между строителями и заинтересованной общественностью, привлёк внимание прессы и всего города. Для организации охранных археологических исследований, как говорили тогда, в составе Института археологии Российской академии наук была создана Московская археологическая экспедиция. Исполкомом Моссовета (преемником которого является Правительство Москвы) были приняты постановления о сохранении археологического наследия, для чего было создано специальное археологическое подразделение – Центр археологических исследований, руководимый главным археологом Москвы А.Г. Векслером. Организованные правительством Москвы в 1993–1995 гг. раскопки на Манежной площади, где было исследовано более 30 тыс. кв. м, дали выдающиеся результаты. Институт археологии Российской академии наук и Музей Московского Кремля в 2007 г. впервые за многие годы провели полномасштабные раскопки в Тайницком саду Московского Кремля на площади более 800 кв.м.